Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,268,617 – 3,268,720 |
Length | 103 |
Max. P | 0.769307 |
Location | 3,268,617 – 3,268,720 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.97 |
Mean single sequence MFE | -33.45 |
Consensus MFE | -16.05 |
Energy contribution | -18.17 |
Covariance contribution | 2.12 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.53 |
Structure conservation index | 0.48 |
SVM decision value | 0.52 |
SVM RNA-class probability | 0.769307 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3268617 103 + 27905053 CAGCUGAUUGACAUUA-UGCAUU-GCCAUUG----GGAUGAUUGUGUUAUUGGCGGCAAGUCCGGUGGCGAUCUGCAUGCAACAGCUUAUUUAAAUGGCUGUCGGCUAU .((((((.......((-((((((-(((((((----((....((((((.....)).)))).)))))))))))..))))))...(((((.........))))))))))).. ( -36.60) >DroSec_CAF1 21811 102 + 1 CAGCUGAUUGACAUUA-UGCAUU-GCCAUUG-----GAUGAUUGUGUUAUUGGCGGCAAGUCCGUUGGCGAUCUGCAUGCAACAGCUUAUUUAAAUGGCUGUCGGCUAU .((((((.......((-((((((-((((.((-----(((..((((((.....)).))))))))).))))))..))))))...(((((.........))))))))))).. ( -34.00) >DroSim_CAF1 22692 102 + 1 CAGCUGAUUGACAUUA-UGCAUU-GCCAUUG-----GAUGAUUGUGUUAUUGGCGGCAAGUCCGUUGGCGAUCUGCAUGCAACAGCUUAUUUAAAUGGCUGUCGGCUAU .((((((.......((-((((((-((((.((-----(((..((((((.....)).))))))))).))))))..))))))...(((((.........))))))))))).. ( -34.00) >DroEre_CAF1 23554 88 + 1 CAGCUGAUUGACAUUA-UGCAUC-GCCAUUG-----GAUGAUUGUG--------------UCCGGUGGCGAACUGCAUGCAACAGCUUAUUUAAAUGGCUGUCGGCUAU .((((((.......((-((((((-(((((((-----(((......)--------------)))))))))))..))))))...(((((.........))))))))))).. ( -38.20) >DroYak_CAF1 41298 102 + 1 CAGCUGAUUGACAUUA-UGCGUU-GCCAUUG-----AAUGAUUGUUUUAUUGGCGGCAAGACCGGUGGCGAUCCGCAUGCAACAGCUUAUUUGAAUGACUGUCGGCUAU .(((((((.(.(((((-((((((-(((((((-----.....(((((........)))))...)))))))))..)))))((....)).......)))).).))))))).. ( -30.50) >DroPer_CAF1 21631 96 + 1 CGGCUGAUUGACAUUAAUGCGUUCGCCCGUGUAGAGGAUGAAGAGG------AUGCCCCUGCCACUGGCGAUCUUGAUGCAACAGCUUAUUCAAAUUG-------AUAU .(((((.(((.((((((.(...(((((.((((((.((.........------...)).))).))).))))).)))))))))))))))...........-------.... ( -27.40) >consensus CAGCUGAUUGACAUUA_UGCAUU_GCCAUUG_____GAUGAUUGUGUUAUUGGCGGCAAGUCCGGUGGCGAUCUGCAUGCAACAGCUUAUUUAAAUGGCUGUCGGCUAU .(((((((...((((..((((...(((((((........((((.((((......)))))))))))))))....)))).((....)).......))))...))))))).. (-16.05 = -18.17 + 2.12)
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