Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,886,165 – 22,886,284 |
Length | 119 |
Max. P | 0.938920 |
Location | 22,886,165 – 22,886,284 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.73 |
Mean single sequence MFE | -27.18 |
Consensus MFE | -8.56 |
Energy contribution | -9.56 |
Covariance contribution | 1.00 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.31 |
SVM decision value | 1.27 |
SVM RNA-class probability | 0.938920 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 22886165 119 - 23771897 UCGCAUUAUUAAUAAUUUGUAUACCU-UUGCAGAAGGUACAUUGAUUUUAGUCAGAUAUUUGCCACACAGUAAAGGGGGCAUUUGCAACCGUAAAAGUUAUAAAUGCUCCAUCAAUGUGA ((((((((((((.((((.((.(((((-((...))))))).)).)))))))))..(((.(((((......))))).((((((((((.(((.......))).)))))))))))))))))))) ( -30.40) >DroSec_CAF1 73921 116 - 1 UCGCAUUAUUAAUGAUUUGUAUACCUUUUGCAGAAGGUAUAUUGACUUAAGUCAGAUGUUUGCAACACAGUAC----GGCAUUUGCAACCGAAUAAGUUAUAAAUUGUUUAUCCAUGUGA ((((((....((..((((((((((((((....))))))))).(((((((.(((((((((((((......))).----))))))))..))....))))))))))))..)).....)))))) ( -27.90) >DroSim_CAF1 78712 119 - 1 UCGCAUUAUUAAUGAUUUGUAUACCU-UUGCAGAAGGUAUAUUGACUUUAGGCAGAUGUUUGCAACACAGUAAUGGAGGCAUUUGCAACCGAAUAAGUUAUAAAUAGUUGAUCAAUGUGA (((((((((((((.((((((((((((-((...))))))))).((((((...((((((((((.((.........)).))))))))))........))))))))))).)))))).))))))) ( -33.70) >DroEre_CAF1 84831 94 - 1 UCGCAGUAUUAAUGAUUUGUAUACCC-UUGCAGAAGGUAUAUUAAUUUUAAUAAGGUUUUUGCAACACAGUAAAGGAA-GCAUUGCGAGCGUAUAA------------------------ ((((((((((((.((((.(((((((.-........))))))).)))))))))....(((((((......)))))))..-..)))))))........------------------------ ( -19.70) >DroYak_CAF1 95995 112 - 1 UCGCAUUAUUAAUGAUUUGUCUAUC-----CAGAGGGUAUAUUGAUUUUGGUCAGAUGUUUGCAACAUAGUAAAGGAU-CAUUUGCGAUCGUAUAAGGUGUAUAU--UUGAUCAAUUUCA .....................((((-----(...)))))...(((..((((((((((((.....((((..((.(.(((-(......)))).).))..))))))))--))))))))..))) ( -24.20) >consensus UCGCAUUAUUAAUGAUUUGUAUACCU_UUGCAGAAGGUAUAUUGAUUUUAGUCAGAUGUUUGCAACACAGUAAAGGAGGCAUUUGCAACCGUAUAAGUUAUAAAU__UUGAUCAAUGUGA ..(((..(((((.((((.((((((((........)))))))).))))))))).......((((......))))..........))).................................. ( -8.56 = -9.56 + 1.00)
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