Locus 10084

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 27,012,074 – 27,012,172
Length 98
Max. P 0.998071
window16056 window16057

overview

Window 6

Location 27,012,074 – 27,012,172
Length 98
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.99
Mean single sequence MFE -38.60
Consensus MFE -33.52
Energy contribution -34.88
Covariance contribution 1.36
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -5.25
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 3.00
SVM RNA-class probability 0.998071
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27012074 98 + 27905053
UGGCGACGCCAACGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGCCGCGUA--ACACACUCACACCC------AGUCGCCACUUCA
((((((((((.....)))(((((((((((((......(((..(.....)..)))....)))))))))))))--..............------.)))))))..... ( -38.40)
>DroSec_CAF1 59468 100 + 1
UGGCGACGCCAACGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGCCGCGUAGCACACACUUACACCC------AGUCGCCACUUCA
(((((((((....)).(((((((((((((((......(((..(.....)..)))....)))))))))))))))..............------.)))))))..... ( -41.80)
>DroSim_CAF1 59961 100 + 1
UGGCGACGCCAACGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGCCGCGUAGCACACACUCACACCC------AGUCGCCACUUCA
(((((((((....)).(((((((((((((((......(((..(.....)..)))....)))))))))))))))..............------.)))))))..... ( -41.80)
>DroEre_CAF1 62301 98 + 1
UGGCGACGCCAACGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGACGCGUAGCA--CACUCACACUC------AGUCGCCACUUCA
(((((((((....)).((((((((.((((((......(((..(.....)..)))....)))))).)))))))).--...........------.)))))))..... ( -34.70)
>DroYak_CAF1 61852 104 + 1
UGGCGACGCCAACGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGCCGCGUAGCA--CACUCAUACUCACACCCGGUUGCCACAUCA
(((((((((....)).(((((((((((((((......(((..(.....)..)))....))))))))))))))).--..................)))))))..... ( -39.50)
>DroAna_CAF1 63965 92 + 1
UGGCGACGCCAUAGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGCCGCGAACGC--CG------CGA------GCUCCGCACUUCA
..(((..((....(((((..(((((((((((......(((..(.....)..)))....)))))))))))...))--))------)..------))..)))...... ( -35.40)
>consensus
UGGCGACGCCAACGCGGCUACGUGGCGUAUGAUUUAUAUGCUUUAAUUAUUCAUUACGCAUACGCCGCGUAGCA__CACUCACACCC______AGUCGCCACUUCA
(((((((((....)).(((((((((((((((......(((..(.....)..)))....))))))))))))))).....................)))))))..... (-33.52 = -34.88 +   1.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 27,012,074 – 27,012,172
Length 98
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.99
Mean single sequence MFE -37.65
Consensus MFE -27.92
Energy contribution -29.58
Covariance contribution 1.67
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.20
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.32
SVM RNA-class probability 0.689312
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 27012074 98 - 27905053
UGAAGUGGCGACU------GGGUGUGAGUGUGU--UACGCGGCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCGUUGGCGUCGCCA
.....(((((((.------..(((((((((...--..)))...((((((.((((.....))))..))))))...))))))(((((((....))).))))))))))) ( -36.50)
>DroSec_CAF1 59468 100 - 1
UGAAGUGGCGACU------GGGUGUAAGUGUGUGCUACGCGGCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCGUUGGCGUCGCCA
.....(((((((.------....((...((((.((((((.((((((((..(((((...........))).))...)))))))).))))))))))...))))))))) ( -38.50)
>DroSim_CAF1 59961 100 - 1
UGAAGUGGCGACU------GGGUGUGAGUGUGUGCUACGCGGCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCGUUGGCGUCGCCA
.....(((((((.------....((.((((((.((((((.((((((((..(((((...........))).))...)))))))).)))))))))))).))))))))) ( -40.50)
>DroEre_CAF1 62301 98 - 1
UGAAGUGGCGACU------GAGUGUGAGUG--UGCUACGCGUCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCGUUGGCGUCGCCA
.....(((((((.------..(((((((((--((((((((((...))))))(((.....)))..)))))))...))))))(((((((....))).))))))))))) ( -38.50)
>DroYak_CAF1 61852 104 - 1
UGAUGUGGCAACCGGGUGUGAGUAUGAGUG--UGCUACGCGGCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCGUUGGCGUCGCCA
...((.(....)))((((...((....(((--.((((((.((((((((..(((((...........))).))...)))))))).)))))))))....))..)))). ( -36.30)
>DroAna_CAF1 63965 92 - 1
UGAAGUGCGGAGC------UCG------CG--GCGUUCGCGGCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCUAUGGCGUCGCCA
....(.(((..((------(.(------((--((...((.((((((((..(((((...........))).))...)))))))).))..)))))...)))..)))). ( -35.60)
>consensus
UGAAGUGGCGACU______GGGUGUGAGUG__UGCUACGCGGCGUAUGCGUAAUGAAUAAUUAAAGCAUAUAAAUCAUACGCCACGUAGCCGCGUUGGCGUCGCCA
.....(((((((.....................((((((.((((((((..(((((...........))).))...)))))))).)))))).((....))))))))) (-27.92 = -29.58 +   1.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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