Locus 8314

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,759,080 – 21,759,196
Length 116
Max. P 0.630772
window13607

overview

Window 7

Location 21,759,080 – 21,759,196
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.91
Mean single sequence MFE -44.28
Consensus MFE -28.27
Energy contribution -30.00
Covariance contribution 1.73
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.630772
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21759080 116 + 23771897
UCA----UCAACAGUUCGCUCUAGCGUGGCCGUGGAAUUGUGGUCCUCGGCGGGCUCCAAGCAGCCCUUCGAGCACAAGCCCCACCUGCCGCGCGAGGAGACGAAGAGCUCGCGCUCGAU
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>DroPse_CAF1 5228 116 + 1
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>DroWil_CAF1 14424 116 + 1
UUU----UUUACAGUUCGCUCUAGCGUGGCUGUUGAGCUGUGGUCAUCGGGUGGCUCCAAGUUGCCAUAUGAGCACAAACCCAAUUUGCCGCGAGAGGAGACGAAAAAUUCCAGAUCGAU
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>DroYak_CAF1 3197 116 + 1
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>DroAna_CAF1 10071 120 + 1
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>DroPer_CAF1 2564 116 + 1
UCG----UUUACAGUUCGCUCUAGCGUGGCGGUUGAACUGUGGUCAUCGGCCGGACCUAAGUUGCCAUAUGAACACAAGUCAAACUUGCCGCGAGAGGAGACGAAAUGUUCUCGUUCGAU
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>consensus
UCA____UUUACAGUUCGCUCUAGCGUGGCCGUUGAACUGUGGUCAUCGGCCGGCUCCAAGCAGCCAUAUGAGCACAAGCCCAACUUGCCGCGAGAGGAGACGAAAAGCUCUCGCUCGAU
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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