Locus 8189

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,539,460 – 21,539,564
Length 104
Max. P 0.658712
window13400

overview

Window 0

Location 21,539,460 – 21,539,564
Length 104
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.57
Mean single sequence MFE -34.12
Consensus MFE -23.57
Energy contribution -23.68
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.658712
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21539460 104 + 23771897
UGGCAAGUGGAUAACGUUUCAUUAGAAUAUCGGGUGAAGUGCGCAUUUAUACACGACGUGUGUGUGGAUUGUGCGUAC--------------AUAUGUGAGCCGAGAUCUGCGAGC--CA
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>DroPse_CAF1 39771 116 + 1
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>DroSec_CAF1 10945 108 + 1
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>DroSim_CAF1 10068 104 + 1
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>DroEre_CAF1 28754 104 + 1
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>DroYak_CAF1 29087 104 + 1
UCGCAAGUGGAUAACGUUUCAUUAGAAUAUCGGGUGAAGUGCGCAUUUAUACACGGCGUGUGUGUGGAUUGUGCGUAC--------------AUAUGCGAGCCGAGAUCUGCGAGC--CA
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>consensus
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..(((..(((...(((((((((..(.....)..)))))((((((((...((((((.....))))))....))))))))................))))...))).....)))........ (-23.57 = -23.68 +   0.12)

alignment

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