Locus 10316

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,682,649 – 27,682,745
Length 96
Max. P 0.564773
window16422

overview

Window 2

Location 27,682,649 – 27,682,745
Length 96
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.04
Mean single sequence MFE -28.97
Consensus MFE -23.83
Energy contribution -24.86
Covariance contribution 1.03
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.564773
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27682649 96 - 27905053
GUGCGUCCGCCGCUGUCUUUCAUUUGUGUUAUUUAUUCAUUGGAAAAAUAACUCAAAAGCUGUCAAAGUGCUGCGGCCCUGCAGGGAGGCGCUUAA
((((.((((((((.((......((((.(((((((.(((....)))))))))).)))).(((.....))))).))))).(....)))).)))).... ( -30.10)
>DroSec_CAF1 4981 96 - 1
GUGCGUCCGCCGCUGUCUUUCAUUUGUGUUAUUUAUUCAUUGGAAAAAUAACUCAAAAGCUGUCAAAGUGCUGCGGACCUGCAGGGAGGCGCUUAA
((((.(((..((((........((((.(((((((.(((....)))))))))).)))).........))))(((((....)))))))).)))).... ( -28.83)
>DroSim_CAF1 5071 96 - 1
GUGCGUCCGCCGCUGUCUUUCAUUUGUGUUAUUUAUUCAUUGGAAAAAUAACUCAAAAGCUGUCAAAGUGCUGCGGCCCUGCAGGGAGGCGCUUAA
((((.((((((((.((......((((.(((((((.(((....)))))))))).)))).(((.....))))).))))).(....)))).)))).... ( -30.10)
>DroEre_CAF1 4973 96 - 1
GUGCGUCCGCCGCCGCCUUUCAUUUGAGUUAUUUAUUCAUUGGAAAAAUAACUCAAAAGCUGUCAAAGUGCUGCGGCCCUGUAGGGAGGCGCUUAA
((((.((((((((.((((((((((((((((((((.(((....)))))))))))))))...))..)))).)).))))).(....)))).)))).... ( -36.50)
>DroYak_CAF1 5066 96 - 1
GUGCGUCCGCCGCUGUCUUUCAUUUGUGUUAUUUAUUCAUUGGAAAAAUAACUCAAAAGCUGUCAAAGUGCUGCGGCCCUGCAGGGAGGCGCUUAA
((((.((((((((.((......((((.(((((((.(((....)))))))))).)))).(((.....))))).))))).(....)))).)))).... ( -30.10)
>DroAna_CAF1 5054 85 - 1
GUGCGU--------GUCUUUCAUUUGUGUUAUUUAUUCAUC-GAAAAAUAACUCUGAAGCUGUCACUGCGCU--CGCCCUGCAGGAUGGCACUUAA
......--------....((((...(.(((((((.(((...-)))))))))).)))))((((((.(((((..--.....)))))))))))...... ( -18.20)
>consensus
GUGCGUCCGCCGCUGUCUUUCAUUUGUGUUAUUUAUUCAUUGGAAAAAUAACUCAAAAGCUGUCAAAGUGCUGCGGCCCUGCAGGGAGGCGCUUAA
((((.((((((((.((......((((.(((((((.(((....)))))))))).)))).(((.....))))).))))).......))).)))).... (-23.83 = -24.86 +   1.03)

alignment

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