Locus 10234

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,426,139 – 27,426,299
Length 160
Max. P 0.999717
window16306 window16307 window16308 window16309

overview

Window 6

Location 27,426,139 – 27,426,259
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.89
Mean single sequence MFE -51.62
Consensus MFE -48.69
Energy contribution -48.30
Covariance contribution -0.39
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 3.33
SVM RNA-class probability 0.999018
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27426139 120 + 27905053
GGGGAUGCCUUCCUCAAUGGUGGGCAGGUCGGAGGAGAAGCGGUUGAUCGGGCGCAAGACGCGCAGCGUGCGACUGGACAGCUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUGUUCUG
.(((((((((.((.....)).)))).((((((..(.....)..))))))((((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)))))).))))). ( -51.10)
>DroVir_CAF1 1955 120 + 1
CGAUAUACCCUCCUCGAUGGUGGGCAAAUCGGAUGAGAAGCGAUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAAUUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUG
((((...(((.((.....)).)))...))))....((((.(((....)))(((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)))))...)))). ( -49.60)
>DroGri_CAF1 34 120 + 1
CGAUAUGCCCUCCUCGAUGGUGGGCAGAUCGGAUGAGAAGCGAUUGAUCGGGCGCAGAACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAACUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUG
((((.(((((.((.....)).))))).))))....((((.(((....)))(((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)))))...)))). ( -55.00)
>DroWil_CAF1 34 120 + 1
CGAGAUGCCUUCCUCAAUGGUGGGCAGAUCCGAGGAGAAACGAUUGAUAGGGCGCAACACACGCAGCGUGCGACUGGAUAACUUCCAGACAAGCCGUUGCUUAUAGGGCGCCUUAUUCUG
.((..(((((.((.....)).)))))..))...............((((((((((.......((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).......))))))))))... ( -47.04)
>DroMoj_CAF1 1663 120 + 1
CGAUAUGCCCUCCUCAAUGGUGGGCAAAUCGGAUGAGAAACGAUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAAUUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUG
((((.(((((.((.....)).))))).))))....((((.(((....)))(((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)))))...)))). ( -56.40)
>DroAna_CAF1 916 120 + 1
GGAGAUGCCUUCCUCAAUGGUGGGCAGGUCGGAUGAGAAGCGGUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAGAGCUUCCAGACUAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUGUUCUG
((((.(((((.((.....)).)))))((((((.((.....)).))))))((((((...(((.((((((.((..((((((...))))))....)))))))).)))...))))))..)))). ( -50.60)
>consensus
CGAGAUGCCCUCCUCAAUGGUGGGCAGAUCGGAUGAGAAGCGAUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAACUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUG
.((..(((((.((.....)).)))))..)).....((((.(((....)))(((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)))))...)))). (-48.69 = -48.30 +  -0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 27,426,139 – 27,426,259
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.89
Mean single sequence MFE -42.98
Consensus MFE -37.38
Energy contribution -37.43
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880075
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27426139 120 - 27905053
CAGAACAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAGCUGUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCUUGCGCCCGAUCAACCGCUUCUCCUCCGACCUGCCCACCAUUGAGGAAGGCAUCCCC
........(((((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...))))).........((((.(((((................)))))))))...... ( -40.39)
>DroVir_CAF1 1955 120 - 1
CAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAAUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAAUCGCUUCUCAUCCGAUUUGCCCACCAUCGAGGAGGGUAUAUCG
.((((...(((((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...)))))(((....))).))))....((((.(((((.((.....)).))))).)))) ( -45.90)
>DroGri_CAF1 34 120 - 1
CAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAGUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUUCUGCGCCCGAUCAAUCGCUUCUCAUCCGAUCUGCCCACCAUCGAGGAGGGCAUAUCG
.((((...(((((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...)))))(((....))).))))....((((.(((((.((.....)).))))).)))) ( -48.40)
>DroWil_CAF1 34 120 - 1
CAGAAUAAGGCGCCCUAUAAGCAACGGCUUGUCUGGAAGUUAUCCAGUCGCACGCUGCGUGUGUUGCGCCCUAUCAAUCGUUUCUCCUCGGAUCUGCCCACCAUUGAGGAAGGCAUCUCG
..((.((.(((((..((((.(((.((((..(.(((((.....))))).))).)).))).))))..))))).))))...............((..((((..((.....))..))))..)). ( -35.60)
>DroMoj_CAF1 1663 120 - 1
CAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAAUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAAUCGUUUCUCAUCCGAUUUGCCCACCAUUGAGGAGGGCAUAUCG
.((((...(((((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...)))))(((....))).))))....((((.(((((.((.....)).))))).)))) ( -48.20)
>DroAna_CAF1 916 120 - 1
CAGAACAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUAGUCUGGAAGCUCUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAACCGCUUCUCAUCCGACCUGCCCACCAUUGAGGAAGGCAUCUCC
........(((((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...)))))....................((..((((..((.....))..))))..)). ( -39.40)
>consensus
CAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAGUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAAUCGCUUCUCAUCCGAUCUGCCCACCAUUGAGGAAGGCAUAUCG
........(((((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...)))))....................((..((((..((.....))..))))..)). (-37.38 = -37.43 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 27,426,179 – 27,426,299
