Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,775,623 – 2,775,731 |
Length | 108 |
Max. P | 0.860614 |
Location | 2,775,623 – 2,775,731 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.12 |
Mean single sequence MFE | -35.10 |
Consensus MFE | -24.58 |
Energy contribution | -23.95 |
Covariance contribution | -0.63 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.31 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.860614 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2775623 108 - 23771897 -GAUUG-AUA-AUUUUGUAUAUUUGUUAU-CCAGAUGCAUAGCUGCAUAUAUUGUAGUGUGUAUGGUGGCCUGGGAUGGAAUGCCCCGUCUGGAGGCGGAUAACGCUUACAA -.....-...-...(((((....((((((-((..(((((((.(((((.....))))))))))))....((((.((((((......)))))).).)))))))))))..))))) ( -37.60) >DroVir_CAF1 11106 110 - 1 -AACUGAGUGUAUAUUCUCGCUUACCUAU-ACAGAUGCAUUGCCGCAUACAUCGUGGUGUGCAUGGUGGCCUGGGAUGGCAUGCCGCGCCUGGAGGCAGACAAUGCCUACAA -...((((((........)))))).....-.(((.(((......((((((......))))))..(((((((......))).))))))).))).(((((.....))))).... ( -35.30) >DroPse_CAF1 24002 106 - 1 -CAUUG-CUG----UUGUUUCCUCCUCCUCUCAGGUGCAUAGCCGCCUACAUUGUGGUCUGCAUGGUGGCCUGGGACGGGAUGCCGCGGCUGGAGGCAGACAAUGCCUACAA -....(-(.(----((((((((((((((((((((((((......))...(((..((.....))..))))))))))).)))..((....)).))))).)))))))))...... ( -40.00) >DroEre_CAF1 22565 108 - 1 -GGUUA-AUA-AUUUUCCGUAUUUCUUAU-CUAGAUGCAUAGCCGCAUACAUUGUAGUGUGUAUGGUGGCCUGGGAUGGAAUGCCUCGCCUGGAGGCGGAUAAUGCCUACAA -(((..-...-(((.((((((((((...(-((((..((...((((.((((((....)))))).)))).)))))))..)))))))...(((....)))))).))))))..... ( -32.20) >DroWil_CAF1 10519 109 - 1 -UGUGA-CUA-AUUGUUAAAAUCCUUUCUUGCAGAUGUAUAGCCGCUUAUAUAGUGGUCUGCAUGGUGGCCUGGGAUGGCAUGCCACGUCUGGAGGCGGACAAUGCCUAUAA -..(((-(..-...))))..(((((...(..(..(((((..((((((.....)))))).))))).)..)...)))))(((((....((((....))))....)))))..... ( -32.90) >DroAna_CAF1 11554 105 - 1 UCCUUGACUA-AUCUUCCUGA-----UCU-UCAGAUGCAUUGCCGCCUACAUUGUGGUGUGCAUGGUGGCCUGGGACGGAAUGCCACGUUUGGAGGCGGACAACGCCUACAA (((..(((..-......(((.-----...-.)))..(((((.((((((((((..((.....))..)))...)))).))))))))...))).)))((((.....))))..... ( -32.60) >consensus _CAUUG_CUA_AUUUUCUAUAUUCCUUAU_CCAGAUGCAUAGCCGCAUACAUUGUGGUGUGCAUGGUGGCCUGGGAUGGAAUGCCACGUCUGGAGGCGGACAAUGCCUACAA ..............................((((((((((.(((((.......))))))))))).(((((.(........).)))))..))))(((((.....))))).... (-24.58 = -23.95 + -0.63)
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