Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,507,840 – 21,507,960 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999996 |
Location | 21,507,840 – 21,507,960 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.50 |
Mean single sequence MFE | -31.35 |
Consensus MFE | -29.74 |
Energy contribution | -29.34 |
Covariance contribution | -0.40 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.63 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 4.85 |
SVM RNA-class probability | 0.999955 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21507840 120 + 23771897 UUGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCUUAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA .....((((.....))))(((.(((((((((.(((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))))).))) ( -33.72) >DroPse_CAF1 37031 120 + 1 UCAAUUGGAAUAUUUGUGUGCACCCAUUAUAGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUACAGCCGUAUUAAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA ..................(((.(.((((((.((((((((((..(((..(((.((((((((..((((....)))))))))).....)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -30.40) >DroSec_CAF1 13336 120 + 1 UCGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCCCAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA .....((((.....))))(((.(.(((((((.(((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -31.12) >DroSim_CAF1 13218 120 + 1 UCGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCCCAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA .....((((.....))))(((.(.(((((((.(((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -31.12) >DroPer_CAF1 31845 120 + 1 UCAAUUGGAAUAUUUGUGUGCACCCAUUAUAGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUACAGCCGUAUUAAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA ..................(((.(.((((((.((((((((((..(((..(((.((((((((..((((....)))))))))).....)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) ( -30.40) >consensus UCGAUCGCAAUCCGUGUGUGCCCCCAUUAUGGUUGGGAUUUUUUAGAUCAGCAGUUAUUGCUAUAUAGCCAUAUUUAUAAAUCUUCUACUGGCCUACUAAGUCCCAACAUAAUGAGAGUA ..................(((.(.((((((.((((((((((..(((..(((.((.(((.(((....))).)))............)).)))..)))..)))))))))))))))).).))) (-29.74 = -29.34 + -0.40)
Location | 21,507,840 – 21,507,960 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.50 |
Mean single sequence MFE | -33.88 |
Consensus MFE | -33.48 |
Energy contribution | -33.92 |
Covariance contribution | 0.44 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -3.57 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 6.07 |
SVM RNA-class probability | 0.999996 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21507840 120 - 23771897 UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUAAGGGCACACACGGAUUGCGAUCAA ..((((.((((((((((((.((..(((..((((((......(((....)))(((....))).....))))))..)))..)).)))))).)))))).))))........(((....))).. ( -31.00) >DroPse_CAF1 37031 120 - 1 UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUUAAUACGGCUGUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACUAUAAUGGGUGCACACAAAUAUUCCAAUUGA ..(.(((((((((((((((.((..(((..((((((...(((....)))...(((....))).....))))))..)))..)).))))))).)))))))).).................... ( -32.90) >DroSec_CAF1 13336 120 - 1 UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUGGGGGCACACACGGAUUGCGAUCGA ..(((((((((((((((((.((..(((..((((((......(((....)))(((....))).....))))))..)))..)).)))))).)))))))))))........(((....))).. ( -36.30) >DroSim_CAF1 13218 120 - 1 UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUGGGGGCACACACGGAUUGCGAUCGA ..(((((((((((((((((.((..(((..((((((......(((....)))(((....))).....))))))..)))..)).)))))).)))))))))))........(((....))).. ( -36.30) >DroPer_CAF1 31845 120 - 1 UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUUAAUACGGCUGUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACUAUAAUGGGUGCACACAAAUAUUCCAAUUGA ..(.(((((((((((((((.((..(((..((((((...(((....)))...(((....))).....))))))..)))..)).))))))).)))))))).).................... ( -32.90) >consensus UACUCUCAUUAUGUUGGGACUUAGUAGGCCAGUAGAAGAUUUAUAAAUAUGGCUAUAUAGCAAUAACUGCUGAUCUAAAAAAUCCCAACCAUAAUGGGGGCACACACGGAUUGCGAUCGA ..(((((((((((((((((.((..(((..((((((...(((....)))...(((....))).....))))))..)))..)).))))))).)))))))))).................... (-33.48 = -33.92 + 0.44)
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