Locus 946

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,834,442 – 2,834,550
Length 108
Max. P 0.992749
window1456

overview

Window 6

Location 2,834,442 – 2,834,550
Length 108
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.85
Mean single sequence MFE -46.92
Consensus MFE -36.18
Energy contribution -37.01
Covariance contribution 0.83
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 2.35
SVM RNA-class probability 0.992749
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2834442 108 + 23771897
UGGUGGCCUGCGGCGGAGAUUAUGUCUGGGAUGUCUGCGAUGUCGGGAUGUCUG--------GGAUGUUGGGGAUUCUCUGCUGCCGGUACGGUGGCUGGGAACGCCACUUUGACU
..(((.((.((((((((((..((((((.((((((((.((....)))))))))).--------)))))).......)))))))))).)))))((((((.(....)))))))...... ( -47.70)
>DroSec_CAF1 79481 82 + 1
UGGUGGCCUGCGGCGGAGAUUAUGUCUGGGA----------------------------------UGUCGGGGAAUCUCUGCUGCCGGUGCCGUGGCUGGGAACGCCACUUUGACU
.((((.((.((((((((((((...(((((..----------------------------------..))))).)))))))))))).))))))(((((.(....))))))....... ( -39.10)
>DroSim_CAF1 70064 108 + 1
UGGUGGCCUGCGGCGGAGAUUAUGUCUGGGAUGUCUGCGAUGUCGGGAUGUCUG--------GGAUGUCGGGGAAUCUCUGCUGCCGGUGCCGUGGCUGGGAACGCCACUUUGACU
.((((.((.((((((((((((((((((.((((((((.((....)))))))))).--------)))))).....)))))))))))).))))))(((((.(....))))))....... ( -51.40)
>DroEre_CAF1 82401 116 + 1
UGGUGGCCUGCGGCGGAGAUUAUGUCUGGGAUGUCUGCGAUGUCGGGAUGUCUGGGAUGUCGGGAUGUCGGGGAUUCUCUGCUGCCGGUGCCGUGGCUGGGUACGCCACUUUGACU
.(((((((.((((((((((....((((..(((((((.(((((((.((....)).).)))))))))))))..)))))))))))))).)(((((.......)))))))))))...... ( -50.50)
>DroYak_CAF1 82878 104 + 1
UGGUGGCCUGCGGCGGAGAUUAUGUCUGGGAUGUCUGCGAUGUCG----------GAUGUCGGGAUGUCGGGGAUUCUCUGCUGCCGGUGCCGUGGCUGAGUACGCCACUUUGA--
.((((.((.((((((((((....((((..(((((((.((((((..----------.)))))))))))))..)))))))))))))).))))))(((((.......))))).....-- ( -45.90)
>consensus
UGGUGGCCUGCGGCGGAGAUUAUGUCUGGGAUGUCUGCGAUGUCGGGAUGUCUG________GGAUGUCGGGGAUUCUCUGCUGCCGGUGCCGUGGCUGGGAACGCCACUUUGACU
.((((.((.((((((((((....((((..(((((((..........................)))))))..)))))))))))))).))))))(((((.(....))))))....... (-36.18 = -37.01 +   0.83)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:55:06 2006