Locus 8724

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 22,717,855 – 22,717,975
Length 120
Max. P 0.605573
window14289

overview

Window 9

Location 22,717,855 – 22,717,975
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.06
Mean single sequence MFE -43.02
Consensus MFE -27.87
Energy contribution -28.23
Covariance contribution 0.37
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.605573
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22717855 120 + 23771897
AACCACGGAACGUGAAACAGCCAAUGAUCACAAAGUCAGUGGUGGUGAACGUUCUGCUUAGUGCCAGUAUAAUUGUACUGGGCACGCUGUGGGUGUUCCAGCGCGAAAUGGCCGACGGGA
.....((((((((...((.((((.((((......)))).)))).))..))))))))....((((((((((....))))).))))).((((.(((.(((......)))...))).)))).. ( -43.90)
>DroVir_CAF1 66810 120 + 1
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>DroGri_CAF1 55174 120 + 1
AGCCGCGCAACGUGAAGCAACCAAUGAUAACCAAGUCGGUGAUUGUCAAUGUACUGCUCAGUGCCAGCAUCAUUGUGCUGGGCACACUGUGGGUCUUUCAACGUGAAAUGGCCGACGGGA
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>DroWil_CAF1 27685 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 63215 120 + 1
AGCCGCGCAACGUCAAGCAGCCGAUGAUCACGAAAUCUGUGGUGGUCAAUGUGCUGCUGAGCGCCAGCAUCAUUGUGCUGGGCACGCUGUGGGUGUUCCAGCGCGAGAUGGCCGACGGCA
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>DroAna_CAF1 15219 120 + 1
AGCCGCGCAAUGUGAAACAACCGAUGAUUACGAAGGGUGUUGUAGCCAAUGUUCUCCUUAGCGCAAGUAUCAUAGUACUGGGAACCUUAUGGGUGUUUCAGCGCGAAAUGGCUGAUGGAA
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>consensus
AGCCGCGCAACGUGAAACAACCAAUGAUCACCAAAUCGGUGGUGGUCAAUGUACUGCUCAGCGCCAGCAUCAUUGUGCUGGGCACACUGUGGGUGUUCCAGCGCGAAAUGGCCGACGGGA
.((((.....(((..((((.(((.(((((((((......)))))))))......((((((((((.(......).)))))))))).....))).))))...))).....))))........ (-27.87 = -28.23 +   0.37)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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