Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,740,849 – 21,740,968 |
Length | 119 |
Max. P | 0.995044 |
Location | 21,740,849 – 21,740,968 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -38.24 |
Consensus MFE | -35.18 |
Energy contribution | -35.26 |
Covariance contribution | 0.08 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.63 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 1.87 |
SVM RNA-class probability | 0.980770 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21740849 119 + 23771897 CAGCAGCUCCAGGAGCUGCAUCGCCACUUGGCAGAUUAUGACGACAACUAUACUGACAGGCAGAGCCAGAGGAAACUACUCCAAGAAACUAGCCAGAUUCAGUUGCAGUCGCAAUCGGA- ..(((((((...)))))))...(((....))).((((.((((..(((((...(((.(.(((...)))...(((......))).........).)))....)))))..)))).))))...- ( -38.20) >DroSec_CAF1 22752 120 + 1 CAGCAGCUCCAGGAGCUGCAUCGCCACUUGGCAGAUUAUGACGACAACUAUGCUGACAGGCAGAGCCAGAGGGAACUACUCCAAGAAACUAGCCAGAUUCAGUUGCAGUCGCAGUCGGAG ..(((((((...))))))).(((((....))).((((.((((..(((((...(((.(.(((...)))....(((.....))).........).)))....)))))..)))).)))).)). ( -39.00) >DroSim_CAF1 27629 120 + 1 CAGCAGCUCCAGGAGCUGCAUCGCCACUUGGCAGAUUAUGACGACAACUAUGCUGACAGGCAGAGCCAGAGGAAACUACUCCAAGAAACUAGCCAGAUUCAGUUGCAGUCGCAGUCGGAG ..(((((((...))))))).(((((....))).((((.((((..(((((...(((.(.(((...)))...(((......))).........).)))....)))))..)))).)))).)). ( -39.40) >DroEre_CAF1 8877 120 + 1 CAGCAGCUCCAGGAGCUGCAUCGCCAGUUGGCAGAUUAUGACGACAACUAUGCUGACAGGCAGCGCCAGAAGAAACUACUCCAAGAAACUAGCCAGAUUUUGUGGCAGUUGCAGUCGGAU ..(((((((...)))))))((((((....)))......((((..(((((..((((.....))))((((.((((..((......))...((....)).)))).)))))))))..))))))) ( -39.40) >DroYak_CAF1 80788 120 + 1 CAGCAGCUUCAGGAGCUGCAUCGCCAGUUGGCAGAUUAUGACGACAACUAUGCUGACAGGCAGAGCCAGAGGAAACUACUCCAAGAAACUAGCCAGAUUUUGUUGCAGUUGCAGUCGGAU ..(((((((...)))))))((((((....))).((((..(((..((((....(((.(.(((...)))...(((......))).........).))).....))))..)))..)))).))) ( -35.20) >consensus CAGCAGCUCCAGGAGCUGCAUCGCCACUUGGCAGAUUAUGACGACAACUAUGCUGACAGGCAGAGCCAGAGGAAACUACUCCAAGAAACUAGCCAGAUUCAGUUGCAGUCGCAGUCGGAG ..(((((((...)))))))...(((....))).((((..(((..(((((...(((.(.(((...)))...(((......))).........).)))....)))))..)))..)))).... (-35.18 = -35.26 + 0.08)
Location | 21,740,849 – 21,740,968 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -41.46 |
Consensus MFE | -38.12 |
Energy contribution | -38.76 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.85 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.54 |
SVM RNA-class probability | 0.995044 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21740849 119 - 23771897 -UCCGAUUGCGACUGCAACUGAAUCUGGCUAGUUUCUUGGAGUAGUUUCCUCUGGCUCUGCCUGUCAGUAUAGUUGUCGUCAUAAUCUGCCAAGUGGCGAUGCAGCUCCUGGAGCUGCUG -...(((.(((((((..(((((....(((.((((....((((....))))...))))..)))..))))).))))))).)))...(((.(((....))))))(((((((...))))))).. ( -43.90) >DroSec_CAF1 22752 120 - 1 CUCCGACUGCGACUGCAACUGAAUCUGGCUAGUUUCUUGGAGUAGUUCCCUCUGGCUCUGCCUGUCAGCAUAGUUGUCGUCAUAAUCUGCCAAGUGGCGAUGCAGCUCCUGGAGCUGCUG ....(((.(((((((...((((....(((.((((....((((...))))....))))..)))..))))..))))))).)))...(((.(((....))))))(((((((...))))))).. ( -41.70) >DroSim_CAF1 27629 120 - 1 CUCCGACUGCGACUGCAACUGAAUCUGGCUAGUUUCUUGGAGUAGUUUCCUCUGGCUCUGCCUGUCAGCAUAGUUGUCGUCAUAAUCUGCCAAGUGGCGAUGCAGCUCCUGGAGCUGCUG ....(((.(((((((...((((....(((.((((....((((....))))...))))..)))..))))..))))))).)))...(((.(((....))))))(((((((...))))))).. ( -43.70) >DroEre_CAF1 8877 120 - 1 AUCCGACUGCAACUGCCACAAAAUCUGGCUAGUUUCUUGGAGUAGUUUCUUCUGGCGCUGCCUGUCAGCAUAGUUGUCGUCAUAAUCUGCCAACUGGCGAUGCAGCUCCUGGAGCUGCUG .(((((..(.((((((((.......)))).)))).))))))((((((((....((.(((((..(((.((.((((((.((........)).)))))))))))))))).)).)))))))).. ( -41.30) >DroYak_CAF1 80788 120 - 1 AUCCGACUGCAACUGCAACAAAAUCUGGCUAGUUUCUUGGAGUAGUUUCCUCUGGCUCUGCCUGUCAGCAUAGUUGUCGUCAUAAUCUGCCAACUGGCGAUGCAGCUCCUGAAGCUGCUG ....(((.(((((((...........((((((......((((....)))).)))))).(((......)))))))))).)))...(((.(((....))))))((((((.....)))))).. ( -36.70) >consensus AUCCGACUGCGACUGCAACUGAAUCUGGCUAGUUUCUUGGAGUAGUUUCCUCUGGCUCUGCCUGUCAGCAUAGUUGUCGUCAUAAUCUGCCAAGUGGCGAUGCAGCUCCUGGAGCUGCUG ....(((.(((((((...((((....(((.((..((..((((....))))...))..)))))..))))..))))))).)))...(((.(((....))))))(((((((...))))))).. (-38.12 = -38.76 + 0.64)
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