Locus 8625

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 22,429,739 – 22,429,859
Length 120
Max. P 0.960916
window14131

overview

Window 1

Location 22,429,739 – 22,429,859
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.50
Mean single sequence MFE -42.15
Consensus MFE -36.15
Energy contribution -37.65
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.52
SVM RNA-class probability 0.960916
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22429739 120 - 23771897
GGCUCUAAAAAUUCCACACGUCGUUGGUCAUCGAUCUAAAACUAAUUAGCAGUAAGUUGCACUGCUACGGUUGAAGGCGAUGGCCAGAGCGAAACGGGCACCGUGGUUGGAGCCGUGUUC
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>DroSec_CAF1 1453 120 - 1
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>DroEre_CAF1 7459 120 - 1
GGCUCUAAAAAUUCCGCACGUCGUUGGUCAUCGAUCUAAAACUAAUUAGCAGUAAGUUGCACUGCUACGGGUGAAGGCGAUGGCCAGAACGAAGCCGGCACCGUGGAUGCAGCCGUGUUC
((((.((.....(((((.(((..((((((((((.(((...(((...(((((((.......)))))))..)))..))))))))))))).))).....(....)))))))).))))...... ( -41.20)
>DroYak_CAF1 41525 120 - 1
GGCUCUAAAAAUUCCACACGUCGUUGGUCAUCGAUCUAAAACUAAUUAGCAGUAAGUUGUACUGCUACGUUUAAAUGCGAUGGCCAGAGCGAAACUGGCACAGUGGAUGCAGCGGUGUUU
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>consensus
GGCUCUAAAAAUUCCACACGUCGUUGGUCAUCGAUCUAAAACUAAUUAGCAGUAAGUUGCACUGCUACGGUUGAAGGCGAUGGCCAGAACGAAACCGGCACAGUGGAUGCAGCCGUGUUC
(((((((.....(((((...(((((((((((((.(((..((((...(((((((.......))))))).))))..))))))))))))..))))..........))))))))))))...... (-36.15 = -37.65 +   1.50)

alignment

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