Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,853,751 – 2,853,859 |
Length | 108 |
Max. P | 0.771907 |
Location | 2,853,751 – 2,853,859 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.50 |
Mean single sequence MFE | -44.72 |
Consensus MFE | -29.80 |
Energy contribution | -29.00 |
Covariance contribution | -0.80 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -1.27 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.510940 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2853751 108 + 23771897 --GGUGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUCCCACCGCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCAUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUUGGUAU --((((((.(((((((..((((.............))))..)))).)))((((((.......))))))...))))))((((..(((((((((....))))))))).)))) ( -45.02) >DroVir_CAF1 123691 104 + 1 UGCGUCGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCGCUGCU---GCUGGCGGCAUGUGGAUAGCUGU---UGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAUGUGGGCGUAUGCAUGCCCACAGCCAC .((((((....))))))(((((((((((....---)).)))((((....((((((...---.))))))..))))..........((((((((....)))))))))))))) ( -49.90) >DroGri_CAF1 117816 104 + 1 UGGGUUGUGUGCGGCGUAUGGCUGCCACUGCU---GCUGGCAGCAUGUGGAAAACUGU---UGCUGUUAUUGCCAUCGUACGAUGUUGGCGUAUGCAUGCCAACUGCCAC (((((((((((.((((.(((((..((((((((---(....))))).))))........---.)))))...))))..))))))))((((((((....))))))))..))). ( -39.30) >DroSec_CAF1 98558 108 + 1 --GGUGGUGUGCGGUGUAUGACUGCCACUUCCACCGCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGUAU --((((((..((((((..((.....))....))))))..))))))....((((((.......))))))..((((.((....)).((((((((....)))))))).)))). ( -41.90) >DroEre_CAF1 102036 108 + 1 --GGUGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUGCCGCCUCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGUAU --((((((..((((((.((((...)))))))))).....))))))....((((((.......))))))..((((.((....)).((((((((....)))))))).)))). ( -47.00) >DroAna_CAF1 87785 100 + 1 ----UGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUCCC---GCUGGCCGUCUGCGGGUAGCUGGUGUUGCUG---UUGCCGUCGAACGAGGUCGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGAAU ----..(((.(((((.....))))))))((((---((((.(((....))).))))(((.(((((..---.(((((((......)).)))))...))).))))).)))).. ( -45.20) >consensus __GGUGGUGUGCGGCGUGUGGCUGCCACUGCC___GCCAGCCGCCUGCGGAUAGCUGUUGUUGCUGUUGUUGCCAUCGUACGAGGUGGGCGUGUGCAUGCCCAUGGGUAU ..((..(((.(((((.....))))))))..)).....((((.....((.....)).......))))....((((.((....)).((((((((....)))))))).)))). (-29.80 = -29.00 + -0.80)
Location | 2,853,751 – 2,853,859 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.50 |
Mean single sequence MFE | -37.08 |
Consensus MFE | -21.52 |
Energy contribution | -21.64 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.17 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.53 |
SVM RNA-class probability | 0.771907 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2853751 108 - 23771897 AUACCAAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUAUGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCUGGCGGUGGGAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCACC-- .......(((((.(((.(((.((((((..((.((.((....)).)))).......((((.(((....))).)))))))))).))))))))).))..............-- ( -40.90) >DroVir_CAF1 123691 104 - 1 GUGGCUGUGGGCAUGCAUACGCCCACAUCGUACGAUGGCAACAACAGCA---ACAGCUAUCCACAUGCCGCCAGC---AGCAGCGGCAGCCACACGCCGCACACGACGCA ((((((((((((........)))))))......(.((((......(((.---...))).......((((((....---....)))))))))))..))))).......... ( -40.70) >DroGri_CAF1 117816 104 - 1 GUGGCAGUUGGCAUGCAUACGCCAACAUCGUACGAUGGCAAUAACAGCA---ACAGUUUUCCACAUGCUGCCAGC---AGCAGUGGCAGCCAUACGCCGCACACAACCCA (((((.((((((........))))))........(((((......(((.---...)))..((((.(((((....)---))))))))..)))))..))))).......... ( -39.00) >DroSec_CAF1 98558 108 - 1 AUACCCAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUACGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCUGGCGGUGGAAGUGGCAGUCAUACACCGCACACCACC-- .........(((.(((.(((..(((((......(.((....)).)..........((((.(((....))).)))))))))..))))))))).................-- ( -32.50) >DroEre_CAF1 102036 108 - 1 AUACCCAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUACGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCUGGAGGCGGCAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCACC-- .......(((((........)))))(((((...((((((................)))))))).))).((.(((.((((((.((((...))))..))))).).)))))-- ( -35.59) >DroAna_CAF1 87785 100 - 1 AUUCCCAUGGGCAUGCACACGCCGACCUCGUUCGACGGCAA---CAGCAACACCAGCUACCCGCAGACGGCCAGC---GGGAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCA---- ..((((.(((...(((....((((...((....))))))..---..)))...)))(((..(((....)))..)))---))))(((((........)))))......---- ( -33.80) >consensus AUACCCAUGGGCAUGCACACGCCCACCUCGUACGAUGGCAACAACAGCAACAACAGCUAUCCGCAGGCGGCCAGC___GGCAGUGGCAGCCACACGCCGCACACCACC__ ...(((.(((((........)))))(((.((..((((((................)))))).)))))...........))).(((((........))))).......... (-21.52 = -21.64 + 0.12)
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