Locus 10122

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,148,903 – 27,149,035
Length 132
Max. P 0.969805
window16111 window16112 window16113

overview

Window 1

Location 27,148,903 – 27,149,020
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.04
Mean single sequence MFE -30.34
Consensus MFE -18.47
Energy contribution -20.67
Covariance contribution 2.20
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.865915
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27148903 117 - 27905053
CCGUGGAAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCCGUUUCCGCAAUACCCAUUAUACCCGCCAUACCCCUCUUU
..((((((((((......(((((((.(((((.....(((((..(((...)))..))))))))))..)))))))...))))))))))............................... ( -36.10)
>DroSec_CAF1 50514 117 - 1
CCGUGGCAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCCGUUUCCGCCGUACCCAUUAUACCCGCCAUACCCCUCUUU
..(((((.((((.(((..(((((((.(((((.....(((((..(((...)))..))))))))))..)))))))....)))..)))).(((.......)))..))))).......... ( -34.30)
>DroSim_CAF1 53328 117 - 1
CCGUGGCAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCCGUUUCCGCCGUACCCAUUAUACCCGCCAUACCCCUCUUU
..(((((.((((.(((..(((((((.(((((.....(((((..(((...)))..))))))))))..)))))))....)))..)))).(((.......)))..))))).......... ( -34.30)
>DroEre_CAF1 51283 117 - 1
CCGUGGAAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGCAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCCGUUUCCGCAAUACCCAUUAUGCCCGUCAUACCCCUCUUU
..((((((((((......(((((((.(((((.....(((((.............))))))))))..)))))))...))))))))))............................... ( -34.52)
>DroAna_CAF1 55650 94 - 1
CCGUGGAAGCGGCACGCUCGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAGACAAUAAAUGCAAUAAUCUC--CCACUCCUCCUGCUCCGGC-UAGCCAUCA--------------------
....(((.(((((......)))))..............(((((..((...................--....))..))))))))((.-...))....-------------------- ( -18.60)
>DroPer_CAF1 122843 103 - 1
CAAUGGAAGCGGCACGCUCGUUGCCUGAUCAUAAAUCUACAGGUAGACAAUAAAUGCAAUGAUCU--GCCGCACCAACGCCACCCCC------------CCAGCACUGCCUCUGCCU
...(((..((((((.(.(((((((...........((((....))))........))))))).))--))))).)))...........------------...(((.......))).. ( -24.21)
>consensus
CCGUGGAAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCCGUUUCCGCC_UACCCAUUAUACCCGCCAUACCCCUCUUU
..((((.(((((......((((((..((((((.....((((..((.....))..))))))))))...))))))...))))).))))............................... (-18.47 = -20.67 +   2.20)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 27,148,942 – 27,149,035
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.39
Mean single sequence MFE -31.20
Consensus MFE -25.96
Energy contribution -26.83
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.90
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.45
SVM RNA-class probability 0.955278
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27148942 93 + 27905053
GGGGGAGCUGCAGAGAUCACUGCAUUUAUUGUAUACCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACCAGCGUGCCGCUUCCACGGCACCUACUCCCAAUC
..(((((.((((..((((((((((..(((...)))..))))).....))))).))))...((.((((((......)))))))).))))).... ( -33.70)
>DroSec_CAF1 50553 93 + 1
GGGGGAGCUGCAGAGAUCACUGCAUUUAUUGUAUACCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACCAGCGUGCCGCUGCCACGGCACCUACUCCCAAUC
..(((((.((((..((((((((((..(((...)))..))))).....))))).))))...((.((((((......)))))))).))))).... ( -33.70)
>DroSim_CAF1 53367 93 + 1
GGGGGAGCUGCAGAGAUCACUGCAUUUAUUGUAUACCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACCAGCGUGCCGCUGCCACGGCACCUACUCCCAAUC
..(((((.((((..((((((((((..(((...)))..))))).....))))).))))...((.((((((......)))))))).))))).... ( -33.70)
>DroEre_CAF1 51322 93 + 1
GGGGGAGCUGCAGAGAUCACUGCAUUUAUUGUAUGCCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACCAGCGUGCCGCUUCCACGGCACCUACUCCCAAUC
..(((((.((((..((((((((((..(((...)))..))))).....))))).))))...((.((((((......)))))))).))))).... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 53501 77 + 1
GGGGGAAUUGCAGAGAUCACUGCAUUUAUUGUGUACCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACCAG----------------CACCUACUCCCAAUC
(((((...(((((......)))))......((((...((((((((...)))).))))....)----------------)))...))))).... ( -22.60)
>DroAna_CAF1 55668 91 + 1
GGAGGAGUGG--GAGAUUAUUGCAUUUAUUGUCUACCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACGAGCGUGCCGCUUCCACGGCACCUACUCCCAAUC
.(.(((((((--(.(.(..((((((((((.((((......))))..))))..))))))..).).(((((......)))))))))))))).... ( -30.10)
>consensus
GGGGGAGCUGCAGAGAUCACUGCAUUUAUUGUAUACCUGCAGAUUUAUGAUCAUGCAACCAGCGUGCCGCUUCCACGGCACCUACUCCCAAUC
(((((...((((..((((((((((..((.....))..))))).....))))).))))...((.((((((......)))))))).))))).... (-25.96 = -26.83 +   0.88)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 27,148,942 – 27,149,035
Length 93
Sequences 6
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.39
Mean single sequence MFE -34.69
Consensus MFE -28.73
Energy contribution -30.07
Covariance contribution 1.34
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.16
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.65
SVM RNA-class probability 0.969805
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27148942 93 - 27905053
GAUUGGGAGUAGGUGCCGUGGAAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCC
....((((.((((((((((....))))))).)))((((((.(((((.....(((((..(((...)))..))))))))))..)))))))))).. ( -38.30)
>DroSec_CAF1 50553 93 - 1
GAUUGGGAGUAGGUGCCGUGGCAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCC
....((((.((((((((((....))))))).)))((((((.(((((.....(((((..(((...)))..))))))))))..)))))))))).. ( -38.30)
>DroSim_CAF1 53367 93 - 1
GAUUGGGAGUAGGUGCCGUGGCAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCC
....((((.((((((((((....))))))).)))((((((.(((((.....(((((..(((...)))..))))))))))..)))))))))).. ( -38.30)
>DroEre_CAF1 51322 93 - 1
GAUUGGGAGUAGGUGCCGUGGAAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGCAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCC
....((((((..(((((((....)))))))..((.(((((.(((.....)))))))).)).........(((((......))))))))))).. ( -37.00)
>DroYak_CAF1 53501 77 - 1
GAUUGGGAGUAGGUG----------------CUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUACACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAAUUCCCCC
....((((((..(((----------------.((.(((((.(((.....)))))))).)))))......(((((......))))))))))).. ( -24.50)
>DroAna_CAF1 55668 91 - 1
GAUUGGGAGUAGGUGCCGUGGAAGCGGCACGCUCGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAGACAAUAAAUGCAAUAAUCUC--CCACUCCUCC
((.((((((...(((((((....)))))))....(((((((.........((((....))))......)))))))...)))--))).)).... ( -31.76)
>consensus
GAUUGGGAGUAGGUGCCGUGGAAGCGGCACGCUGGUUGCAUGAUCAUAAAUCUGCAGGUAUACAAUAAAUGCAGUGAUCUCUGCAGCUCCCCC
....((((.((((((((((....))))))).)))((((((.(((((.....(((((..((.....))..))))))))))..)))))))))).. (-28.73 = -30.07 +   1.34)

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