Locus 10127

Window 9

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27161718 90 + 27905053
GGCACAAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCUGUCUGGAU----------GUCUUGGA--CAAUCCAAUUGG--GUUCCACCGUCUCAUUACGUGCCAAAUACGAGUA--------
(((((..(((....))).....(((((((..(((((----------(((...))--).)))))..)))--))))..............)))))...........-------- ( -27.70)
>DroPse_CAF1 75044 100 + 1
GGCUAAAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCUGUCCGUGUGUCUGCCUGCGUCUUGGACACAAUCCAAUGGG--UUUCCA--AGCUCAUUACGUGCCAAAAAUAAGUG--------
(((....((((.((((...((.((((((((...(((((((...........))))))).....)))))--)))..)--)...)))))))))))...........-------- ( -23.60)
>DroSim_CAF1 61116 90 + 1
GGCACAAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCUGUCUGGAU----------GUCUUGGA--CAAUCCAAUUGG--GUUCCACCGGCUCAUUACGUGCCAAAUACGAGUG--------
(((((..(((....))).....(((((....(((((----------(((...))--).)))))...((--......))))))).....)))))...........-------- ( -30.00)
>DroEre_CAF1 59162 91 + 1
GGCACGAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCUGUCUGGAU----------GCCUUGGA--CAAUCCCAUUGG--GUUCCACAGGCUCAUUACGUGCCAAAUAUAAGUGG-------
((((((.(((....))).....((((((((..(((.----------(((((((.--.....)))..))--)))))))))))))....))))))............------- ( -37.80)
>DroYak_CAF1 61518 100 + 1
GGCACAAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCUGUCUGGAU----------GUCUUGGA--CAAUCCAAUUGGGGGCUCCACGGGCUCAUUACGUGCCAAAUAUAAGUGGGAAAGUG
(((((..(((....))).....((((((((..(((.----------(((((((.--....))).....))))))))))))))).....)))))................... ( -34.00)
>DroAna_CAF1 63862 78 + 1
GGCACAAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCCG----GCU----------GUCUCGGA--CAAUCCAAU-GG--GUUCCA--GGCUCAUUACGUGCCAAAAAU-------------
(((((..(((....))).....(((((.(----(..----------..(((((.--....))...-))--)..)).--))))).....)))))......------------- ( -25.40)
>consensus
GGCACAAGCGUCAAUGCAAUUAGAGCCUGUCUGGAU__________GUCUUGGA__CAAUCCAAUUGG__GUUCCAC_GGCUCAUUACGUGCCAAAUAUAAGUG________
(((((..(((....))).....(((((......................(((((.....)))))..((.....))...))))).....)))))................... (-19.10 = -20.10 +   1.00) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 0

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27161718 90 - 27905053
--------UACUCGUAUUUGGCACGUAAUGAGACGGUGGAAC--CCAAUUGGAUUG--UCCAAGAC----------AUCCAGACAGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUUGUGCC
--------...........(((((((((((......((((.(--(...((((((.(--((...)))----------))))))...)).))))....))))).....)))))) ( -22.20)
>DroPse_CAF1 75044 100 - 1
--------CACUUAUUUUUGGCACGUAAUGAGCU--UGGAAA--CCCAUUGGAUUGUGUCCAAGACGCAGGCAGACACACGGACAGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUUUAGCC
--------...........(((.......(((((--((....--((...((..(((((((...))))))).....))...)).))))))).....((......))....))) ( -22.40)
>DroSim_CAF1 61116 90 - 1
--------CACUCGUAUUUGGCACGUAAUGAGCCGGUGGAAC--CCAAUUGGAUUG--UCCAAGAC----------AUCCAGACAGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUUGUGCC
--------...........((((((....(((((((......--))..((((((.(--((...)))----------))))))...))))).....((......)).)))))) ( -26.70)
>DroEre_CAF1 59162 91 - 1
-------CCACUUAUAUUUGGCACGUAAUGAGCCUGUGGAAC--CCAAUGGGAUUG--UCCAAGGC----------AUCCAGACAGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUCGUGCC
-------............((((((....(((((((((((.(--((...)))..((--(.....))----------))))..)))))))).....((......)).)))))) ( -30.90)
>DroYak_CAF1 61518 100 - 1
CACUUUCCCACUUAUAUUUGGCACGUAAUGAGCCCGUGGAGCCCCCAAUUGGAUUG--UCCAAGAC----------AUCCAGACAGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUUGUGCC
...................(((((((((((......(((((((.....((((((.(--((...)))----------))))))...)))))))....))))).....)))))) ( -27.50)
>DroAna_CAF1 63862 78 - 1
-------------AUUUUUGGCACGUAAUGAGCC--UGGAAC--CC-AUUGGAUUG--UCCGAGAC----------AGC----CGGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUUGUGCC
-------------......((((((....(((((--(((...--..-.((((....--.))))...----------..)----))))))).....((......)).)))))) ( -28.90)
>consensus
________CACUUAUAUUUGGCACGUAAUGAGCC_GUGGAAC__CCAAUUGGAUUG__UCCAAGAC__________AUCCAGACAGGCUCUAAUUGCAUUGACGCUUGUGCC
...................((((((....(((((...((.....))..(((((.....)))))......................))))).....((......)).)))))) (-18.34 = -18.62 +   0.28) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:49:28 2006