Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,400,954 – 22,401,056 |
Length | 102 |
Max. P | 0.805142 |
Location | 22,400,954 – 22,401,056 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.03 |
Mean single sequence MFE | -54.63 |
Consensus MFE | -32.37 |
Energy contribution | -30.27 |
Covariance contribution | -2.10 |
Combinations/Pair | 1.40 |
Mean z-score | -2.34 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.805142 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 22400954 102 + 23771897 GCCGUGAUCGUAGUGGUGGAGUUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGGCCGCUUAGAGAGGCGG------GCGGUAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUAGCCCACCGCCUCGGG .......(((..(((((((.(((((((.((((((((((((.(..(((((((........))------))))).).)))).))))))))))))))))))))))..))). ( -57.00) >DroPse_CAF1 4842 102 + 1 UCGGUGAUCGUGGUGGUGGAGCUGUUCAAGCAGCUUCCGGGUGGCGCCCUGCGCGAGACGU------CCGGAAAGCGGGACGGCUGCCGCCUGGGGCACCGCCUGGGC .......(((.((((((((((((((....)))))))((((((((((((...(....)..((------((.(....).))))))).)))))))))..)))))))))).. ( -53.30) >DroSec_CAF1 205 102 + 1 GCAGUGAUCGCAGUGGUGGAGUUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGGCCGCUUAGAGAGGCGG------GCGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGCUUGGGG ........(.(((((((((.((.((((.((((((((((((.(..(((((((........))------))))).).)))).)))))))))))).))))))))).)).). ( -54.10) >DroSim_CAF1 205 102 + 1 GCCGUGAUCGCAGUGGUGGAGUUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGGCCGCUUAGAGAGGCGG------GCGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGCUUGGGG .((((....))((((((((.((.((((.((((((((((((.(..(((((((........))------))))).).)))).)))))))))))).)))))))))).)).. ( -54.60) >DroEre_CAF1 205 108 + 1 GCCGUGAUCGCGGUGGUGGAGCUGUUUAGGCAGCUGCCUGGCGGCCCGCUGAGGGAGGCGGGCGGCGGAGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGUCUGGGC (((((....)))))(((((.((.((((.((((((((((((((.(((((((......))))))).))(....)...)))).)))))))))))).)))))))........ ( -59.10) >DroPer_CAF1 4899 102 + 1 UCGGUGAUCGUGGUGGUGGAGCUGUUCAAGCAGCUUCCGGGUGGCGCCCUGCGCGAGACGA------CCGGAAAGCGGGACGGCUGCCGCCUGGGGCACCGCCUGGGC .......(((.((((((((((((((....)))))))((((((((((((.(((....).)).------(((.....)))...))).)))))))))..)))))))))).. ( -49.70) >consensus GCCGUGAUCGCAGUGGUGGAGCUGUUUAGGCAGCUGCCCGGUGGCCCGCUGAGAGAGGCGG______GCGGCAAGCGGGAUAGCUGCCGGAUCGCCCACCGCCUGGGC ...........((((((((((((((((.....(((((((......(((((......)))))......).))).))).)))))))).))((.....))))))))..... (-32.37 = -30.27 + -2.10)
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