| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,576,329 – 2,576,449 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.573507 |
| Location | 2,576,329 – 2,576,449 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.44 |
| Mean single sequence MFE | -49.43 |
| Consensus MFE | -26.63 |
| Energy contribution | -25.75 |
| Covariance contribution | -0.88 |
| Combinations/Pair | 1.44 |
| Mean z-score | -1.88 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 0.08 |
| SVM RNA-class probability | 0.573507 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 2576329 120 - 23771897 CGCCUGAGCUUGGAUCAAAGCACUGUGGUUUAGAUAAAGAGCCGUGGCCGGCGAUGGAGGCGGUUGCUGCUGGGCAGCCGAGAGCAGUUCCUGCUGAUCGAAAUUGGCAUCGCAGAGCAU .(((((.((((..(((.((((......)))).)))...)))))).)))..((((((....((((((((....)))))))).((.((((....)))).))........))))))....... ( -42.20) >DroVir_CAF1 4019 120 - 1 UGCCUGGGCCUGAAUCAAAGCGCUCUGAUUCAAGUAGAGCGCCGUGGCCGGCGACGGAGGAGGCUGUUGCUGUGCAGCCGAGAGCAGCUGUUGCUGAUCAAAGUGUGCAUCGCAGAGCAA (((((.(((......((..((((((((.......))))))))..))(((((((((((......))))))))).)).))).)).)))(((.((((.(((((.....)).)))))))))).. ( -49.80) >DroGri_CAF1 3212 120 - 1 UGCCUGAGCCUGAAUCAGCGCGCUUUGAUUCAAAUAGAGCGCUGUGGCAGGCGACGGCGGCGGCUGUUGCUGUGCCGCCAACAGCAACUGUUGCUGAUCAAAGUGCGCAUCGCAUAGCAA (((.(((.......)))(((((((((((((..(((((...((((((((.(((.((((((((....)))))))))))))).)))))..)))))...)))))))))))))........))). ( -56.00) >DroWil_CAF1 3682 120 - 1 AGCCUGCGCUUGGAUUAGGGCACUGUGAUUCAAAUACAGAGCCGUGGCUGGUGAUGGUGGCGGCUGUUGUUGGGCAGCCGAUAGCAAAUGCUGCUGCUCGAAAUUCCCAUCACAGAGUAA .((((.(.....)....)))).(((((((.......(((((((((.(((......))).)))))).)))(((((((((....(((....)))))))))))).......)))))))..... ( -44.50) >DroMoj_CAF1 3620 120 - 1 AGCCUGCGCCUGGAUCAAUGCGCUCUGAUUCAAAUAGAGCGCCGUUGCGGGCGACGGUGGCGGCUGUUGCUGUGCCGCCGAGAGCAACUGUUGCUGAUCGAAGUGGGCAUCGCAGAGCAA .(((((((((((...((((((((((((.......))))))).))))))))))...(((((((((....))))).(((((((.((((.....))))..)))..)))).)))))))).)).. ( -52.50) >DroAna_CAF1 2691 120 - 1 UGCCCGUGCUUGGAUUAGAGCACUGUAGUUCAAAUAGAGAGCAGUGGCUGGCGACGGCGGCGGUUGCUGCUGGGCCGCCGACAGGAGCUCCUGCUGGUCGAAGUUGGCAUCGCACAGCAU .((((((((((......))))))................(((((..((((.((....)).))))..)))))))))(((((.((((....)))).))).))..((((((...)).)))).. ( -51.60) >consensus UGCCUGAGCCUGGAUCAAAGCACUGUGAUUCAAAUAGAGAGCCGUGGCCGGCGACGGAGGCGGCUGUUGCUGGGCAGCCGAGAGCAACUGCUGCUGAUCGAAGUGGGCAUCGCAGAGCAA .(((((.((((((((((........)))))))........((....)).)))((...(((((((.((((((...........)))))).))))))).)).............))).)).. (-26.63 = -25.75 + -0.88)
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