| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 27,019,616 – 27,019,730 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.507506 |
| Location | 27,019,616 – 27,019,730 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 84.85 |
| Mean single sequence MFE | -47.42 |
| Consensus MFE | -36.24 |
| Energy contribution | -36.75 |
| Covariance contribution | 0.51 |
| Combinations/Pair | 1.27 |
| Mean z-score | -1.73 |
| Structure conservation index | 0.76 |
| SVM decision value | -0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.507506 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 27019616 114 - 27905053 GGAACCACUGAGACUGUGGUCGCUGCCCAGGAAACUGUUGGCGGUGCUGCUGUUGGCGGUGGUUGUGGCAACGUUUUGAGGACGGGCGGUGCGCAACAUGGCUAUGAAGCGGUU ..((((((((.(((.(..(.((((((((((....)))..))))))))..).)))..))))))))((..((.((((.....))))(((.(((.....))).))).))..)).... ( -47.40) >DroSec_CAF1 67042 114 - 1 GGAACCACUGAGACUGUGGUCGCUGCCCAGGAAACUGUUGGCGGUGCUGCUGUUGGCGGUGGUGGUGGCAACGUUCUGAGGACGGGCGGUGCGCAACAUGGCUAUGAAGCGGUU .((.((((.......))))))(((((((((....)))..))))))((((((..((((.(((...(((.((.(((((.......))))).)))))..))).))))...)))))). ( -47.80) >DroSim_CAF1 67717 114 - 1 GGAACCACUGAGACUGUGGUCGCUGCCCAGGAAACUGUUGGCGGUGCUGCUGUUGGCGGUGGUGGUGGCAACGUUCUGAGGACGGGCGGUGCGCAACAUGGCUAUGAAGCGGUU .((.((((.......))))))(((((((((....)))..))))))((((((..((((.(((...(((.((.(((((.......))))).)))))..))).))))...)))))). ( -47.80) >DroEre_CAF1 72680 114 - 1 GGAACCACUGAGACUGUGGUCGCUGCCCAGGAAACUGUUGGCGGUGCUGCUGUUGGCGGUGGUGGUGGCAAGGUUCUGAGGACGGGCGGUGCGCAACAUGGCUAUGAAGCGGCU ...(((((((.(((.(..(.((((((((((....)))..))))))))..).)))..)))))))(((.((...(((.....))).(((.(((.....))).))).....)).))) ( -48.40) >DroYak_CAF1 69652 114 - 1 GGAACCACUGAGACUGUGGUUGCUGCCCAGGAAACUGUUGGCGGUGCUGCUGUUGGCGGUGGUAGUGGCCACGUUCUGUGGACGGGCGGUGCGCAACAUGGCUAUGAAGCGGUU ..((((((.......))))))(((((((((....)))..))))))((((((..((((.(((...((((((.((((.....)))))))....)))..))).))))...)))))). ( -49.40) >DroAna_CAF1 71330 111 - 1 GCUACCGCCGCUGAUGGAGCUGCCGUUCAGG---CUGUGGUUGCUGGUGUUGUUGCUGUUGCAGGUGGCAAGUGCCUGGGGGCGACUGGAGCGCAGUAGCGAUAUGAAGCGAUU (((((.(((...(((((.....)))))..))---).)))))((((.(((((((((((.((((.....))))(((((..(......)..).)))))))))))))))..))))... ( -43.70) >consensus GGAACCACUGAGACUGUGGUCGCUGCCCAGGAAACUGUUGGCGGUGCUGCUGUUGGCGGUGGUGGUGGCAACGUUCUGAGGACGGGCGGUGCGCAACAUGGCUAUGAAGCGGUU ...(((((.......))))).(((((((((....)))..))))))((((((..((((.(((...(((.((.(((((.......))))).)))))..))).))))...)))))). (-36.24 = -36.75 + 0.51)
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