Locus 920

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 2,778,039 – 2,778,169
Length 130
Max. P 0.999323
window1416 window1417

overview

Window 6

Location 2,778,039 – 2,778,155
Length 116
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.41
Mean single sequence MFE -48.73
Consensus MFE -46.78
Energy contribution -46.42
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.48
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 3.51
SVM RNA-class probability 0.999323
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2778039 116 - 23771897
ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGAUUACAGCGGUUCC---CCAGCCACCAACAGCAA
....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))........(((...---...)))........... ( -48.30)
>DroPse_CAF1 26625 108 - 1
ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGUCCC----CAGCAG-------CAG
..(.(((.(((.........(((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........)))))))))))))((((.....))))))----).))).-------).. ( -47.40)
>DroGri_CAF1 13424 108 - 1
AGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCCAGGCGACUACAGCGGUUCU----UCAC----AGCA---A
.((.(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))......))......----....----....---. ( -50.80)
>DroWil_CAF1 13054 105 - 1
ACAAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGAGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAAUUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGA--------------CAACAACAA
....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))...........--------------......... ( -46.20)
>DroMoj_CAF1 13688 108 - 1
AGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCCAGGCGAUUUCAGCGGUUCU----CAGC----AACA---A
.((.(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))......))......----....----....---. ( -50.80)
>DroAna_CAF1 14101 119 - 1
ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGUUCAACAUCAGCCACUAACAACAA
....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........)))))))))))))).....((.((((.......)))).))........ ( -48.90)
>consensus
ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGUUCC____CAGC____AACA_CAA
....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........)))))))))))))).................................. (-46.78 = -46.42 +  -0.36) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 2,778,075 – 2,778,169
Length 94
Sequences 6
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.59
Mean single sequence MFE -36.57
Consensus MFE -32.39
Energy contribution -32.00
Covariance contribution -0.39
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880167
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2778075 94 - 23771897
C---GGACCUCAAU-AAGACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUC
(---(((..((...-.((.((.(((((.....))))))).)).))..)))).((((((((.(((......)))))))))))................. ( -33.10)
>DroVir_CAF1 14006 94 - 1
G---GGAUCUGAGC-AAAAGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC
(---(((((((.((-....((.(((((.....))))).))..((....))))((((((((.(((......)))))))))))........))))).))) ( -36.90)
>DroGri_CAF1 13452 94 - 1
C---UGAUCUGAAC-AAGAGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC
.---..........-.((.((.(((((.....))))).))))(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) ( -37.40)
>DroWil_CAF1 13079 97 - 1
CUGGCGAUCUGAAC-AAGACAAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGAGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAAUUGUAACGGGUAUUC
..((((.(((....-.)))...(((((.....))))))))).(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) ( -39.20)
>DroMoj_CAF1 13716 94 - 1
G---CGAUCUGAGC-AAGAGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC
(---(.......))-.((.((.(((((.....))))).))))(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) ( -38.80)
>DroPer_CAF1 27389 95 - 1
C---CGAUCUGAACCAAGACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUC
(---((.......(((.(.((.(((((.....)))))))).)))........((((((((.(((......)))))))))))........)))...... ( -34.00)
>consensus
C___CGAUCUGAAC_AAGACCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC
......................(((((.....))))).....(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) (-32.39 = -32.00 +  -0.39) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:54:28 2006