Locus 8407

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 22,102,535 – 22,102,653
Length 118
Max. P 0.663874
window13754

overview

Window 4

Location 22,102,535 – 22,102,653
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.70
Mean single sequence MFE -22.54
Consensus MFE -18.23
Energy contribution -18.90
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.663874
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 22102535 118 + 23771897
ACUCUUAUUCAGUUCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGGAAAA-CACA-
.((((((((..(((..((........))...)))..(((((((.(..(((((((((((.((((....))))...)))))))))))..))))))))......)))))))).....-....- ( -22.30)
>DroVir_CAF1 107950 112 + 1
UCUC--------UCCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGCCAGAGCACAA
.(((--------(...((((((((((..........(((((((.(..(((((((((((.((((....))))...)))))))))))..)))))))).....)))))))))).))))..... ( -21.86)
>DroPse_CAF1 107599 117 + 1
ACUCUUAUUCAGUUCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGGGAGA-CAC--
.((((..(((.(((((((......(((......)))...(((((((((.....)))))..))))..)))))))........((((((((.........))))))))))))))).-...-- ( -23.80)
>DroGri_CAF1 100655 115 + 1
UCUCUUC-----UCCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGCCAGAGCACAA
.((((.(-----((..(((((((((((.(((((...(((.....)))(((((((((((.((((....))))...)))))))))))..))))).)))))))))))..)))..))))..... ( -24.00)
>DroMoj_CAF1 130133 112 + 1
UCUC--------UCCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGCCAGAGCACAA
.(((--------(...((((((((((..........(((((((.(..(((((((((((.((((....))))...)))))))))))..)))))))).....)))))))))).))))..... ( -21.86)
>DroAna_CAF1 107860 111 + 1
ACUCUUAUUCAGUUCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGC-------C--
.((((((((..(((..((........))...)))..(((((((.(..(((((((((((.((((....))))...)))))))))))..))))))))......)))))))).-------.-- ( -21.40)
>consensus
ACUCUUA_____UCCCGUUUUUAUUUGCUCAAACAAUAUUCGACAUAGUAAUUUUAUGCUUCGACUGCGGAACACAUAAAAUUAUCUUUUGAAUAAAUAAAGAUAAGAGCCAGA_CACA_
.(((((..........(((((((((((.(((((...(((.....)))(((((((((((.((((....))))...)))))))))))..))))).))))))))))))))))........... (-18.23 = -18.90 +   0.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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