Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 27,043,437 – 27,043,649 |
Length | 212 |
Max. P | 0.888795 |
Location | 27,043,437 – 27,043,529 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.97 |
Mean single sequence MFE | -31.33 |
Consensus MFE | -27.65 |
Energy contribution | -27.23 |
Covariance contribution | -0.41 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.51 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.26 |
SVM RNA-class probability | 0.656153 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27043437 92 - 27905053 GCGUGACAUUGACUCGGCCGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCCGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUAUGUAUUGGUUU-----CGUUGGGCAC---- ((((((((((((((((((((((((.....)))))).....))))....)))))))))))).(((.(((((....))))).))-----).....))..---- ( -35.20) >DroVir_CAF1 131936 97 - 1 GCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGUUCCGGUUCGUAUUGGUUACCAAUUGUUAAGCGU---- ((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......))))))))))))))((((.(((((....)))))..))))........))..---- ( -34.60) >DroPse_CAF1 102906 91 - 1 CCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUUCGUAUUGGUUU-----UGUUGUUAC----- ((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).))..(((((....)))))...-----.........----- ( -28.40) >DroWil_CAF1 99920 85 - 1 GCGCGAUAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGUUCCGGUUCGUAUUGGUUG-----C------CA----- ..((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).(((.(((((....)))))..)-----)------).----- ( -31.70) >DroMoj_CAF1 123821 97 - 1 GCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGUUCCGGUUCGUAUUGGUUU----UCGUUAAGCUUUCGA ((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).((..(((((....)))))...----)).....))...... ( -29.70) >DroPer_CAF1 96620 91 - 1 CCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUUCGUAUUGGUUU-----UGUUGUUAC----- ((((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).))..(((((....)))))...-----.........----- ( -28.40) >consensus GCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGUGCUGCAACAGUCGGUGUCGCUGGAUCCGGUUCGUAUUGGUUU_____CGUUGAGCA_____ ..((((((((((((((((.(((((.....)))))))))((......)))))))))))))).....(((((....)))))...................... (-27.65 = -27.23 + -0.41)
Location | 27,043,489 – 27,043,609 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -33.57 |
Consensus MFE | -32.36 |
Energy contribution | -32.42 |
Covariance contribution | 0.06 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.04 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 0.95 |
SVM RNA-class probability | 0.888795 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27043489 120 - 27905053 AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCCGUUGCAUUGCUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCACGCGUGACAUUGACUCGGCCGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU .(((((.((.((((.((........((((....))))....)).)))).))...(((((......))))).((((((((..........))))).)))((((((.....))))))))))) ( -36.20) >DroPse_CAF1 102957 120 - 1 AGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCACCCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU .(((((((((((((.((((((((..((((....))))..)).))).....(((((((((......))))......((((....))))..))))).))).))))).......))).))))) ( -34.41) >DroGri_CAF1 125569 120 - 1 AGCCAAACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCACCAGUCACGCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU .(((((..((((((.((.(((((..((((....))))..)).)))...(..((((((((......))))......((((....))))..))))..))).))))))....)))))...... ( -31.90) >DroWil_CAF1 99965 120 - 1 AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCUCCAGUCACGCGCGAUAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU .(((((.....(((((.((((............((.(((....))).))..((((((((......))))).....((.....))))).))))..)))))(((((.....))))).))))) ( -29.60) >DroAna_CAF1 102111 120 - 1 AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACUCCCGUUGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCACGCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAGUUCAUUGGUGCUGGU .(((((.....(((((..(((((..((((....))))..)).))).....(((((((((......))))......((((....))))..))))))))))(((((.....))))).))))) ( -34.90) >DroPer_CAF1 96671 120 - 1 AGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCACCCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU .(((((((((((((.((((((((..((((....))))..)).))).....(((((((((......))))......((((....))))..))))).))).))))).......))).))))) ( -34.41) >consensus AGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCACGCGUGACAUUGAUUCGGCUGCCAAAUUCAUUGGUGCUGGU .(((((.....(((((.((((............((.(((....))).)).....(((((......))))).....((((....)))).))))..)))))(((((.....))))).))))) (-32.36 = -32.42 + 0.06)
Location | 27,043,529 – 27,043,649 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.61 |
Mean single sequence MFE | -45.27 |
