Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,586,790 – 21,586,909 |
Length | 119 |
Max. P | 0.861465 |
Location | 21,586,790 – 21,586,909 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.26 |
Mean single sequence MFE | -38.18 |
Consensus MFE | -23.21 |
Energy contribution | -24.93 |
Covariance contribution | 1.72 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.44 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.861465 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21586790 119 + 23771897 AGAACCUGAGAAGUUACGUGGAUUUGACAGCGUGCGCCAUCUGUCUGCAGGUUACUGAAGCAGUGCUAGUGAACCGACUAUGCCGAUAGGUGGCGUUAUUUCCAAUUGAAAACUUCAAC .........((((((...((((..((((.(....)((((((((((.((((((((((..(((...))))))).))).....))).))))))))))))))..))))......))))))... ( -39.50) >DroSec_CAF1 4917 116 + 1 AGAACCUGAGAAGUUACAUGGAUUUGACAGCA--CGCCAUCUGUCUGCAGGUUACUGAAGCAGUGCCUGUGAACCGACUA-GCCGAUAGGUGGCGUUAUUUCCAAUUAAAAGGUUCAAC .((((((......(((..((((..((.....(--(((((((((((.((((((.((((...)))))))))).....(....-..)))))))))))))))..))))..))).))))))... ( -40.20) >DroSim_CAF1 4986 116 + 1 AGAACCUGAGAAGUUACAUGGAUUUGACAGCA--CGCCAUCUGUCUGCAGGUUACUGAAGCAGUGCCUGUGAACCGACUA-GCCGAUAGGUGGCGUUAUUUCCAAUUAAAAGGUUCAAC .((((((......(((..((((..((.....(--(((((((((((.((((((.((((...)))))))))).....(....-..)))))))))))))))..))))..))).))))))... ( -40.20) >DroEre_CAF1 17392 115 + 1 GGAACGUAAGAAGCUGCAUGGAUUUGACAGC----GCCAUCUGUCUGUAGGUUACUCAAGCAGUGCUGGUGAACCGGCUAUGCCGAUAGAUGGCACUAUUUCAAAUUAAUAACUUCACC .........((((.......(((((((.((.----((((((((((((.((....)))).(((..(((((....)))))..))).)))))))))).))...))))))).....))))... ( -39.90) >DroYak_CAF1 14879 118 + 1 GGAACCUGAGAAGAUACAUUUAUUUAACAGCGUGCGCCACCUGGCCGUAGGUUACACAAGCAGAGCUGGUGUACCGGCUUU-CCAAUAGGUGGCAUUAUUUCAAACUCUAGACUUCAAC (((...(((((.(((.((((((((....(((.((((((....)).)))).)))......(.((((((((....))))))))-.)))))))))..))).)))))...))).......... ( -31.10) >consensus AGAACCUGAGAAGUUACAUGGAUUUGACAGCA__CGCCAUCUGUCUGCAGGUUACUGAAGCAGUGCUGGUGAACCGACUAUGCCGAUAGGUGGCGUUAUUUCCAAUUAAAAACUUCAAC .........((((((...((((..((((.......((((((((((.((.((((((...(((...))).))).)))......)).))))))))))))))..))))......))))))... (-23.21 = -24.93 + 1.72)
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