Locus 10181

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,306,490 – 27,306,610
Length 120
Max. P 0.896169
window16211

overview

Window 1

Location 27,306,490 – 27,306,610
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 99.17
Mean single sequence MFE -27.90
Consensus MFE -27.39
Energy contribution -27.55
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -0.99
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 0.99
SVM RNA-class probability 0.896169
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27306490 120 - 27905053
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCUCUCUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACGUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).(((((((((.............))..((((.((((((........((((((...))))))))))))...)))))))))))..)))))........... ( -28.32)
>DroSec_CAF1 11455 120 - 1
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCUCUCUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACGUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).(((((((((.............))..((((.((((((........((((((...))))))))))))...)))))))))))..)))))........... ( -28.32)
>DroSim_CAF1 11882 120 - 1
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCUCUCUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACGUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).(((((((((.............))..((((.((((((........((((((...))))))))))))...)))))))))))..)))))........... ( -28.32)
>DroEre_CAF1 11739 120 - 1
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCUCUCUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACGUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).(((((((((.............))..((((.((((((........((((((...))))))))))))...)))))))))))..)))))........... ( -28.32)
>DroYak_CAF1 7791 120 - 1
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCUCUCUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACGUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).(((((((((.............))..((((.((((((........((((((...))))))))))))...)))))))))))..)))))........... ( -28.32)
>DroAna_CAF1 13057 118 - 1
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCU--CUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACAUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).((((((((((--.((((((((((...........)))).)))))))))((((.((((......)))).)))).)))))))..)))))........... ( -25.80)
>consensus
CAAUUUGUACAAUAUAAUUUGGGAUUUGGGCUCUCUUUAUUAAUGCAAUUACCGCACGUUAAAUAAAAGCCGCGCUGCGGUUACGUGCAACGUGACCAGAUCGAGCAAACAUUACAUCAG
...(((((.(((......))).(((((((((.............))..((((.((((((........((((((...))))))))))))...)))))))))))..)))))........... (-27.39 = -27.55 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:50:48 2006