Locus 8591

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 22,376,460 – 22,376,563
Length 103
Max. P 0.514537
window14073

overview

Window 3

Location 22,376,460 – 22,376,563
Length 103
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.64
Mean single sequence MFE -34.65
Consensus MFE -24.17
Energy contribution -23.98
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.19
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.514537
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22376460 103 + 23771897
AACGGCAGA----G--UUUUGUUUUUACGGCACACACGUUUUGAG---UUCGCGUAUCUCUUGGAUGCGCGGUACUCACUUUGCUUUAUGGCCAUUAGCGUAUGAUUUGUCU
...((((((----(--(..((....))..)).((.(((((.((((---((((((((((.....))))))))).)))))....(((....)))....))))).)).)))))). ( -31.50)
>DroSec_CAF1 27530 103 + 1
AACGGCAGA----G--UUUGGUUUUUACGGCGCACACGUUGUGAG---UUCGCGUAUCUCUCGGAUGCGCGGUGCUCACUUCGCUUUAUGGCCAUUAGCGUAUGAUUUGUCU
...((((((----.--....((....)).((((....(..(((((---((((((((((.....))))))))).))))))..)(((....))).....))))....)))))). ( -34.90)
>DroSim_CAF1 42032 103 + 1
AACGGCAGA----G--UUUGGUUUUUACGGCGCACACGUUUUGAG---UUCGCGUAUCUCUUGGAUGCGCGGUGCUCACUUCGCUUUAUGGCCAUUAGCGUAUGAUUUGUCU
...((((((----.--....((....)).((((........((((---((((((((((.....))))))))).)))))....(((....))).....))))....)))))). ( -31.50)
>DroEre_CAF1 43981 102 + 1
AAAAGCGGA----G--UUUGGUU-UUACGGCGCACACGUUUUGAG---UUCGCGUAUCUCUUGGAUGCGCGGUGCUCACUUCGCUUUAUGGCCAUUAGCGUAUGAUUUGUCU
.((((((((----(--(......-..(((.......)))...(((---((((((((((.....))))))))).))))))))))))))..(((.((((.....))))..))). ( -32.90)
>DroYak_CAF1 37437 103 + 1
GAAGGCAGA----G--UUUGGUUUUUAUGGCGUACACGUUUUGAG---UUCGCGUAUCUCUUGGAUACGCGGUGCUCACUUCGCUUUAUGGCCAUUACCGUAUGAUUUGUCU
..(((((((----.--..((((....((((((((..((...((((---((((((((((.....))))))))).)))))...))...))).))))).)))).....))))))) ( -36.90)
>DroPer_CAF1 82390 104 + 1
A--GGCAGGCAGGCGCUGUAGCU---GUAGCUG--A-GGCUGGAGAGAGACACGUAUCUCAUGGAUGCGCGUUGCUCACUUCGCUUUAUGGCCAUUAGCGUAUGAUUUGUCU
(--((((((((.((((((..(((---(((((.(--(-((...(((...(((.((((((.....)))))).))).))).)))))))..)))))...)))))).)).))))))) ( -40.20)
>consensus
AACGGCAGA____G__UUUGGUUUUUACGGCGCACACGUUUUGAG___UUCGCGUAUCUCUUGGAUGCGCGGUGCUCACUUCGCUUUAUGGCCAUUAGCGUAUGAUUUGUCU
...((((((.........(((((.....((((.........((((....(((((((((.....)))))))))..))))...))))....)))))...........)))))). (-24.17 = -23.98 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:19:45 2006