Locus 10024

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 26,815,443 – 26,815,551
Length 108
Max. P 0.696330
window15972

overview

Window 2

Location 26,815,443 – 26,815,551
Length 108
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.75
Mean single sequence MFE -44.77
Consensus MFE -31.46
Energy contribution -29.80
Covariance contribution -1.66
Combinations/Pair 1.63
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.696330
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26815443 108 - 27905053
AUGGUCUUCAAGGAAGCGGCUGCCCACGCAGUGGGCGUGGCAGCAGGAUCAGUCGUGGGUCAUGCCAUCGGAUCAGGAAUAACGGGGCUAUUCAGGCGGCGUGACCAG-
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>DroVir_CAF1 34879 106 - 1
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>DroSec_CAF1 24066 108 - 1
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>DroSim_CAF1 24316 108 - 1
AUGGUCUUCAAGGAAGCGGCUGCCCAUGCAGCGGGCGUGGCAGCAGGAUCAGCCGUGGGUCACGCCAUCGGAUCAGGGAUAACCGGGCUAUUGAGGCGGGGUGACCAG-
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>DroEre_CAF1 28472 108 - 1
AUGGUCUUCAAGGAUGCGGCUGCCCACGCGGUGGGCGUGGCAGCAGGUUCAGUCGUGGGCCAUGCCAUCGGAUCGGGAAUAACUGGGUUGUUCAGGCGGCGUGGCCAG-
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>DroYak_CAF1 34344 108 - 1
AUGGUCUUCAAGGAUGCGGCCGCCCAUGCCGUGGGCGUGGCAGCGGGAUCAGCCGUGGGCCAUGCCAUCGGAUCCGGAAUAACCGGAUUGUUCAGACGACGUGGCCAG-
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>consensus
AUGGUCUUCAAGGAAGCGGCUGCCCAUGCAGCGGGCGUGGCAGCAGGAUCAGCCGUGGGUCAUGCCAUCGGAUCAGGAAUAACCGGGCUAUUCAGGCGGCGUGACCAG_
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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