Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,806,457 – 22,806,553 |
Length | 96 |
Max. P | 0.642162 |
Location | 22,806,457 – 22,806,553 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.32 |
Mean single sequence MFE | -34.76 |
Consensus MFE | -20.96 |
Energy contribution | -21.60 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.93 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.20 |
SVM RNA-class probability | 0.631746 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 22806457 96 + 23771897 GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCUGUGGCCGACUCCGAGCUCAAGGAGGUAGUGGUUGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU (((((....((((((((.(.(((((((......))))))))))).((((........)))).(((((.....)))))...)))))..))))).... ( -39.60) >DroPse_CAF1 89297 96 + 1 GUGCAUAGCUCCCCUUGAGGCGGAACUGGCGUUGUCCGUACCCGAUCCUACGCUCAAAGAAGUCAUUGUGGACACCAGCUGCGGAGCUGCUCUGCU ..((((((((((.(....)((((..((((...((((((((........)))(((......)))......))))))))))))))))))))...))). ( -27.10) >DroSec_CAF1 68506 96 + 1 GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCUGUGGCCGACUCCGAACUGAAGGAGGUAGUGGUUGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU (((((....((((((((.(.(((((((......))))))))))).((((........)))).(((((.....)))))...)))))..))))).... ( -39.60) >DroSim_CAF1 71380 96 + 1 GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCUGUGGCCGACUCCGAGCUGAAGGAGGUAGUGGUUGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU (((((....((((((((.(.(((((((......))))))))))).((((........)))).(((((.....)))))...)))))..))))).... ( -39.60) >DroEre_CAF1 71603 96 + 1 GUGCAUUGAUCCGCUAGAGUCACAGCUUACCAAAGCCCAUGCCGACUCCGAGCUCAAGGAGAUAAUGGUGGACACUAACUGCGGAGCAGCACUACU ((((..((.((((((((.(((.((((((....))))((((.....((((........))))...))))))))).)))...))))).)))))).... ( -30.70) >DroYak_CAF1 71332 96 + 1 GUGCAUUGAUCCGCUAGACUCACGGCUUACCAAAGCCCAUGCCGACUCCAAGCUUAAGGAGAUAAUGGUGGACAGUAGCUGCGGAGCUGCACUAUU ((((((((.(((((((......((((..............)))).((((........))))....)))))))))))((((....)))))))).... ( -31.94) >consensus GUGCAUUGAUCCGCUGGACUCACAGCUCACCAAAGCCGUGGCCGACUCCGAGCUCAAGGAGGUAAUGGUGGACACUAACUGCGGAGCUGCACUACU (((((....(((((.........((((......))))..(((((.((((........))))....)))))..........)))))..))))).... (-20.96 = -21.60 + 0.64)
Location | 22,806,457 – 22,806,553 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.32 |
Mean single sequence MFE | -35.02 |
Consensus MFE | -22.06 |
Energy contribution | -21.95 |
Covariance contribution | -0.11 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.642162 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 22806457 96 - 23771897 AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUGAGCUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC ....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((((((((((....)))))))).)))..)))))....))))) ( -38.00) >DroPse_CAF1 89297 96 - 1 AGCAGAGCAGCUCCGCAGCUGGUGUCCACAAUGACUUCUUUGAGCGUAGGAUCGGGUACGGACAACGCCAGUUCCGCCUCAAGGGGAGCUAUGCAC .(((....(((((((.(((((((((((....(((.((((........))))))).....))))...))))))).).((....)))))))).))).. ( -32.00) >DroSec_CAF1 68506 96 - 1 AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUCAGUUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC ....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((((((((((....)))))))).)))..)))))....))))) ( -38.00) >DroSim_CAF1 71380 96 - 1 AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUCAGCUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC ....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((((((((((....)))))))).)))..)))))....))))) ( -38.00) >DroEre_CAF1 71603 96 - 1 AGUAGUGCUGCUCCGCAGUUAGUGUCCACCAUUAUCUCCUUGAGCUCGGAGUCGGCAUGGGCUUUGGUAAGCUGUGACUCUAGCGGAUCAAUGCAC ....(((((((((((.((((((((.....)))))((.....)))))))))).))))))..((.(((((..((((......))))..))))).)).. ( -31.00) >DroYak_CAF1 71332 96 - 1 AAUAGUGCAGCUCCGCAGCUACUGUCCACCAUUAUCUCCUUAAGCUUGGAGUCGGCAUGGGCUUUGGUAAGCCGUGAGUCUAGCGGAUCAAUGCAC ....(((((..(((((.((((..(((((((.....((((........))))..))..)))))..)))).((.(....).)).)))))....))))) ( -33.10) >consensus AGUAGUGCAGCUCCGCAGUUAGUGUCAACCACUACCUCCUUGAGCUCGGAGUCGGCCACAGCUUUGGUGAGCUGUGAGUCCAGCGGAUCAAUGCAC ....(((((..(((((...(((((.....))))).((((........))))..(((...(((((....)))))....)))..)))))....))))) (-22.06 = -21.95 + -0.11)
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