Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,927,189 – 2,927,280 |
Length | 91 |
Max. P | 0.979798 |
Location | 2,927,189 – 2,927,280 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 5 |
Columns | 91 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 97.79 |
Mean single sequence MFE | -23.84 |
Consensus MFE | -19.18 |
Energy contribution | -19.78 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -3.99 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 1.85 |
SVM RNA-class probability | 0.979798 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2927189 91 - 23771897 AUGAGCAUAUACAUCAUAUGGUUUCAUGUGUGUUUGUGUUCGCUUUAUAUAUAUAUUUGUAUGUAAUCAGCACUUGAAAAUUUUCUAAAAA ..(((((((.(((.((((((....))))))))).)))))))((((((((((((....)))))))))..))).................... ( -24.80) >DroSec_CAF1 163264 89 - 1 AUGAGCAUAUACAUCAUAUGGUUUCAUGUGUGUUUGUGUUCGCUUUAUAU--AUAAUUGUAUGUAAUCAGCACUUGAAAAUUUUCUAAAAA ..(((((((.(((.((((((....))))))))).)))))))(((((((((--((....))))))))..))).................... ( -23.20) >DroSim_CAF1 149456 89 - 1 AUGAGCAUAUACAUCAUAUGGUUUCAUGUGUGUUUGUGUUCGCUUUAUAU--AUAAUUGUAUGUAAUCAGCACUUGAAAAUUUUCUAAAAA ..(((((((.(((.((((((....))))))))).)))))))(((((((((--((....))))))))..))).................... ( -23.20) >DroEre_CAF1 171126 89 - 1 AUGAGCAUAUACAUCAUAUGGUUUCAUGUGUGUUUGUGUUCGCUUUAUA--UAUAAUUGUAUGUAAUCAGCACUUGAAAAUUUUCUAAAAA ..(((((((.(((.((((((....))))))))).)))))))((((((((--(((....))))))))..))).................... ( -23.20) >DroYak_CAF1 172353 91 - 1 AUGAGCAUAUACAUCAUAUGGUUUCAUGUGUGUUUGUGUUCGCUUUAUAUAUAUAAUUGUAUGUAAUCAGCACUUGAAAAUUUUCUAAAAA ..(((((((.(((.((((((....))))))))).)))))))((((((((((((....)))))))))..))).................... ( -24.80) >consensus AUGAGCAUAUACAUCAUAUGGUUUCAUGUGUGUUUGUGUUCGCUUUAUAU_UAUAAUUGUAUGUAAUCAGCACUUGAAAAUUUUCUAAAAA ..(((((((.(((.((((((....))))))))).)))))))(((((((((.((....)).))))))..))).................... (-19.18 = -19.78 + 0.60)
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