Locus 10330

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	27,757,769 – 27,757,911
Length	142
Max. P	0.990968

overview

Window 2

Location	27,757,769 – 27,757,871
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.73
Mean single sequence MFE	-49.80
Consensus MFE	-29.38
Energy contribution	-30.60
Covariance contribution	1.22
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-3.08
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	2.24
SVM RNA-class probability	0.990968
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27757769 102 + 27905053
UGAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUAUUGGUCGGAGUGGUGGCCGCCGAAGUGGGCGUGGCCGCGGUAGCGAACAUGGCCGACGAGGCCACCGCCGCCG------------------C
.....((((((.((((.....))))...))))))((.(((((((((..((...(((.((((..(((....)))..)))).))).)).)))))))))..)).------------------. ( -44.70)
>DroVir_CAF1 85257 114 + 1
ACAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUGAUGUUCGGAGUGCUUGCCGCUGAGGUGGGCGUGGCAGCUGUUGCAAACAUAGUGGCAGCGGCCACAGCGGCGGCUCCACUGCAG------GC
...........(((((.((((......))))...((((((((..((.....))..)))(((((.(((((..(.......)..))))).))))).......)))))..)))))------.. ( -45.70)
>DroPse_CAF1 81255 108 + 1
UGAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUGUUGGUCGGUGUCGUUGCUGCGGACGUGGGCGUGGCGGCCGUGGCAAACAUCGCCGAGGCGGCCACUGCCGCCGCCC------------CAGC
.....(((((((((((.....))))..))))))).((.((((....)))))).((((.((((((((.(((((......(((....)))))))).))))))))))------------)).. ( -48.80)
>DroGri_CAF1 86149 114 + 1
ACAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUGUUGUUCGGAGUGGUCGCCGCCGAGGUGGGCGUGGCGGCUGUCGCAAACAUGGCGGCAGCGGCAACAGCGGCCGCUCCAUUGCAG------GC
...........(((((......(((....)))..(((((((((((.(((......)))((.((.((((((((.......)))))))).)).)).)))))))))))..)))))------.. ( -53.70)
>DroWil_CAF1 85844 120 + 1
AGAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUGUUGGUCGGUGUUGUUGCUGCAGAUGUGGGCGUGGCUGCUGUGGCAAACAUGGCCGAGGCGGCCACCGCAGCGGCACCACUGCAGGCGGCAGC
.....(((((((((((.....))))..)))))))(((((((((((.((........))(((((((((.((((.......)))).))))))))).))))))))))).((((.....)))). ( -55.80)
>DroAna_CAF1 75289 102 + 1
AGAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUGUUGGUCGGUGUAGUGGCCGCCGAGGUGGGGGUGGCCGCGGUGGCGAACAUGGCCGAGGAGGCCACCGCCGCCG------------------C
.....(((((((((((.....))))..)))))))......(((((((((........)))))))))(((((((....(((((.....))))).))))))).------------------. ( -50.10)
>consensus
AGAUAGAUUAACUGUAUUAUUUACAUUGUUGGUCGGAGUGGUUGCCGCCGAGGUGGGCGUGGCCGCUGUGGCAAACAUGGCCGAGGCGGCCACCGCCGCCGC_C______________GC
.....(((((((((((.....))))..)))))))...((.(((((.(((......)))(((((.(((.((((.......)))).))).))))).))))).)).................. (-29.38 = -30.60 +   1.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	27,757,809 – 27,757,911
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.51
Mean single sequence MFE	-53.58
Consensus MFE	-28.51
Energy contribution	-28.85
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.50
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.919256
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27757809 102 + 27905053
GUGGCCGCCGAAGUGGGCGUGGCCGCGGUAGCGAACAUGGCCGACGAGGCCACCGCCGCCG------------------CCGGAAUGAUGGUCAAUGGAGUGCUCGGCGCCGUGAAGAAC
..(((.(((((.(((..(.(((((((((..(((....(((((.....))))).)))..)))------------------).........)))))...)..)))))))))))......... ( -42.80)
>DroVir_CAF1 85297 114 + 1
CUUGCCGCUGAGGUGGGCGUGGCAGCUGUUGCAAACAUAGUGGCAGCGGCCACAGCGGCGGCUCCACUGCAG------GCCGGUAUGAUUGUGAGGGGUGUUGUUGGCGCGGCAAAAUAC
.(((((((((.(((((..(((((.(((((..(.......)..))))).)))))(((....)))))))).)).------(((..((..(((......)))..))..))))))))))..... ( -50.10)
>DroPse_CAF1 81295 108 + 1
GUUGCUGCGGACGUGGGCGUGGCGGCCGUGGCAAACAUCGCCGAGGCGGCCACUGCCGCCGCCC------------CAGCCGGUAUGAUCGUGAGCGGCGUGCUCGGCGCCGCAAAGAAC
.....(((((.(.((((.((((((((.(((((......(((....)))))))).))))))))))------------))(((((((((.(((....)))))))).))))))))))...... ( -62.30)
>DroGri_CAF1 86189 114 + 1
GUCGCCGCCGAGGUGGGCGUGGCGGCUGUCGCAAACAUGGCGGCAGCGGCAACAGCGGCCGCUCCAUUGCAG------GCCGGUAUGAUUGUGAGCGGUGUGGUUGGCGCUGCGAAAUAC
.(((((((((..((((.(((.((.((((((((.......)))))))).))....))).))))..)....((.------((((.(((....)))..)))).))...))))..))))..... ( -53.90)
>DroWil_CAF1 85884 120 + 1
GUUGCUGCAGAUGUGGGCGUGGCUGCUGUGGCAAACAUGGCCGAGGCGGCCACCGCAGCGGCACCACUGCAGGCGGCAGCCGGUAUGAUUGUCAGCGGUGUACUGGGAGCAGCAAAGAAU
.(((((((...(((.(.((((((((((.((((.......)))).))))))))).((((.(....).)))).).).))).(((((((.((((....)))))))))))..)))))))..... ( -58.00)
>DroMoj_CAF1 90009 111 + 1
GUCGCCGCUGAGGUGGGCGUGGCGGCUGUGGCAAACAUGGCGGCAGCAGCCACAGC---GGCUCCACUACAU------GCCGGUAUUAUCGUGAGCGGUGUUGUUGGCGCGGCAAAAUAC
...(((((((.((((((((((((.(((((.((.......)).))))).)))))...---.)).))))).)).------(((..((.(((((....))))).))..))))))))....... ( -54.40)
>consensus
GUUGCCGCCGAGGUGGGCGUGGCGGCUGUGGCAAACAUGGCCGAAGCGGCCACAGCCGCCGCUCCACUGCAG______GCCGGUAUGAUUGUGAGCGGUGUGCUUGGCGCCGCAAAAAAC
(((((.(((((.....(((((((.(((.((((.......)))).))).))))).))......................((((.............))))....))))))))))....... (-28.51 = -28.85 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

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