Locus 10240

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,444,079 – 27,444,195
Length 116
Max. P 0.654243
window16323

overview

Window 3

Location 27,444,079 – 27,444,195
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.22
Mean single sequence MFE -40.76
Consensus MFE -31.24
Energy contribution -31.00
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.63
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.654243
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27444079 116 + 27905053
AA---UUUUCCGGCGGG-GCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAU
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>DroSim_CAF1 5593 116 + 1
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>DroEre_CAF1 6232 116 + 1
AA---UUUUCCGGCGGG-GCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGGCAGCAU
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>DroYak_CAF1 5681 116 + 1
AA---UUUUCCGGCGGG-GCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAU
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>DroMoj_CAF1 7002 109 + 1
GA---U-------UGAG-UUUUCUAGCUUAACCAAUGUGGCACCUCCAAUGAAAAAUCAAUUCGAAAUCGUUGGAUGUUCUCAAUAUUGGUUAUUGGCCAGAAGAGCUCAAACACAGCUA
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>DroAna_CAF1 6556 120 + 1
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>consensus
AA___UUUUCCGGCGGG_GCUUCUGGCUUAACCAAUGUGGCACUUCCAAUGAGAAAUCAAUUGCAAGGCGUUGGAUGCUCUCAGUAUUGGUUAUUGGCGAGAUUGGCCCCGGGACAGCAU
.............((((.((((((.(((((((((((((((((..(((((((.................)))))))))))....))))))))))..))).)))..)))))))......... (-31.24 = -31.00 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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