| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 27,596,585 – 27,596,698 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.773228 |
| Location | 27,596,585 – 27,596,698 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.87 |
| Mean single sequence MFE | -43.42 |
| Consensus MFE | -29.39 |
| Energy contribution | -32.31 |
| Covariance contribution | 2.92 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.54 |
| SVM RNA-class probability | 0.773228 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27596585 113 - 27905053 AGGAUUGGGCCGCAUAGACUACCGCGUGUGGUUGGAUGCUAGCAAGGAGGGCCUCCA---AAUCCAGCCCAUCC-AACUUCGGGUGCAACUAAGGGACAAAGAUGGUCAUGUGGCCG .......((((((((.(((((.(...((((((((((((....)..((((...)))).---.))))))))(((((-......)))))..........)))..).))))))))))))). ( -42.80) >DroSec_CAF1 2814 113 - 1 AGGAUUGGGCCGCAUAGACUACCGCGUGUGGUUGGAAGCGAGUAAGGAGGGCCUCCA---AAUCCAGCCCAUCC-AUCUUCGGGUGCGACUGAGGGACAAAGAUGGUCAUGUGGCCG .......((((((((.(((((.((.(((.(((((((.(....)..((((...)))).---..)))))))))).)-.(((((((......))))))).....).))))))))))))). ( -43.20) >DroSim_CAF1 6966 113 - 1 AGGAUUGGGCCGCAUAGACUACCGCGUGUGGUUGGAAGCGAGUAAGGAGGGCCUCCA---AAUCCAGCCCAUCC-AUCUUCGGGUGCAACUGAGGGACAAAGAUGGUCAUGUGGCCG .......((((((((.(((((.((.(((.(((((((.(....)..((((...)))).---..)))))))))).)-.(((((((......))))))).....).))))))))))))). ( -43.20) >DroEre_CAF1 1394 113 - 1 CGGAUUGGGCCGCAUAGACUACCGCGUGUGGUUGGAUGGGAGCAAGGAAGGCCUCCU---CGUCCAGCCCACCC-AUCUUCGGGUGCAACUGAGGGACAAAGAUGGUCAUGUGGCUG .......((((((((.(((((.((.(((.((((((((((((((.......).)))).---)))))))))))).)-.(((((((......))))))).....).))))))))))))). ( -51.10) >DroYak_CAF1 8107 113 - 1 AGGAUUGGGCCGCAUAGACUACCGUGUGUGGUUGGAUGGUAGCAAGGAGGGCCUCCA---CAUCCAGCCUAGCC-AUCUACUGGUGCAACUGAAAGACAAAGAUGGUCAUGUGGCCG .......((((((((.(((((.(...((((((((((((.......((((...)))).---)))))))))..(((-(.....))))...........)))..).))))))))))))). ( -42.80) >DroAna_CAF1 3021 116 - 1 GGGUAUGGGCCGAAUUGAGUAUCGUUUAUGGAUAGAUGGAAGUCAGGAUAGCUAUAUGGGCAU-UAGGCUAUCAAAUGUCCUUGUUCAAUUAAGGGACAGAGAUGGCCAGGUGGCGG ..((((((.(....((((.(.(((((((....))))))).).))))....))))))).(.(((-..(((((((...(((((((.........)))))))..)))))))..))).).. ( -37.40) >consensus AGGAUUGGGCCGCAUAGACUACCGCGUGUGGUUGGAUGCGAGCAAGGAGGGCCUCCA___AAUCCAGCCCAUCC_AUCUUCGGGUGCAACUGAGGGACAAAGAUGGUCAUGUGGCCG .......((((((((.(((((.(...(((((((((((.......(((....))).......)))))))).......(((((((......))))))))))..).))))))))))))). (-29.39 = -32.31 + 2.92)
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