Consensus MFE | -39.50 |
Energy contribution | -39.50 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.32 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.551754 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27043529 120 + 27905053 GUGACUGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGCAAUGCAACGGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUCUGGCUCUGGCUGAUGAUGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC (((.((.((.(((((......)))))((((..(((((((((((((((....)))))))).......((((..(((.(((....))))))..))))))))).))..)))))).)))))... ( -44.80) >DroVir_CAF1 132033 120 + 1 GUGACUGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGUAAUGCUACGGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUUUGGCUCUGGCUGAUAACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUAUUGC ((((((....(((((......)))))...((((((((....))))))))((((.((((..(...((((((.((.....)).))))))...)..)))).))))...))))))......... ( -48.80) >DroPse_CAF1 102997 120 + 1 GUGACGGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUUUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAGGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC ....(((...(((((......))))).(((((((((((.((((((((....))))))))))(((((((((..(.....)..))((((....)))))))))))....))))))))).))). ( -44.70) >DroGri_CAF1 125609 120 + 1 GUGACUGGUGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUUUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUAUUGC (((((((((.(((((......))))).))).((.(((....))).))..((((.((((..(.(.((((((.((.....)).)))))).).)..)))).))))...))))))......... ( -44.60) >DroWil_CAF1 100005 120 + 1 GUGACUGGAGAGGUCUGGAAUGACCUGAUUUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUAUUGC ..........(((((......))))).(((((((((((.((((((((....))))))))))((((((((...(((.(((....)))...))).).)))))))....)))))))))..... ( -44.00) >DroPer_CAF1 96711 120 + 1 GUGACGGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUUUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAGGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC ....(((...(((((......))))).(((((((((((.((((((((....))))))))))(((((((((..(.....)..))((((....)))))))))))....))))))))).))). ( -44.70) >consensus GUGACUGGCGAGGUCUGGAAUGACCUGAUCUGUGGCAGUAAUGCAACUGGGGUUGUGUUCUGAGCGGCCAAAGUCUGGCUCUGGCUGAUGACGGCGCUGCUCAAUGGUCGCAAGUACUGC (((((((...(((((......)))))....((.((((((((((((((....))))))))(((..((((((.((.....)).))))))....))).)))))))).)))))))......... (-39.50 = -39.50 + 0.00)
Location | 27,043,529 – 27,043,649 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.61 |
Mean single sequence MFE | -31.50 |
Consensus MFE | -27.72 |
Energy contribution | -27.25 |
Covariance contribution | -0.47 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.30 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.605716 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27043529 120 - 27905053 GCAGUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCAUCAUCAGCCAGAGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCCGUUGCAUUGCUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCAC ((((((..((((((...(((((.(......)....(((((((.....))))))).)))))(....).......)))))).))))))....(((((((((......))))).)...))).. ( -34.00) >DroVir_CAF1 132033 120 - 1 GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUUAUCAGCCAGAGCCAAACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCCGUAGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCAC .....(((.((((...(((((((((...)))....(((((((.....))))))).))))))............((.(((....))).))......((((......)))))))).)))... ( -30.80) >DroPse_CAF1 102997 120 - 1 GCAGUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCAC ((((((..((((((...(((((.(.((((...((.((....))..))...))))))))))(....).......)))))).))))))........(((((......))))).......... ( -32.40) >DroGri_CAF1 125609 120 - 1 GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAAACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAGAUCAGGUCAUUCCAGACCUCACCAGUCAC (((.....)))((((.((((((......(....).(((((((.....))))))).))))))............((.(((....))).))......))))......(((.......))).. ( -29.70) >DroWil_CAF1 100005 120 - 1 GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCUCCAGUCAC (((.....)))((((.((((((......(....).(((((((.....))))))).))))))............((.(((....))).))......))))......(((.......))).. ( -29.70) >DroPer_CAF1 96711 120 - 1 GCAGUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACCUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCCGUCAC ((((((..((((((...(((((.(.((((...((.((....))..))...))))))))))(....).......)))))).))))))........(((((......))))).......... ( -32.40) >consensus GCAAUACUUGCGACCAUUGAGCAGCGCCGUCAUCAGCCAGAGCCAGACUUUGGCCGCUCAGAACACAACCCCAGUUGCAUUACUGCCACAAAUCAGGUCAUUCCAGACCUCGCCAGUCAC ((((...))))((((.((((((.(.((........))).(.(((((...))))))))))))............((.(((....))).))......))))......(((.......))).. (-27.72 = -27.25 + -0.47)
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