Locus 8294

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	21,742,388 – 21,742,545
Length	157
Max. P	0.999456

overview

Window 0

Location	21,742,388 – 21,742,505
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.86
Mean single sequence MFE	-41.58
Consensus MFE	-32.94
Energy contribution	-32.86
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.620620
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21742388 117 - 23771897
AACUGUUAAUCGGCGGCCGUCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGGCGAAUGGUGCGCGUGCUCCGUUCUGCCGGUUUAACAGCAAUGUUAUGGCGGUAAGAUCU---
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>DroSec_CAF1 24257 117 - 1
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>DroSim_CAF1 29142 117 - 1
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>DroEre_CAF1 10618 117 - 1
AACUGUUAAUCGGCCGCCGCCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGACGAAUGCUGCGCAUGCUCUGCUCUGCCGGCUUUACAGAAAUGUUAAUGCGGUAAGAUCU---
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>DroYak_CAF1 82448 120 - 1
AACUGUUAAUCGGCCGCCGCCGUUGUGGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGCGACGAAUGCUGCGCAUGCUCCGCUCUGCCGGUUUUACAGCAAUGUUAAGGCAGCAAGAUCUGCA
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>consensus
AACUGUUAAUCGGCGGCCGUCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGACGAAUGCUGCGCAUGCUCCGCUCUGCCGGCUUAACAGCAAUGUUAUGGCGGUAAGAUCU___
...(((((..(((((((.((((..(((((....))))).)))).....))))))))))))..((((((((..((........))..)).(((((....)))))..))))))......... (-32.94 = -32.86 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	21,742,425 – 21,742,545
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.33
Mean single sequence MFE	-50.84
Consensus MFE	-46.06
Energy contribution	-46.18
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	3.62
SVM RNA-class probability	0.999456
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21742425 120 - 23771897
GUGCGUGCGUUUGCAACAGUGGCAGGGCACGGCGAAACUUAACUGUUAAUCGGCGGCCGUCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGGCGAAUGGUGCGCGUGCUCCGUU
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>DroSec_CAF1 24294 120 - 1
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>DroSim_CAF1 29179 120 - 1
GUGUGUGCGUUUGCAACAGUGGCAGGGCACGGCGAAACUUAACUGUUAAUCGGCGGCCGUCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGACGAAUGCUGCGCAUGCUCCGCU
(((((((((((((..((((..((..(((.((.((((((......)))..))).)))))((((..(((((....))))).)))).....))..))))..))))))).))))))........ ( -52.40)
>DroEre_CAF1 10655 120 - 1
GUGUGUGCGUUUGCAACAGUGGCAGGGCACGGCGAAACUUAACUGUUAAUCGGCCGCCGCCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGACGAAUGCUGCGCAUGCUCUGCU
(((((((((((((..((((..((..(((..((((((((......)))..)).))))))((((..(((((....))))).)))).....))..))))..))))))).))))))........ ( -51.20)
>DroYak_CAF1 82488 120 - 1
GUGUGUGCGUUUGCAACAGUGGCAGGACACGGCGAAACUUAACUGUUAAUCGGCCGCCGCCGUUGUGGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGCGACGAAUGCUGCGCAUGCUCCGCU
(((((((((((((...(((..((.((...(((((((((......)))..)).))))))((((..(..((....))..).)))).....))..)))...))))))).))))))........ ( -43.10)
>consensus
GUGUGUGCGUUUGCAACAGUGGCAGGGCACGGCGAAACUUAACUGUUAAUCGGCGGCCGUCGCUGCAGGAAAUCCUGUUUGGCAAACAGCUGCUGUGACGAAUGCUGCGCAUGCUCCGCU
(((((((((((((..((((..((..(((.((.((((((......)))..))).)))))((((..(((((....))))).)))).....))..))))..))))))).))))))........ (-46.06 = -46.18 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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