Locus 10238

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,437,317 – 27,437,457
Length 140
Max. P 0.958039
window16316 window16317 window16318

overview

Window 6

Location 27,437,317 – 27,437,417
Length 100
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.38
Mean single sequence MFE -47.43
Consensus MFE -34.46
Energy contribution -36.49
Covariance contribution 2.03
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.48
SVM RNA-class probability 0.958039
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27437317 100 + 27905053
UCCCCAUU--CCGGAUCCGGAU---------------CCAGCAACAACGCCGCCGUGGAUGCCCAUGCUCGCACU---CUGGGCUCGCUCGCCCAGGACUUUGGCAUGGGCGGCGGCUCG
.......(--(((....)))).---------------...........((((((......(((((((((.....(---((((((......))))))).....)))))))))))))))... ( -47.20)
>DroVir_CAF1 18597 114 + 1
UGGCCAUCAGCUGGAUACGGAUUUUGUGACGGCGGCGACACCAACAACGCCGAAGUGGAUGCACAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGCCGG---ACCG
.((((....((((..((((.....)))).))))(((.(..((((...(((((..(((.((....)).))).))))).(((((((---...)))))))...))))..).)))))---.)). ( -46.10)
>DroGri_CAF1 14704 114 + 1
UGGCCAUCAGCUGGAUACGGAUUUUGUGACGGCGGCGACACCAACAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGCCGG---ACCG
.((((....((((..((((.....)))).))))(((.(..((((...(((((..((((....)))).....))))).(((((((---...)))))))...))))..).)))))---.)). ( -46.30)
>DroSim_CAF1 18702 94 + 1
UCCCCAUU--CCGGAUCCGGAU---------------CCAGCAACAACGCCGCCGUGGAUGCCCAUGCUCGCACU---CUGGGCUCGCUCGCCCAGGACUUUGGCAUGGGCAGG------
...(((((--(((....)))).---------------...((......))....)))).((((((((((.....(---((((((......))))))).....))))))))))..------ ( -41.00)
>DroWil_CAF1 11535 114 + 1
UGGCCAUCAGCUGGUUACGGAUUUUGUGACGGCGGCGAUAAUAACAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGUGG---ACCA
.(((((((.(((.((((((.....))))))..(((((..........))))).))).)))((((((((.((.(((..(((((((---...)))))))))).))))))))))))---.)). ( -50.20)
>DroPer_CAF1 15501 114 + 1
UGGCCAUCCGCUGGAUACGGAUUUUGUGACGGCGGCGACACCACAAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGUGG---UCCC
.(((((((((((.....(((..(((((...((.(....).)))))))..))).)))))))((((((((.((.(((..(((((((---...)))))))))).))))))))))))---)).. ( -53.80)
>consensus
UGGCCAUCAGCUGGAUACGGAUUUUGUGACGGCGGCGACACCAACAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC___AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGCGG___ACCG
...((((...(((....))).........(((((.............)))))..)))).(((((((((.((.(((..(((((((......)))))))))).)))))))))))........ (-34.46 = -36.49 +   2.03)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 27,437,317 – 27,437,417
Length 100
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.38
Mean single sequence MFE -45.58
Consensus MFE -25.35
Energy contribution -27.97
Covariance contribution 2.61
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.779872
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27437317 100 - 27905053
CGAGCCGCCGCCCAUGCCAAAGUCCUGGGCGAGCGAGCCCAG---AGUGCGAGCAUGGGCAUCCACGGCGGCGUUGUUGCUGG---------------AUCCGGAUCCGG--AAUGGGGA
...((((((((((((((....(..((((((......))))))---..)....))))))))......)))))).(..((.((((---------------((....))))))--))..)... ( -50.10)
>DroVir_CAF1 18597 114 - 1
CGGU---CCGGCCAUGCCAAAGUCCUGGGCAAU---GCCCAGGCCACCGCGUGCAUGUGCAUCCACUUCGGCGUUGUUGGUGUCGCCGCCGUCACAAAAUCCGUAUCCAGCUGAUGGCCA
.(((---(((((.(((((.(((((((((((...---))))))).....(.((((....)))).))))).))))).)))))....)))(((((((.................))))))).. ( -43.73)
>DroGri_CAF1 14704 114 - 1
CGGU---CCGGCCAUGCCAAAGUCCUGGGCAAU---GCCCAGGCCACCGCGUGCAUGGGCAUCCACUUCGGCGUUGUUGGUGUCGCCGCCGUCACAAAAUCCGUAUCCAGCUGAUGGCCA
