Locus 956

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,853,751 – 2,853,859
Length 108
Max. P 0.771907
window1467 window1468

overview

Window 7

Location 2,853,751 – 2,853,859
Length 108
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.50
Mean single sequence MFE -44.72
Consensus MFE -29.80
Energy contribution -29.00
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.27
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.510940
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2853751 108 + 23771897
--GGUGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUCCCACCGCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCAUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUUGGUAU
--((((((.(((((((..((((.............))))..)))).)))((((((.......))))))...))))))((((..(((((((((....))))))))).)))) ( -45.02)
>DroVir_CAF1 123691 104 + 1
UGCGUCGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCGCUGCU---GCUGGCGGCAUGUGGAUAGCUGU---UGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAUGUGGGCGUAUGCAUGCCCACAGCCAC
.((((((....))))))(((((((((((....---)).)))((((....((((((...---.))))))..))))..........((((((((....)))))))))))))) ( -49.90)
>DroGri_CAF1 117816 104 + 1
UGGGUUGUGUGCGGCGUAUGGCUGCCACUGCU---GCUGGCAGCAUGUGGAAAACUGU---UGCUGUUAUUGCCAUCGUACGAUGUUGGCGUAUGCAUGCCAACUGCCAC
(((((((((((.((((.(((((..((((((((---(....))))).))))........---.)))))...))))..))))))))((((((((....))))))))..))). ( -39.30)
>DroSec_CAF1 98558 108 + 1
--GGUGGUGUGCGGUGUAUGACUGCCACUUCCACCGCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGUAU
--((((((..((((((..((.....))....))))))..))))))....((((((.......))))))..((((.((....)).((((((((....)))))))).)))). ( -41.90)
>DroEre_CAF1 102036 108 + 1
--GGUGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUGCCGCCUCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGUAU
--((((((..((((((.((((...)))))))))).....))))))....((((((.......))))))..((((.((....)).((((((((....)))))))).)))). ( -47.00)
>DroAna_CAF1 87785 100 + 1
----UGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUCCC---GCUGGCCGUCUGCGGGUAGCUGGUGUUGCUG---UUGCCGUCGAACGAGGUCGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGAAU
----..(((.(((((.....))))))))((((---((((.(((....))).))))(((.(((((..---.(((((((......)).)))))...))).))))).)))).. ( -45.20)
>consensus
__GGUGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUGCC___GCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGUAU
..((..(((.(((((.....))))))))..)).....((((.....((.....)).......))))....((((.((....)).((((((((....)))))))).)))). (-29.80 = -29.00 +  -0.80) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 2,853,751 – 2,853,859
Length 108
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.50
Mean single sequence MFE -37.08
Consensus MFE -21.52
Energy contribution -21.64
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.771907
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2853751 108 - 23771897
AUACCAAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUAUGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCUGGCGGUGGGAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCACC--
.......(((((.(((.(((.((((((..((.((.((....)).)))).......((((.(((....))).)))))))))).))))))))).))..............-- ( -40.90)
>DroVir_CAF1 123691 104 - 1
GUGGCUGUGGGCAUGCAUACGCCCACAUCGUACGAUGGCAACAACAGCA---ACAGCUAUCCACAUGCCGCCAGC---AGCAGCGGCAGCCACACGCCGCACACGACGCA
((((((((((((........)))))))......(.((((......(((.---...))).......((((((....---....)))))))))))..))))).......... ( -40.70)
>DroGri_CAF1 117816 104 - 1
GUGGCAGUUGGCAUGCAUACGCCAACAUCGUACGAUGGCAAUAACAGCA---ACAGUUUUCCACAUGCUGCCAGC---AGCAGUGGCAGCCAUACGCCGCACACAACCCA
(((((.((((((........))))))........(((((......(((.---...)))..((((.(((((....)---))))))))..)))))..))))).......... ( -39.00)
>DroSec_CAF1 98558 108 - 1
AUACCCAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUACGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCUGGCGGUGGAAGUGGCAGUCAUACACCGCACACCACC--
.........(((.(((.(((..(((((......(.((....)).)..........((((.(((....))).)))))))))..))))))))).................-- ( -32.50)
>DroEre_CAF1 102036 108 - 1
AUACCCAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUACGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCUGGAGGCGGCAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCACC--
.......(((((........)))))(((((...((((((................)))))))).))).((.(((.((((((.((((...))))..))))).).)))))-- ( -35.59)
>DroAna_CAF1 87785 100 - 1
AUUCCCAUGGGCAUGCACACGCCGACCUCGUUCGACGGCAA---CAGCAACACCAGCUACCCGCAGACGGCCAGC---GGGAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCA----
..((((.(((...(((....((((...((....))))))..---..)))...)))(((..(((....)))..)))---))))(((((........)))))......---- ( -33.80)
>consensus
AUACCCAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUACGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCCAGC___GGCAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCACC__
...(((.(((((........)))))(((.((..((((((................)))))).)))))...........))).(((((........))))).......... (-21.52 = -21.64 +   0.12) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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