Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,778,039 – 2,778,169 |
Length | 130 |
Max. P | 0.999323 |
Location | 2,778,039 – 2,778,155 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.41 |
Mean single sequence MFE | -48.73 |
Consensus MFE | -46.78 |
Energy contribution | -46.42 |
Covariance contribution | -0.36 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -3.48 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 3.51 |
SVM RNA-class probability | 0.999323 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2778039 116 - 23771897 ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGAUUACAGCGGUUCC---CCAGCCACCAACAGCAA ....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))........(((...---...)))........... ( -48.30) >DroPse_CAF1 26625 108 - 1 ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGUCCC----CAGCAG-------CAG ..(.(((.(((.........(((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........)))))))))))))((((.....))))))----).))).-------).. ( -47.40) >DroGri_CAF1 13424 108 - 1 AGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCCAGGCGACUACAGCGGUUCU----UCAC----AGCA---A .((.(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))......))......----....----....---. ( -50.80) >DroWil_CAF1 13054 105 - 1 ACAAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGAGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAAUUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGA--------------CAACAACAA ....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))...........--------------......... ( -46.20) >DroMoj_CAF1 13688 108 - 1 AGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCCAGGCGAUUUCAGCGGUUCU----CAGC----AACA---A .((.(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))))))))......))......----....----....---. ( -50.80) >DroAna_CAF1 14101 119 - 1 ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGUUCAACAUCAGCCACUAACAACAA ....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........)))))))))))))).....((.((((.......)))).))........ ( -48.90) >consensus ACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUCAGGCGACUACAGCGGUUCC____CAGC____AACA_CAA ....(((((.....)))))((((((((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........)))))))))))))).................................. (-46.78 = -46.42 + -0.36)
Location | 2,778,075 – 2,778,169 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 98 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.59 |
Mean single sequence MFE | -36.57 |
Consensus MFE | -32.39 |
Energy contribution | -32.00 |
Covariance contribution | -0.39 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.65 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 0.91 |
SVM RNA-class probability | 0.880167 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2778075 94 - 23771897 C---GGACCUCAAU-AAGACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUC (---(((..((...-.((.((.(((((.....))))))).)).))..)))).((((((((.(((......)))))))))))................. ( -33.10) >DroVir_CAF1 14006 94 - 1 G---GGAUCUGAGC-AAAAGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC (---(((((((.((-....((.(((((.....))))).))..((....))))((((((((.(((......)))))))))))........))))).))) ( -36.90) >DroGri_CAF1 13452 94 - 1 C---UGAUCUGAAC-AAGAGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC .---..........-.((.((.(((((.....))))).))))(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) ( -37.40) >DroWil_CAF1 13079 97 - 1 CUGGCGAUCUGAAC-AAGACAAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGAGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAAUUGUAACGGGUAUUC ..((((.(((....-.)))...(((((.....))))))))).(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) ( -39.20) >DroMoj_CAF1 13716 94 - 1 G---CGAUCUGAGC-AAGAGCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC (---(.......))-.((.((.(((((.....))))).))))(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) ( -38.80) >DroPer_CAF1 27389 95 - 1 C---CGAUCUGAACCAAGACGAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUUC (---((.......(((.(.((.(((((.....)))))))).)))........((((((((.(((......)))))))))))........)))...... ( -34.00) >consensus C___CGAUCUGAAC_AAGACCAUGUCGGGAAACGACACGCCUGGAUAUCCGCGGGUGAGCAGCGUGCCGCCGCGCUCACUCAACUGUAACGGGUAUCC ......................(((((.....))))).....(((((((((.((((((((.(((......)))))))))))........))))))))) (-32.39 = -32.00 + -0.39)
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