Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,597,969 – 22,598,067 |
Length | 98 |
Max. P | 0.845004 |
Location | 22,597,969 – 22,598,067 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 88.11 |
Mean single sequence MFE | -29.37 |
Consensus MFE | -24.05 |
Energy contribution | -24.87 |
Covariance contribution | 0.82 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -2.48 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.77 |
SVM RNA-class probability | 0.845004 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 22597969 98 + 23771897 CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGACUCUGGUGAUUAGUCGGACCAUGCGGGUCCGAGGGCC-GAGUCCCACCC--CCAUCAAGUCUAAUCA ((((((((((....((.((((.....)))).))....))))))))))(((((((.....)))))))(((..-....)))....--................ ( -28.80) >DroSec_CAF1 54663 98 + 1 CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGACUCUGGUGAUUAGUCGGACCAUGCGGGUCCGAGGGCC-GAGUCCCACCC--CCAUCAAGUCUAAUCA ((((((((((....((.((((.....)))).))....))))))))))(((((((.....)))))))(((..-....)))....--................ ( -28.80) >DroSim_CAF1 54801 98 + 1 CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGACUCUGGUGAUUAGUCGGACCAUGCGGGUCCGAGGGCC-GAGUCCCACCC--CAAUCAAGUCUAAUCA ((((((((((....((.((((.....)))).))....))))))))))(((((((.....)))))))(((..-....)))....--................ ( -28.80) >DroEre_CAF1 55250 98 + 1 CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGACUCUGGUGAUUAGUCGGACCAGGCGGGUCCGAGGGGCC-AGUCCCACCC--CCAUCAAGUCUAAUCA ((((((((((....((.((((.....)))).))....))))))))))(((((((.....)))))))((((..-........))--)).............. ( -31.20) >DroYak_CAF1 69209 98 + 1 CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGACUUUGGUGAUUAGUCGGACCAUGCGGGUCCGAGGGGCCGAGUCCCACC---CCAUCAAGUCUAAUCA ((((((((((....((.((((.....)))).))....))))))))))(((((((.....)))))))(((((...)))))...---................ ( -32.70) >DroAna_CAF1 52631 92 + 1 CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGUCUCGGGUGAUUAGA----CUGUGCGU----GGGGGGC-GUCUCUCACUCCACCAUUAGAUUUGGUCA (((((((((....(((.((((.....)))).)))....))))))))).----......((----(((((..-..)))))))...((((.......)))).. ( -25.90) >consensus CUAAUCAUCAUUAACAAUUACACAACGUAGCUGACUCUGGUGAUUAGUCGGACCAUGCGGGUCCGAGGGCC_GAGUCCCACCC__CCAUCAAGUCUAAUCA ((((((((((....((.((((.....)))).))....))))))))))(((((((.....)))))))(((.......)))...................... (-24.05 = -24.87 + 0.82)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:22:42 2006