Locus 10299

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,612,964 – 27,613,084
Length 120
Max. P 0.521188
window16398

overview

Window 8

Location 27,612,964 – 27,613,084
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.50
Mean single sequence MFE -38.85
Consensus MFE -25.68
Energy contribution -25.27
Covariance contribution -0.41
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.521188
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27612964 120 + 27905053
AGUGCUAACCGAAUUGUUGUGGCAGUGUGGGUUCGCCUAUUGUCACGACAUGCGUCACCACACUGAUCUGCUUCUGAACAUCCUGCUGAUCGACGACUCGUGGCAGCACCAUCGCAUACA
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>DroVir_CAF1 15519 120 + 1
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>DroGri_CAF1 22766 120 + 1
CGUGCUCACUGAACUGUUGUGGCAAUGUGGCUAUGCCUAUUGCCACGAUAUGCGGCACCACACAGAUUUGCUGCUGAACAUCCUAUUGAUUGAGGAUUCGUGGCAACAUCAUCGCAUCCA
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>DroWil_CAF1 16139 120 + 1
CGUACUGACCGAGCUGCUGUGGCAGUGUGGUUUCGCCUACUGCCAUGACAUGCGUCAUCAUACAGAUCUGUUGCUGAAUAUCUUACUGAUCGAUGAUUCGUGGCAACAUCAUCGCAUCCA
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>DroMoj_CAF1 15782 120 + 1
CGUACUCACUGAGCUGCUGUGGCAGUGUGGCUUCGCUUAUUGCCAUGAUAUGCGCCAUCACACAGACUUGCUGCUGAACAUUUUGUUGAUCGAGGACUCUUGGCAGCACCAUCGCAUACA
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>DroAna_CAF1 15202 120 + 1
UGUACUCACAGAGUUGUUGUGGCAGUGCGGCUUUGCCUACUGCCACGACAUGCGCCACCACACGGACCUGCUGCUGAACAUCCUGCUUAUUGAGGACUCGUGGCAGCACCACCGCAUCCA
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>consensus
CGUACUCACAGAGCUGCUGUGGCAGUGUGGCUUCGCCUAUUGCCACGACAUGCGCCACCACACAGAUCUGCUGCUGAACAUCCUGCUGAUCGAGGACUCGUGGCAGCACCAUCGCAUACA
..................(((((((((.(((...))))))))))))...(((((....(.....)...((((((((....((((........))))....))))))))....)))))... (-25.68 = -25.27 +  -0.41)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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