Locus 10224

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	27,408,690 – 27,408,810
Length	120
Max. P	0.913136

overview

Window 8

Location	27,408,690 – 27,408,810
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.33
Mean single sequence MFE	-40.91
Consensus MFE	-23.76
Energy contribution	-22.52
Covariance contribution	-1.25
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.46
SVM RNA-class probability	0.743211
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27408690 120 + 27905053
GCAUUCGAGCAGCAUUCUGCCGCUGCUAAACGAAGAUGAGUUGCGCACGCUUUUAGGGUUCAUUCCGAGCAACACCAAGCCCUUCAACGUUGUCCAGUGGUUGCGUCAGUUCAUUCCGAU
...((((((((((........))))))...))))(((((..((((((((((....(((.....)))(..((((...............))))..)))))..)))).))..)))))..... ( -32.06)
>DroVir_CAF1 12025 120 + 1
UCACUCGAGCAGCAUUUUGCCGCAUCUCAGCGAGGAUGAAUUGCGCACACUGCUGGGUUUUAUACCCAGCAAUACGGAACCACUUAAUGUGGUACAGUGGUUGCGCCAAUUCGUGCCCAU
((.((.((((.((.....)).)).))..)).))(((((((((((((((((((((((((.....)))))))......(.(((((.....))))).)))))..)))).)))))))).))... ( -45.50)
>DroPse_CAF1 11467 120 + 1
GCACUCGAGCAGCAUUCUGCCGCACCUCAACGAGGAUGAGCUGCGCACGCUGCUCGGCUUCAUACCGAGCAACACCAAGCCCUUUAACAUUGUCCAGUGGCUGCGCCAGUUCAUUCCGAU
.....((.((((....))))))........((.((((((((((((((.(((((((((.......)))))))................((((....)))))))))).)))))))))))).. ( -42.70)
>DroGri_CAF1 11721 120 + 1
UCACUCGAGCAGCAUUUUACCGCAACUCAACGACGAUGAAUUACGAACGCUGCUGGGCUUCAUACCCAGCAGCACUGUGCCGCUUAAUGUGGUGCAGUGGCUGCACCAAUUUGUGCCCAU
........(((((.......((.((.(((.......))).)).))...(((((((((.......)))))))))((((..((((.....))))..)))).)))))................ ( -44.80)
>DroMoj_CAF1 11491 120 + 1
UCAUUCGAGCAGCGUUUUGCCACAUCUAAGCGAGGAUGAAUUGCGCACGCUGCUGGGCUUUAUACCAAGCACCACAGAGCCGCUUAAUGUGGUGCAGUGGCUCCGUCAAUUCGUGCCCAU
.......((((((((..(((..(((((......)))))....))).))))))))((((......(((.((((((((...........))))))))..)))...((......)).)))).. ( -42.70)
>DroPer_CAF1 10903 120 + 1
GCACUCGAGCAGCAUUCUGCCGCACCUCAACGAGGAUGAGCUGCGCACGCUGCUCGGCUUCAUACCGAGCAACACGAAGCCCUUUAACAUUGUCCAGUGGCUACGCCAGUUUAUACCGAU
....(((.((.((.....)).)).((((...))))((((((((.((..(.(((((((.......))))))).)..(.((((((............)).)))).)))))))))))..))). ( -37.70)
>consensus
GCACUCGAGCAGCAUUCUGCCGCACCUCAACGAGGAUGAAUUGCGCACGCUGCUGGGCUUCAUACCGAGCAACACCAAGCCCCUUAACGUGGUCCAGUGGCUGCGCCAAUUCAUGCCCAU
.....((.((((....))))))...........((((((((((.((..(.(((((((.......))))))).)....((((.((...........)).))))..)))))))))).))... (-23.76 = -22.52 +  -1.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	27,408,690 – 27,408,810
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.33
Mean single sequence MFE	-47.00
Consensus MFE	-27.57
Energy contribution	-27.83
Covariance contribution	0.26
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-2.62
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	1.09
SVM RNA-class probability	0.913136
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27408690 120 - 27905053
AUCGGAAUGAACUGACGCAACCACUGGACAACGUUGAAGGGCUUGGUGUUGCUCGGAAUGAACCCUAAAAGCGUGCGCAACUCAUCUUCGUUUAGCAGCGGCAGAAUGCUGCUCGAAUGC
.((((((((((((((.(((((.((..(....(......)...)..)))))))))))..............((....))........)))))))(((((((......)))))))))).... ( -31.00)
>DroVir_CAF1 12025 120 - 1
AUGGGCACGAAUUGGCGCAACCACUGUACCACAUUAAGUGGUUCCGUAUUGCUGGGUAUAAAACCCAGCAGUGUGCGCAAUUCAUCCUCGCUGAGAUGCGGCAAAAUGCUGCUCGAGUGA
..(((...(((((((((((((((((...........)))))))....((((((((((.....)))))))))))))).)))))).)))(((((..((.(((((.....))))))).))))) ( -50.80)
>DroPse_CAF1 11467 120 - 1
AUCGGAAUGAACUGGCGCAGCCACUGGACAAUGUUAAAGGGCUUGGUGUUGCUCGGUAUGAAGCCGAGCAGCGUGCGCAGCUCAUCCUCGUUGAGGUGCGGCAGAAUGCUGCUCGAGUGC
.((((.((((.(((((((((((....(((...)))....))))....((((((((((.....)))))))))))))).))).))))((((...)))).(((((.....))))))))).... ( -49.20)
>DroGri_CAF1 11721 120 - 1
AUGGGCACAAAUUGGUGCAGCCACUGCACCACAUUAAGCGGCACAGUGCUGCUGGGUAUGAAGCCCAGCAGCGUUCGUAAUUCAUCGUCGUUGAGUUGCGGUAAAAUGCUGCUCGAGUGA
.....(((....((((((((...))))))))..(..(((((((....((((((((((.....))))))))))..((((((((((.......)))))))))).....)))))))..)))). ( -57.20)
>DroMoj_CAF1 11491 120 - 1
AUGGGCACGAAUUGACGGAGCCACUGCACCACAUUAAGCGGCUCUGUGGUGCUUGGUAUAAAGCCCAGCAGCGUGCGCAAUUCAUCCUCGCUUAGAUGUGGCAAAACGCUGCUCGAAUGA
.(((((.((......))..((((..((((((((...........)))))))).)))).....)))))(((((((..((....((((........))))..))...)))))))........ ( -45.60)
>DroPer_CAF1 10903 120 - 1
AUCGGUAUAAACUGGCGUAGCCACUGGACAAUGUUAAAGGGCUUCGUGUUGCUCGGUAUGAAGCCGAGCAGCGUGCGCAGCUCAUCCUCGUUGAGGUGCGGCAGAAUGCUGCUCGAGUGC
..((((....))))(((.((((....(((...)))....)))).)))((((((((((.....))))))))))(..((((.((((.......)))).)))(((((....)))))...)..) ( -48.20)
>consensus
AUCGGCACGAACUGGCGCAGCCACUGGACAACAUUAAAGGGCUCCGUGUUGCUCGGUAUGAAGCCCAGCAGCGUGCGCAACUCAUCCUCGUUGAGAUGCGGCAAAAUGCUGCUCGAGUGA
........((.(((.(((((((.................)))....(((((((((((.....)))))))))))))))))).))...((((.......(((((.....))))).))))... (-27.57 = -27.83 +   0.26)

alignment

secondary structure

dotplot

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