| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 336,233 – 336,340 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.792286 |
| Location | 336,233 – 336,340 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.26 |
| Mean single sequence MFE | -33.32 |
| Consensus MFE | -25.20 |
| Energy contribution | -25.32 |
| Covariance contribution | 0.11 |
| Combinations/Pair | 1.17 |
| Mean z-score | -1.08 |
| Structure conservation index | 0.76 |
| SVM decision value | 0.59 |
| SVM RNA-class probability | 0.792286 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 336233 107 - 23771897 UCUCAUUAGGUUAACCUGCUGAAGGUCAU--UAAAUUACAUUGCACAGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCAGGGCAGCUUGCCCAGUAGAAUGUU ..(((.((((....)))).))).......--......(((((((.((((((.(((....)))..)))))).)).(((((((.(((((....))))))))))))))))). ( -36.00) >DroPse_CAF1 14167 99 - 1 --GCAUAGAGUAAAGGCAC--------AGGCACACUCACACUGCACCGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCAUGGCAGCUUCCCCAGCAGAAUGUU --((((.((((....((..--------..))..))))...((((...((((.(((....)))..))))((((.(((((((.....)))))))...)))))))).)))). ( -32.90) >DroSec_CAF1 8818 107 - 1 UCUCAUUAGGUAAAGCUGUUGAAGGUCAU--UAAAUUACAUUGCACAGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCAGGGCAGCUUGCCCAGUAGAAUGUG ..(((.(((......))).))).......--.....((((((((.((((((.(((....)))..)))))).)).(((((((.(((((....)))))))))))))))))) ( -33.30) >DroEre_CAF1 8600 96 - 1 UCACAUCAGAUGGAG-----------CAU--UAAAUUACAUUGCACAGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCACGGCAGCUUGCCCAGCAGAAUGUG .((((((...(((.(-----------((.--...........((.((((((.(((....)))..)))))).))(((((((.....))))))).))))))...).))))) ( -33.20) >DroMoj_CAF1 7648 97 - 1 G----ACAGAC-----UAUGGAUGC-GAG--UUACUCACACUGCACCGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCACGGCAAAUGGCCCAGCAGAAUGUU .----.(((..-----(((((.(((-.((--(.......)))))))))))...)))...((((..(.((((((.((((((.....))))))...))))))..)..)))) ( -32.30) >DroPer_CAF1 14139 105 - 1 --GCAUAGAGUAAAGGCACAG--GCACAGGCACACUCACACUGCACCGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCAUGGCAGCUUCCCCAGCAGAAUGUU --((((.((((....((.(..--.....)))..))))...((((...((((.(((....)))..))))((((.(((((((.....)))))))...)))))))).)))). ( -32.20) >consensus U_GCAUAAGGUAAAG_UAC_G__G__CAG__UAAAUCACACUGCACAGUGUAGCUGGCAAGCAGGCACUGGGUGUUGCUGGAGCACGGCAGCUUGCCCAGCAGAAUGUU ........................................((((...((((.(((....)))..))))((((((((((((.....)))))))..)))))))))...... (-25.20 = -25.32 + 0.11)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:32:03 2006