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.67
Mean single sequence MFE -50.77
Consensus MFE -47.24
Energy contribution -46.30
Covariance contribution -0.94
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -3.14
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 3.94
SVM RNA-class probability 0.999717
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27426179 120 + 27905053
CGGUUGAUCGGGCGCAAGACGCGCAGCGUGCGACUGGACAGCUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUGUUCUGCCCGUUGUAAUGGGACAGAAUACCCGAAACGAUGCUGAAG
((((..(((((((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...))))).((((((((((((....))))).))))))).......))))))))... ( -54.80)
>DroVir_CAF1 1995 120 + 1
CGAUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAAUUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUGUCCAUUGUAGUGGGACAGAAUGCCCGAGACAAUGCUAAAA
..((((.((((((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)).....(((((((((.........)))))))))))))))..))))....... ( -53.90)
>DroGri_CAF1 74 120 + 1
CGAUUGAUCGGGCGCAGAACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAACUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUGGCCAUUGUAAUGGGACAGAAUGCCCGACACAAUGCUAAAA
..((((.((((((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)).....((((((.((((....))))..))))))))))))..))))....... ( -49.20)
>DroWil_CAF1 74 120 + 1
CGAUUGAUAGGGCGCAACACACGCAGCGUGCGACUGGAUAACUUCCAGACAAGCCGUUGCUUAUAGGGCGCCUUAUUCUGGCCAUUAUAAUGGGAUAGAAUGCCCGAGACAAUGCUGAAA
.....((((((((((.......((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).......))))))))))..(((.(((.(..((((........))))..).)))))).... ( -40.84)
>DroMoj_CAF1 1703 120 + 1
CGAUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAAUUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUGUCCAUUGUAAUGAGACAGAAUGCCCGAGACAAUGCUAAAG
..((((.((((((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...)).....(((((((((((....))).))))))))))))))..))))....... ( -53.00)
>DroAna_CAF1 956 120 + 1
CGGUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAGAGCUUCCAGACUAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUGUUCUGCCCGUUGUAGUGGGACAGAAUGCCCGACACGAUGCUGAAG
((((((.((((((((...(((.((((((.((..((((((...))))))....)))))))).)))...)).....((((((((((......)))).))))))))))))))....))))... ( -52.90)
>consensus
CGAUUGAUCGGGCGCAGGACGCGCAGCGUGCGACUGGAUAACUUCCAGACAAGCCGCUGCUUGUAGGGCGCCUUAUUCUGCCCAUUGUAAUGGGACAGAAUGCCCGAGACAAUGCUAAAA
..((((.((((((((...(((.((((((.((..(((((.....)))))....)))))))).)))...))))).((((((((((((....))))).)))))))..)))..))))....... (-47.24 = -46.30 +  -0.94)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 27,426,179 – 27,426,299
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.67
Mean single sequence MFE -47.49
Consensus MFE -41.90
Energy contribution -42.59
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -3.17
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 2.93
SVM RNA-class probability 0.997772
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27426179 120 - 27905053
CUUCAGCAUCGUUUCGGGUAUUCUGUCCCAUUACAACGGGCAGAACAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAGCUGUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCUUGCGCCCGAUCAACCG
..........(((((((((.(((((.(((........))))))))((((((((.......((((((((..(.(((((.....))))).))).)))))))))))))).))))))..))).. ( -50.11)
>DroVir_CAF1 1995 120 - 1
UUUUAGCAUUGUCUCGGGCAUUCUGUCCCACUACAAUGGACAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAAUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAAUCG
.....(.((((..(((((((((((((((.........))))))))).((((((.......((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))))).)))..)))))).))))). ( -51.21)
>DroGri_CAF1 74 120 - 1
UUUUAGCAUUGUGUCGGGCAUUCUGUCCCAUUACAAUGGCCAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAGUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUUCUGCGCCCGAUCAAUCG
.....(.((((.(((((((((((((..((((....)))).)))))).....((...((..((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))..))...)))))))))))))). ( -48.10)
>DroWil_CAF1 74 120 - 1
UUUCAGCAUUGUCUCGGGCAUUCUAUCCCAUUAUAAUGGCCAGAAUAAGGCGCCCUAUAAGCAACGGCUUGUCUGGAAGUUAUCCAGUCGCACGCUGCGUGUGUUGCGCCCUAUCAAUCG
.....(.(((((((.((.((((.((......)).)))).)))))(((.(((((..((((.(((.((((..(.(((((.....))))).))).)).))).))))..))))).)))))))). ( -35.20)
>DroMoj_CAF1 1703 120 - 1
CUUUAGCAUUGUCUCGGGCAUUCUGUCUCAUUACAAUGGACAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAAUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAAUCG
.....(.((((..((((((((((((((.(((....))))))))))).((((((.......((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))))).)))..)))))).))))). ( -50.91)
>DroAna_CAF1 956 120 - 1
CUUCAGCAUCGUGUCGGGCAUUCUGUCCCACUACAACGGGCAGAACAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUAGUCUGGAAGCUCUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAACCG
............(((((((.(((((.(((........))))))))((.(((((.......((((((((..(.(((((.....))))).))).))))))))))).)).)))))))...... ( -49.41)
>consensus
CUUCAGCAUUGUCUCGGGCAUUCUGUCCCAUUACAAUGGACAGAAUAAGGCGCCCUACAAGCAGCGGCUUGUCUGGAAGUUAUCCAGUCGCACGCUGCGCGUCCUGCGCCCGAUCAAUCG
.............(((((((((((((((.........)))))))))..(((((.......((((((((..(.(((((.....))))).))).)))))))))))....))))))....... (-41.90 = -42.59 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:52:14 2006