Locus 894

Window 3

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2708180 101 + 23771897
AAUCUG---CUUUUCGGAACCCUCUACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCGACGAGCUGCGAGUGUGGACGUCGCACCAUGAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAA
....((---(....................((((((.(((((((.((((((........)))))).)).))))).))))))((((((.....))).)))))).. ( -30.00)
>DroGri_CAF1 73676 93 + 1
ACUUGUUGC-----------GAUGCACUUACAUGGUAUAAUGCCCUGCUCGACGAGUUGGGAGUGCGGCCGUCGCACCAUCAGUUUCACUUUGAGCGCUGCAAA
...((.(((-----------((((((((..(((......)))(((.((((...)))).))))))))....)))))).)).(((((((.....))).)))).... ( -25.40)
>DroSec_CAF1 68964 101 + 1
AAUUUG---CUUUUCGGACCCCUCUACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCGACGAGCUGCGAGUGUGGACGUCGCACCAUAAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAA
..((((---(.....................(((((.(((((((.((((((........)))))).)).))))).))))).((((((.....))).)))))))) ( -27.90)
>DroWil_CAF1 82626 94 + 1
GAUUUC---UUUUU------CUUUUACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCGACAAGUUGUGAGUGCGGCCUCCGCACCAUCAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAA-
......---....(------(...((((.....)))).))(((..(((((((.((((((((.((((((...)))))))).))))))....)))))))..))).- ( -29.00)
>DroMoj_CAF1 74419 93 + 1
ACGCAGCGU-----------GGUGCACUUACAUGGUAUAAUGCCCUGUUCGACAAGUUGCGAGUGCGGCCGUCGCACCAUCAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAG
..(((((((-----------(((((....(((.(((.....))).)))..(((..(((((....))))).))))))))))..((((......)))))))))... ( -36.80)
>DroAna_CAF1 68683 89 + 1
AUUCUG---------G-----CGAUACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCCACGAGCUGCGAGUGUGGCCUCCGCACCAUGAGCUUCACUUUGAGCGCUGGAA-
.(((..---------(-----(........((((((..((.(((.(((((((.....)).))))).))).))...)))))).((((......))))))..)))- ( -30.60)
>consensus
AAUCUG______________CCUCUACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCGACGAGCUGCGAGUGCGGCCGUCGCACCAUCAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAA
........................((((.....))))...(((..(((((((.(((((....((((((...))))))....)))))....)))))))..))).. (-19.85 = -19.30 +  -0.55) 

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Window 4

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2708201 117 + 23771897
UACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCGACGAGCUGCGAGUGUGGACGUCGCACCAUGAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAA-AUAUG--GAGAACCAAAGAAGCAAGUUAGUUAAGCAACA
.((((.((((((.(((((((.((((((........)))))).)).))))).)))))).(((((..((((.(..((.((..-...))--.))..))))))))))))))............. ( -35.60)
>DroPse_CAF1 89672 107 + 1
UACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGUUCGACCAACUGCGAGUGGGGUCGUCGCACCAUGAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAA-AAAUA--UA----CAAAGAUACAAUUUAU---AGCA---
......((((((.((((((((..((((........))))..))).))))).)))))).((((......))))((((.(((-...((--(.----.....)))...))).)---))).--- ( -33.80)
>DroGri_CAF1 73689 110 + 1
CACUUACAUGGUAUAAUGCCCUGCUCGACGAGUUGGGAGUGCGGCCGUCGCACCAUCAGUUUCACUUUGAGCGCUGCAAAGAAAUC--GAUAAAGAAAUGAUCAAAUUAUU-----A---
........((((....(((..(((((((.((..(((..(((((.....)))))..)))..))....)))))))..)))......((--......))....)))).......-----.--- ( -23.00)
>DroMoj_CAF1 74432 112 + 1
CACUUACAUGGUAUAAUGCCCUGUUCGACAAGUUGCGAGUGCGGCCGUCGCACCAUCAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAGUAGAGAGAAAUCAUAAAAUAAUACAAUCAUU-----A---
..........((((..(((..(((((((.((((((...(((((.....)))))...))))))....)))))))..)))......((....))........)))).......-----.--- ( -25.10)
>DroAna_CAF1 68693 95 + 1
UACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCCACGAGCUGCGAGUGUGGCCUCCGCACCAUGAGCUUCACUUUGAGCGCUGGAA--AGAUA--CAGUU---------CAGGUU------------
.((((.((((((..((.(((.(((((((.....)).))))).))).))...)))))).((((......))))((((...--.....--)))).---------.)))).------------ ( -26.10)
>DroPer_CAF1 90511 107 + 1
UACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGUUCGACCAACUGCGAGUGGGGUCGUCGCACCAUGAGCUUCACUUUUAGCGCUGCAAA-AAAUA--UA----CAAAGAUACAAUUUAU---AGCA---
......((((((.((((((((..((((........))))..))).))))).)))))).(((........)))((((.(((-...((--(.----.....)))...))).)---))).--- ( -33.10)
>consensus
UACUUACAUGGUAUGAUGCCCUGCUCGACGAGCUGCGAGUGCGGCCGUCGCACCAUGAGCUUCACUUUGAGCGCUGCAAA_AAAUA__GA__A_CAAAGAAACAAAUUAU______A___
......((((((.(((((((.((((((........)))))).)).))))).)))))).((((......))))................................................ (-18.06 = -19.17 +   1.11) 

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