Locus 10339

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	27,815,565 – 27,815,685
Length	120
Max. P	0.849921

overview

Window 4

Location	27,815,565 – 27,815,685
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.33
Mean single sequence MFE	-53.67
Consensus MFE	-31.62
Energy contribution	-31.27
Covariance contribution	-0.35
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.525690
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27815565 120 + 27905053
AGCACUUGGCUAACUGGUGUCCCACGGCGGAGCGAACGCGUCUGGGAGCGUUUGCAUACACUGGCUUUGAUUGCGGCAAUGUGUUAGCCAUGUAUGGAGCGGGUAUGAUAGCCAGUUCAU
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>DroVir_CAF1 171032 120 + 1
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>DroGri_CAF1 171578 120 + 1
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>DroWil_CAF1 169307 120 + 1
AGCAUCUGGCCAACUGGGCCCCGGAGGUGGAGCGCACCCGUCUGGGUGCCUUUGCCUAUACAGGGUUCGAUUGUGGAAAUGUUUUGGCCAUGUAUGCAGCAGGCGUGAUAGCCAGCUCCU
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>DroMoj_CAF1 183754 120 + 1
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>DroAna_CAF1 137770 120 + 1
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>consensus
AGCAUCUGGCCAACUGGGCGCCAGCGGUGGAGCGCACGCGCCUGGGCGCCUUUGCCUACACCGGCUUCGAUUGCGGCAACGUGCUGGCCAUGUAUGCAGCCGGCAUGAUAGCCAGCUCCU
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	27,815,565 – 27,815,685
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.33
Mean single sequence MFE	-50.94
Consensus MFE	-33.50
Energy contribution	-35.57
Covariance contribution	2.06
Combinations/Pair	1.34
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.78
SVM RNA-class probability	0.849921
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27815565 120 - 27905053
AUGAACUGGCUAUCAUACCCGCUCCAUACAUGGCUAACACAUUGCCGCAAUCAAAGCCAGUGUAUGCAAACGCUCCCAGACGCGUUCGCUCCGCCGUGGGACACCAGUUAGCCAAGUGCU
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>DroVir_CAF1 171032 120 - 1
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>DroGri_CAF1 171578 120 - 1
ACGAGCUGGCCAACAUACCAGCUGCAUACAUGGCCAGCACAUUGCCGCAAUCGAAGCCGGUGUAGGCAAAGGCGCCCAAACGUGUCCGCUCCACGGCUGGCGCCCAAUUGGCCAGAUGCU
...((((((........))))))((((...(((((((....(((((...((((....))))...))))).((((((....((((.......))))...))))))...))))))).)))). ( -53.50)
>DroWil_CAF1 169307 120 - 1
AGGAGCUGGCUAUCACGCCUGCUGCAUACAUGGCCAAAACAUUUCCACAAUCGAACCCUGUAUAGGCAAAGGCACCCAGACGGGUGCGCUCCACCUCCGGGGCCCAGUUGGCCAGAUGCU
...(((.(((......))).)))((((...(((((((.....(((.......)))(((((...(((...((((((((....)))))).))...))).))))).....))))))).)))). ( -45.90)
>DroMoj_CAF1 183754 120 - 1
UGGAGCUGGCCAGCAUGCCGGCUGCGUACAUGGCCAGCACGUUGCCGCAAUCGAAGCCCGUGUAGGCGAAGGCGCCUAGGCGCGUGCGCUCCACCGCUGGCGCCCAGUUGGCCAGAUGCU
.(.(((((((......))))))).)(((..((((((((...((((((((..((.....))))).))))).((((((..((((.(((.....)))))))))))))..))))))))..))). ( -59.50)
>DroAna_CAF1 137770 120 - 1
GCGAGCUGGCUAUCAUGCCAGCCGCGUACAUGGCCAGCACGUUGCCGCAGUCGAACCCGGUGUAGGCGAAGGCACCAAGGCGCGUCCGCUCCGCUUCGGGACACCAGUUGGCCAGGUGCU
(((.((((((......)))))))))((((.((((((((.(((((...))).)).....(((((..((....)).((.(((((.(......)))))).)).))))).)))))))).)))). ( -57.80)
>consensus
AGGAGCUGGCCAUCAUGCCAGCUGCAUACAUGGCCAGCACAUUGCCGCAAUCGAAGCCCGUGUAGGCAAAGGCGCCCAGACGCGUGCGCUCCACCGCUGGCGCCCAGUUGGCCAGAUGCU
...(((((((......)))))))((((...((((((((...(((((...((........))...))))).((((((..((((.((.......))))))))))))..)))))))).)))). (-33.50 = -35.57 +   2.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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