.(((---(((((.(((((.(((((((((((...---))))))).....(.((((....)))).))))).))))).)))))....)))(((((((.................))))))).. ( -43.33)
>DroSim_CAF1 18702 94 - 1
------CCUGCCCAUGCCAAAGUCCUGGGCGAGCGAGCCCAG---AGUGCGAGCAUGGGCAUCCACGGCGGCGUUGUUGCUGG---------------AUCCGGAUCCGG--AAUGGGGA
------(((((((((((....(..((((((......))))))---..)....))))))))).((((((((((...))))))).---------------.((((....)))--).))))). ( -47.60)
>DroWil_CAF1 11535 114 - 1
UGGU---CCACCCAUGCCAAAGUCCUGGGCAAU---GCCCAGGCCACCGCGUGCAUGGGCAUCCACUUCGGCGUUGUUAUUAUCGCCGCCGUCACAAAAUCCGUAACCAGCUGAUGGCCA
..((---(((..(((((....(.(((((((...---))))))))....)))))..))))).........((((.((....)).))))(((((((.................))))))).. ( -41.73)
>DroPer_CAF1 15501 114 - 1
GGGA---CCACCCAUGCCAAAGUCCUGGGCAAU---GCCCAGGCCACCGCGUGCAUGGGCAUCCACUUCGGCGUUUGUGGUGUCGCCGCCGUCACAAAAUCCGUAUCCAGCGGAUGGCCA
.(((---...((((((((...(((((((((...---)))))))..))...).)))))))..))).....(((.((((((..(.......)..))))))((((((.....)))))).))). ( -47.00)
>consensus
CGGU___CCGCCCAUGCCAAAGUCCUGGGCAAU___GCCCAGGCCACCGCGUGCAUGGGCAUCCACUUCGGCGUUGUUGGUGUCGCCGCCGUCACAAAAUCCGUAUCCAGCUGAUGGCCA
.........((((((((....(((((((((......))))))).....))..))))))))........(((((..........)))))..................(((.....)))... (-25.35 = -27.97 +   2.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 27,437,340 – 27,437,457
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.30
Mean single sequence MFE -53.49
Consensus MFE -39.13
Energy contribution -39.97
Covariance contribution 0.83
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.657318
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27437340 117 + 27905053
GCAACAACGCCGCCGUGGAUGCCCAUGCUCGCACU---CUGGGCUCGCUCGCCCAGGACUUUGGCAUGGGCGGCGGCUCGGGGGCGUGUCCGCCCGCCCACAUGUACGGCGCCGUAGCCC
((.((..(((((((((...((((((((((.....(---((((((......))))))).....)))))))))))))))..(((((((....))))).)).........))))..)).)).. ( -60.90)
>DroVir_CAF1 18637 114 + 1
CCAACAACGCCGAAGUGGAUGCACAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGCCGG---ACCGGCCGCUGGUCCGCCGGCACAUAUGUACGGCGCCAUAGCGC
....((((((((..(((.((....)).))).))))).(((((((---...)))))))...)))(((((((.((---(((((...)))))))((((..((....)).))))))))).)).. ( -54.10)
>DroPse_CAF1 16109 114 + 1
CCACAAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGUGG---UCCCGGUGCCGGUCCGCCCGCCCACAUGUACGGCGCCGUAGCCC
((((..........))))..((((((((.((.(((..(((((((---...)))))))))).))))))))))((---(..((((((((...................))))))))..))). ( -54.01)
>DroGri_CAF1 14744 114 + 1
CCAACAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGCCGG---ACCGGCCACUGGUCCCCCAGCCCAUAUGUACGGCGCCAUAGCGC
....((((((((..((((....)))).....))))).(((((((---...)))))))...)))(((((((.((---(((((...)))))))....(((.........)))))))).)).. ( -48.40)
>DroWil_CAF1 11575 105 + 1
AUAACAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGUGG---ACCAGGGGCAGGUCCGCCAUCUCAUAUGUAUGGG---------C
.......(((....)))...(((((((((.((.(.(((((((((---...))))))).)).).))...(((((---(((.......))))))))........))))))))---------) ( -49.50)
>DroPer_CAF1 15541 114 + 1
CCACAAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC---AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGUGG---UCCCGGUGCCGGUCCGCCCGCCCACAUGUACGGCGCCGUAGCCC
((((..........))))..((((((((.((.(((..(((((((---...)))))))))).))))))))))((---(..((((((((...................))))))))..))). ( -54.01)
>consensus
CCAACAACGCCGAAGUGGAUGCCCAUGCACGCGGUGGCCUGGGC___AUUGCCCAGGACUUUGGCAUGGGCGG___ACCGGGCGCCGGUCCGCCCGCCCACAUGUACGGCGCCGUAGCCC
.......(((((..((((((((((((((.((.(((..(((((((......)))))))))).))))))))))((....))........))))))..((......)).)))))......... (-39.13 = -39.97 +   0.83)

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