Locus 8480

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 22,278,777 – 22,278,897
Length 120
Max. P 0.757284
window13879

overview

Window 9

Location 22,278,777 – 22,278,897
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.83
Mean single sequence MFE -40.06
Consensus MFE -29.22
Energy contribution -28.46
Covariance contribution -0.76
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.757284
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22278777 120 - 23771897
UUUGCCAACUUUGUGCUAGUGUGUAUGUGUGUACCGGCUCUAUUUAUAUGUCAAGCGCAGGCGGUGCAAACACAUCUGUGUGGACACGCACCGAGAUACAAAGCAGUGUGGCUGUGUUGG
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>DroSec_CAF1 37188 111 - 1
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>DroSim_CAF1 28784 111 - 1
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>DroEre_CAF1 35898 112 - 1
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>DroYak_CAF1 1968 112 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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