Locus 841

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	2,550,090 – 2,550,275
Length	185
Max. P	0.939349

overview

Window 3

Location	2,550,090 – 2,550,195
Length	105
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.79
Mean single sequence MFE	-59.13
Consensus MFE	-36.22
Energy contribution	-36.33
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.95
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939349
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2550090 105 + 23771897
GCUGGAGUUGCGCCUGGGCCUGGGCAGCGGCAUGAGCGGCAGCCGCCUGAGCCUGCGCCUGGGCCAUCAGGUGAUGCUG---CUGCUGCUGCUCGGCGGCCAGGCGAC
..........(((((((.((((((((((((((...((((((..(((((((((((......))))..))))))).)))))---)))))))))))))).).))))))).. ( -68.50)
>DroVir_CAF1 15656 102 + 1
GAUGCAGCUGC------GCCUGGGCGGCGGCAUGCGCGGCAGCGGCCUGUGCCUGCGCCUGGGCGAGCAGCUGAUGGUGCUGCUGUUGCUGUUCGGCGGCUAGGCGUC
(((((((((((------(((..((((.(((...(((((((....))).)))))))))))..)))(((((((.(((((.....)))))))))))).))))))..))))) ( -58.90)
>DroGri_CAF1 14289 102 + 1
GAUGUAGCUGC------GCCUGGGCAGCAGCAUGAGCUGCAGUGGCCUGCGCCUGAGCCUGGGCAAGCAACUGAUGAUGCUGCUGCUGCUGUUCGGCGGCGAGGCGAC
......(((.(------(((..(((((((((((.(....((((.((.(((.((.......))))).)).)))).).)))))))))))(((....))))))).)))... ( -50.20)
>DroEre_CAF1 25819 105 + 1
GCUGGAGUUGCGCCUGAGCCUGGGCAGCGGCAUGGGCGGCAGCCGCCUGGGCCUGCGCCUGGGCCAUCAGGUGAUGCUG---CUGCUGCUGCUCGGCGGCCAGGCGAC
..........((((((.(((((((((((((((...((((((..(((((((((((......)))))..)))))).)))))---)))))))))))))..))))))))).. ( -65.80)
>DroWil_CAF1 22465 99 + 1
GUUGAAGUUGCGC------CUGGGCAGCAGCAUGAACAGCGGCCGCUUGGGCCUGGGCUUGGACCAUCAAUUGAUGGUG---CUGUUGCUGUUCGGCAGCCAAACGAC
((((..(((((((------....)).))))).(((((((((((.(((..(((....)))..)((((((....)))))))---).))))))))))).))))........ ( -45.60)
>DroYak_CAF1 10137 105 + 1
GCUGGAGUUGCGCCUGUGCCUGGGCAGCGGCAUGGGCGGCAGCCGCCUGGGCCUGCGCCUGGGCCAUCAGGUGAUGCUG---CUGCUGCUGCUCGGCGGCCAGGCGAC
..........((((((.(((((((((((((((...((((((..(((((((((((......)))))..)))))).)))))---)))))))))))))..))))))))).. ( -65.80)
>consensus
GCUGGAGUUGCGC____GCCUGGGCAGCGGCAUGAGCGGCAGCCGCCUGGGCCUGCGCCUGGGCCAUCAGGUGAUGCUG___CUGCUGCUGCUCGGCGGCCAGGCGAC
(((...(((((.(........).)))))(((.(((((((((((.((((..((....))..))))((((....))))........)))))))))))...))).)))... (-36.22 = -36.33 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	2,550,164 – 2,550,275
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.57
Mean single sequence MFE	-44.58
Consensus MFE	-33.92
Energy contribution	-33.82
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.41
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.22
SVM RNA-class probability	0.640563
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 2550164 111 - 23771897
GCUGGCCGGUGAGCACAGCUCCAUUGUCCAGGCACCAGGCGGCGAUACGUUGCGCCGCAACUUCCAGCAGAUCCAGGAAGGUCGCCUGGCCGCCGAGCAGCAGCAG---------CAGCA
((((..((((((((...))))....(.(((((((((..((((((........))))))...((((..........))))))).)))))).)))))..)))).((..---------..)). ( -47.70)
>DroVir_CAF1 15724 114 - 1
GCUGGCCGGCGAGCCCAGCUCCAUCAUACAGGCGCCCGGCGGCGAUACAUUGCGUCGCAAUUUCCAGCAAAUCCAGGAGGGACGCCUAGCCGCCGAACAGCAACAGC------AGCACCA
((((..((((((((...))))........((((((((.((((((........))))))....(((..........)))))).)))))....))))..))))......------....... ( -45.90)
>DroGri_CAF1 14357 114 - 1
GCUGGCCGGUGAGCCCAGCUCGAUCAUACAAGCGCCUGGUGGCGACACGUUGCGACGCAACUUUCAGCAAAUCCAGGAAGGUCGCCUCGCCGCCGAACAGCAGCAGC------AGCAUCA
((((..(((((.(((((((.(..........).).)))).((((((...((((...))))(((((..........)))))))))))..)))))))..)))).((...------.)).... ( -39.50)
>DroWil_CAF1 22533 111 - 1
AUUGGCCGGCGAGCCAAGCUCCAUUAUCCAGGCACCAGGUGGUGAUACCCUGAGACGUAACUUCCAGCAGAUCCAGGAAGGUCGUUUGGCUGCCGAACAGCAACAG---------CACCA
..((..((((.((((((((.........((((((((....))))....)))).(((....(((((..........))))))))))))))))))))..))((....)---------).... ( -39.50)
>DroMoj_CAF1 15071 120 - 1
GCUGGCCGGUGAGCCCAGCUCCAUUAUCCAGGCGCCGGGUGGCGAUACACUGCGUCGCAACUUCCAGCAAAUCCAAGAGGGACGCAUGGCCGCCGAACAGCAACAGCAGCAGCAGCACCA
((((..((((..((((.((.((........)).)).))))(((.(.....((((((((........))....((....))))))))).)))))))..))))....((....))....... ( -43.10)
>DroAna_CAF1 12463 111 - 1
GCUGGCCGGCGAGCACAGCUCCAUUGUCCAGGCCCCAGGCGGCGACACCCUCCGCCGCAAUUUUCAGCAGAUCCAGGAGGGCCGCCUGGCCGCCGAACAGCAGCAG---------CAGCA
((((..((((((((...)))).........((((..(((((((.....(((((.(.((........)).).....))))))))))))))))))))..)))).((..---------..)). ( -51.80)
>consensus
GCUGGCCGGCGAGCCCAGCUCCAUUAUCCAGGCGCCAGGCGGCGAUACACUGCGACGCAACUUCCAGCAAAUCCAGGAAGGUCGCCUGGCCGCCGAACAGCAACAG_________CACCA
((((..((((((((...))))......((((((.....((((((........))))))..(((((..........)))))...))))))..))))..))))................... (-33.92 = -33.82 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

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