Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,614,955 – 2,615,112 |
Length | 157 |
Max. P | 0.998653 |
Location | 2,614,955 – 2,615,075 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.25 |
Mean single sequence MFE | -36.63 |
Consensus MFE | -26.87 |
Energy contribution | -27.63 |
Covariance contribution | 0.76 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -3.88 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 3.17 |
SVM RNA-class probability | 0.998653 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2614955 120 + 23771897 UCAACAGUAAGCAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCCUAACAGUGCUGCCCAUCUACAAUUGGUUUUCAGGCAGCACUAUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCGGUGCUAUCGA .........((((((......(((((((.(((.(((((....(((((((((.....((.....)).....)))))))))........)))))...))).)))))))...))))))..... ( -36.20) >DroSec_CAF1 13164 118 + 1 CUAGCAGGAACCAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCUUAACAGUGCUGCCCAUCUGCAAUU--UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAAUGUUAUCGA .(((((((((....))))...(((((((.(((.((((((((.((((((((((((........--...))))))))))))))).....)))))...))).))))))).....))))).... ( -37.50) >DroSim_CAF1 16003 120 + 1 CUAGCAGGAACCAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCUUAACAGUGCUGCCCAUCUACAAAUUUUUAAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGAACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGA .(((((((((....))))...(((((((.((((((((((((.((((((((((((.............))))))))))))))).....))))))..))).))))))).....))))).... ( -38.32) >DroEre_CAF1 13819 117 + 1 CUAGUUUCAAACAUUUUCAAAAAGUAACGGCUGUUGCCUAACAGUGCUGCCCUGCUACCAUU--UUUAUGGGCAGCACU-UGCACACGCCAGUACAGCUGUUAUAAAUGAGUGUUAUCGA .........(((((((.......(((((((((((.((.....((((((((((..........--.....))))))))))-.((....))..)))))))))))))....)))))))..... ( -38.46) >DroYak_CAF1 17140 112 + 1 CUAGUUUCAAACAUUUUCAAAAAGUAACCGUUUUUACUUAACAGUGCUGCCCUUCAACAAUU--CUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGUAGUACAGCUGUU------CGGUGCUAUCGA .....................((((((......))))))...((((((((((..........--.....)))))))))).......(((((((((.......------..))))))))). ( -32.66) >consensus CUAGCAGCAAACAUUUUCAAAAAGUAACCGCUUUUGCUUAACAGUGCUGCCCAUCUACAAUU__UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGA .....................(((((((.(((.(((((....((((((((((.................))))))))))........)))))...))).))))))).............. (-26.87 = -27.63 + 0.76)
Location | 2,614,955 – 2,615,075 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.25 |
Mean single sequence MFE | -37.56 |
Consensus MFE | -28.61 |
Energy contribution | -28.57 |
Covariance contribution | -0.04 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -3.02 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 2.53 |
SVM RNA-class probability | 0.994950 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2614955 120 - 23771897 UCGAUAGCACCGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAUAGUGCUGCCUGAAAACCAAUUGUAGAUGGGCAGCACUGUUAGGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGCUUACUGUUGA (((((((((.(((.(((((((.(((....((((......(((((((((((((...((.....))...)))))))))))))..))))..))).))))))).)))....))))....))))) ( -41.40) >DroSec_CAF1 13164 118 - 1 UCGAUAACAUUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA--AAUUGCAGAUGGGCAGCACUGUUAAGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGGUUCCUGCUAG .........(..(.(((((((.(((((((......))))..((((((((((((...--........))))))))))))..........))).))))))).)..)...((((....)))). ( -39.70) >DroSim_CAF1 16003 120 - 1 UCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUUCUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUUAAAAAUUUGUAGAUGGGCAGCACUGUUAAGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGGUUCCUGCUAG ((((.(((((((........))).))))..(((((.(((..(((((((((((((...........))))))))))))).....)))...)))))......))))...((((....)))). ( -38.80) >DroEre_CAF1 13819 117 - 1 UCGAUAACACUCAUUUAUAACAGCUGUACUGGCGUGUGCA-AGUGCUGCCCAUAAA--AAUGGUAGCAGGGCAGCACUGUUAGGCAACAGCCGUUACUUUUUGAAAAUGUUUGAAACUAG .......((..(((((.(((.....(((.((((...(((.-((((((((((.....--..........)))))))))).....)))...)))).)))...))).)))))..))....... ( -35.76) >DroYak_CAF1 17140 112 - 1 UCGAUAGCACCG------AACAGCUGUACUACCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAG--AAUUGUUGAAGGGCAGCACUGUUAAGUAAAAACGGUUACUUUUUGAAAAUGUUUGAAACUAG ....(((...((------((((.(.(((..(((((.(((..((((((((((.....--..........)))))))))).....)))...)))))))).....)....))))))...))). ( -32.16) >consensus UCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA__AAUUGUAGAUGGGCAGCACUGUUAAGCAAAAGCGGUUACUUUUUGAAAAUGGUUCCUGCUAG ....................(((..(((..(((((.(((..((((((((((.................)))))))))).....)))...))))))))...)))................. (-28.61 = -28.57 + -0.04)
