Locus 8592

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	22,376,602 – 22,376,697
Length	95
Max. P	0.999895

overview

Window 4

Location	22,376,602 – 22,376,697
Length	95
Sequences	5
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.89
Mean single sequence MFE	-34.76
Consensus MFE	-31.10
Energy contribution	-32.30
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.00
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	4.43
SVM RNA-class probability	0.999895
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22376602 95 + 23771897
GCAGGGCGGAUGGAUGGAGAGUGUUCCCUGUUCGCUUUUUAUCUGUAACUUGUAGAUCCACAGACGUACUGCACAAAUAUGCAGUGUGGUUGUGG
(((((....((((((((((((((.........))))))))))))))..)))))....((((((.(((((((((......))))))))).)))))) ( -35.50)
>DroSec_CAF1 27672 95 + 1
GCAGGGCGGAUGGAUGGAGAGUGUUCUCUGUUCGCUUUUUAUCUGUAACUUGUAGAUCCACAGACGUACUGCACAAAUAUGCAGUGUGGUUGUGG
(((((....((((((((((((((.........))))))))))))))..)))))....((((((.(((((((((......))))))))).)))))) ( -35.50)
>DroSim_CAF1 42174 95 + 1
GCAGGGCGGAUGGAUGGAGAGUGUUCUCUGUUCGCUUUUUAUCUGUAACUUGUAGAUCCACAGACGUACUGCACAAAUAUGCAGUGUGGUUGUGG
(((((....((((((((((((((.........))))))))))))))..)))))....((((((.(((((((((......))))))))).)))))) ( -35.50)
>DroEre_CAF1 44122 92 + 1
GCCAGGCGGAUGGAUGGAGA--GUUCCCAGUUCGCUUUUUAUCUGUAACUUGUAGAUCCGCAGACGUACUGCACAAAUGUGCAGUGUGC-UGUGG
..((((...(((((((((((--((.........)))))))))))))..)))).....((((((.((((((((((....)))))))))))-))))) ( -36.00)
>DroYak_CAF1 37579 94 + 1
GCAAGGCGGAUGGAUGGAGCGUGUUCCCUGUUCGCUUUUUAUCUGUAACUUGUAGAUGCACAGACUUACUGCACAAAUAUGCAGUGUGG-UGUGG
(((((((((((((..((((....)))))))))))))))..(((((.......))))))).((.((((((((((......))))))).))-).)). ( -31.30)
>consensus
GCAGGGCGGAUGGAUGGAGAGUGUUCCCUGUUCGCUUUUUAUCUGUAACUUGUAGAUCCACAGACGUACUGCACAAAUAUGCAGUGUGGUUGUGG
(((((....((((((((((((((.........))))))))))))))..)))))....((((((.(((((((((......))))))))).)))))) (-31.10 = -32.30 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	22,376,602 – 22,376,697
Length	95
Sequences	5
Columns	95
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.89
Mean single sequence MFE	-21.20
Consensus MFE	-17.02
Energy contribution	-17.02
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.38
SVM RNA-class probability	0.712229
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22376602 95 - 23771897
CCACAACCACACUGCAUAUUUGUGCAGUACGUCUGUGGAUCUACAAGUUACAGAUAAAAAGCGAACAGGGAACACUCUCCAUCCAUCCGCCCUGC
(((((..(..(((((((....)))))))..)..)))))((((.........))))..........(((((...................))))). ( -21.81)
>DroSec_CAF1 27672 95 - 1
CCACAACCACACUGCAUAUUUGUGCAGUACGUCUGUGGAUCUACAAGUUACAGAUAAAAAGCGAACAGAGAACACUCUCCAUCCAUCCGCCCUGC
(((((..(..(((((((....)))))))..)..)))))((((.........)))).....(((....((((....))))........)))..... ( -19.90)
>DroSim_CAF1 42174 95 - 1
CCACAACCACACUGCAUAUUUGUGCAGUACGUCUGUGGAUCUACAAGUUACAGAUAAAAAGCGAACAGAGAACACUCUCCAUCCAUCCGCCCUGC
(((((..(..(((((((....)))))))..)..)))))((((.........)))).....(((....((((....))))........)))..... ( -19.90)
>DroEre_CAF1 44122 92 - 1
CCACA-GCACACUGCACAUUUGUGCAGUACGUCUGCGGAUCUACAAGUUACAGAUAAAAAGCGAACUGGGAAC--UCUCCAUCCAUCCGCCUGGC
.....-....(((((((....)))))))..(((.((((((..........(((............)))(((..--..)))....))))))..))) ( -24.40)
>DroYak_CAF1 37579 94 - 1
CCACA-CCACACUGCAUAUUUGUGCAGUAAGUCUGUGCAUCUACAAGUUACAGAUAAAAAGCGAACAGGGAACACGCUCCAUCCAUCCGCCUUGC
.....-....(((((((....)))))))..((((((((........).))))))).....(((.....(((......))).......)))..... ( -20.00)
>consensus
CCACAACCACACUGCAUAUUUGUGCAGUACGUCUGUGGAUCUACAAGUUACAGAUAAAAAGCGAACAGGGAACACUCUCCAUCCAUCCGCCCUGC
..........(((((((....)))))))..((((((((.........)))))))).....(((....(((......)))........)))..... (-17.02 = -17.02 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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