| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 27,485,783 – 27,485,903 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.613209 |
| Location | 27,485,783 – 27,485,903 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.11 |
| Mean single sequence MFE | -43.37 |
| Consensus MFE | -26.61 |
| Energy contribution | -27.70 |
| Covariance contribution | 1.09 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -1.64 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | 0.16 |
| SVM RNA-class probability | 0.613209 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27485783 120 + 27905053 GUGCUCUUCGAAUCGGAGAGCAUCGCCUCGGAUAAGCUGUGGAGUAAUCUAACCGUUUUCAACGUGACCAGCUUGGAUGCUGGAACCUACGCCUGCACGGGCUCUAAUUCCAUCGGCAGU ((((((((((...)))))))))).(((.((..(((((((((((....)))).((((.....))).)..)))))))..)).(((((.....((((....)))).....)))))..)))... ( -41.20) >DroVir_CAF1 60051 120 + 1 GUGCUCUUCGAUACGGAGAGCAUUGCCUCCGACAAACUGUGGAGCAAUCUGACCGUGUUCAACGUGAGCAGCCUAGAUGCGGGCACAUAUGCCUGCACGGGCAGCAAUCUGAUCGGGUCC .(((((((((...)))))))))((((.(((.((.....)))))))))...((((.(((((.....)))))((((.(.((((((((....))))))))))))).............)))). ( -48.50) >DroGri_CAF1 43470 120 + 1 GUGCUCUUCGAUGUGGAGAGCAUUGCAUCCGAUAAGUUGUGGAGCAAUCUGACGGUGUUCAAUGUGAGCAGCCUGGAUGCGGGCACAUAUGCCUGUACGGGCAGCAAUCUGAUUGGAUCG (((((((((.....))))))))).(.(((((((.(((((((((....))).....(((((.....)))))(((((..((((((((....))))))))))))).)))).)).)))))))). ( -47.40) >DroWil_CAF1 45261 120 + 1 GUGCUCUUCGAUACGGAGAGCAUUGCCUCCGAUAAGCUGUGGAGCAAUCUUACAGUGUUCAAUGUAACUAGCCUGGAUGCAGGCACUUAUGCAUGCACAGCAUCGAAUACCAUUGGUUCG ((((((((((...))))))))))......((((..((((((.((((...(((((........)))))...(((((....))))).....))).).))))))))))............... ( -40.00) >DroMoj_CAF1 57890 120 + 1 GUGCUCUUCGAUACGGAGAGCAUCACGUCCGACAAGCUGUGGAGCAAUCUGACCGUAUUCAAUGUGAGCAGCCUGGAUGCAGGCACCUACGCCUGCACGGGCACCAAUCUGAUCGGAUCG ((((((((((...))))))))))...((((((..((...(((.((.((.(((......)))..))..)).(((((..(((((((......)))))))))))).)))..))..)))))).. ( -47.30) >DroAna_CAF1 9377 120 + 1 GUCCUGUUCGACUCGGAGAGUAUAGCGUCGGACAAGCUGUGGAGCAACCUGACAGUCUUCAACGUGACAAGCCUGGACGCUGGAACGUAUGCCUGUACGGGCACGAAUGCCAUUGGCAGC ((((((((((((.(..........).)))))))).(((..((.....)).....(((........))).)))..))))((..(..(((((....)))))((((....)))).)..))... ( -35.80) >consensus GUGCUCUUCGAUACGGAGAGCAUUGCCUCCGACAAGCUGUGGAGCAAUCUGACCGUGUUCAACGUGACCAGCCUGGAUGCAGGCACAUAUGCCUGCACGGGCACCAAUCCCAUCGGAUCG ((((((((((...)))))))))).....((((...(((....))).........................(((((..(((((((......))))))))))))..........)))).... (-26.61 = -27.70 + 1.09)
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