Location | 2,614,995 – 2,615,112 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.12 |
Mean single sequence MFE | -31.99 |
Consensus MFE | -24.19 |
Energy contribution | -24.55 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.79 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 2.20 |
SVM RNA-class probability | 0.990078 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2614995 117 + 23771897 ACAGUGCUGCCCAUCUACAAUUGGUUUUCAGGCAGCACUAUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCGGUGCUAUCGAUAAAU--AUCAAGGACUCAAAAA-UUGGGACUAAUAAUAU ..(((((((((.....((.....)).....)))))))))......(((((......)))))...((((((((...))))))))..--.....((.((((....-.)))).))........ ( -29.20) >DroSec_CAF1 13204 117 + 1 ACAGUGCUGCCCAUCUGCAAUU--UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAAUGUUAUCGAUUAAUAUAACAAGGACUCUAAAA-UUGGGACUAAAAGUAU ..((((((((((((........--...))))))))))))......(((((......)))))(((((.((..((((((........))))))..))(((.....-..))).....))))). ( -33.30) >DroSim_CAF1 16043 117 + 1 ACAGUGCUGCCCAUCUACAAAUUUUUAAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGAACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGAUUAAU--AACAAGGACUCAAAAA-UUGGGACUAAAAGUAU ..((((((((((((.............))))))))))))......(((((......)))))(((((.((..((((((......))--))))..))((((....-.)))).....))))). ( -35.62) >DroEre_CAF1 13859 115 + 1 ACAGUGCUGCCCUGCUACCAUU--UUUAUGGGCAGCACU-UGCACACGCCAGUACAGCUGUUAUAAAUGAGUGUUAUCGAUGAAU--AACAAGGACUCGAAAAAGUGACACUAAAAGUAU ..((((((((((..........--.....))))))))))-(((((....(((.....))).......((((((((((......))--)))....))))).....))).)).......... ( -29.06) >DroYak_CAF1 17180 110 + 1 ACAGUGCUGCCCUUCAACAAUU--CUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGUAGUACAGCUGUU------CGGUGCUAUCGAUAAAU--AACAAGGACCCAAAUAUAUGGCACUAAAAGUAU ..((((((((((..........--.....)))))))))).(((...(((((((((.......------..)))))))))......--....((...(((......)))..))....))). ( -32.76) >consensus ACAGUGCUGCCCAUCUACAAUU__UUUAUGGGCAGCACUUUGCACACGGCAGUACAGCUGUUACUUAUCAGUGUUAUCGAUAAAU__AACAAGGACUCAAAAA_UUGGGACUAAAAGUAU ..((((((((((.................))))))))))..(((((((((......))))).........))))..................((.((((......)))).))........ (-24.19 = -24.55 + 0.36)
Location | 2,614,995 – 2,615,112 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.12 |
Mean single sequence MFE | -32.42 |
Consensus MFE | -22.73 |
Energy contribution | -22.53 |
Covariance contribution | -0.20 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.29 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 1.13 |
SVM RNA-class probability | 0.920307 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2614995 117 - 23771897 AUAUUAUUAGUCCCAA-UUUUUGAGUCCUUGAU--AUUUAUCGAUAGCACCGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAUAGUGCUGCCUGAAAACCAAUUGUAGAUGGGCAGCACUGU ................-......(((...((.(--((((((((.......))))))))).)))))((((......))))(((((((((((((...((.....))...))))))))))))) ( -31.70) >DroSec_CAF1 13204 117 - 1 AUACUUUUAGUCCCAA-UUUUAGAGUCCUUGUUAUAUUAAUCGAUAACAUUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA--AAUUGCAGAUGGGCAGCACUGU .(((((((((......-..)))))(((..((((((........))))))..))).)))).....(((((......))))).((((((((((((...--........)))))))))))).. ( -33.70) >DroSim_CAF1 16043 117 - 1 AUACUUUUAGUCCCAA-UUUUUGAGUCCUUGUU--AUUAAUCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUUCUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUUAAAAAUUUGUAGAUGGGCAGCACUGU ................-.......(((..((((--(((....)))))))..)))..(((((.((......)).)).)))..(((((((((((((...........))))))))))))).. ( -33.30) >DroEre_CAF1 13859 115 - 1 AUACUUUUAGUGUCACUUUUUCGAGUCCUUGUU--AUUCAUCGAUAACACUCAUUUAUAACAGCUGUACUGGCGUGUGCA-AGUGCUGCCCAUAAA--AAUGGUAGCAGGGCAGCACUGU .........(((.(((......((((....(((--(((....))))))))))..........(((.....))))))))).-((((((((((.....--..........)))))))))).. ( -31.46) >DroYak_CAF1 17180 110 - 1 AUACUUUUAGUGCCAUAUAUUUGGGUCCUUGUU--AUUUAUCGAUAGCACCG------AACAGCUGUACUACCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAG--AAUUGUUGAAGGGCAGCACUGU ((((...((((((......(((((.....((((--(((....))))))))))------)).....))))))..))))....((((((((((.....--..........)))))))))).. ( -31.96) >consensus AUACUUUUAGUCCCAA_UUUUUGAGUCCUUGUU__AUUAAUCGAUAACACUGAUAAGUAACAGCUGUACUGCCGUGUGCAAAGUGCUGCCCAUAAA__AAUUGUAGAUGGGCAGCACUGU ........................((..(((..........)))..))................(((((......))))).((((((((((.................)))))))))).. (-22.73 = -22.53 + -0.20)
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