Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,455,329 – 21,455,433 |
Length | 104 |
Max. P | 0.741954 |
Location | 21,455,329 – 21,455,433 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.03 |
Mean single sequence MFE | -38.02 |
Consensus MFE | -25.75 |
Energy contribution | -26.73 |
Covariance contribution | 0.98 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -2.44 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.45 |
SVM RNA-class probability | 0.741954 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21455329 104 - 23771897 UGAGAU---GUACACAGGGUUUAAGACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCCUUAGCCACGGUGACCGGAGCGCGUCUUCUGCUGUGAUGCGCUUGUCCG .(((..---(((((((.((((...)))).)))))))...)))..(((((((((......)))))).(((...)))(((((((((.........)))))))))..))) ( -39.50) >DroVir_CAF1 8426 102 - 1 CAAGAUUAGGUAGAU--AGUUUA---UCGGUUGAACUCACUCAUCUGGAUUGAUGUUCUUUAGCCAAGGCGAUCUGAGGGCAUCUUCUGCCGUAAUGCGUUUGUCUG ....((((((((((.--......---((((.(((......))).))))...(((((((((..((....)).....))))))))).)))))).))))........... ( -26.20) >DroSec_CAF1 3952 104 - 1 UGAGAU---GCACACAGUGUUUAACACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGACCGGAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG ((((.(---(((((..(((.....)))..)))))))))).((((((.((((((......)))))).)))))).(((((((((((.........)))))))...)))) ( -44.20) >DroSim_CAF1 3917 104 - 1 UGAGAU---GCACACAGGGUUUAACACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGACCGGAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG ((((.(---(((((...(((.....))).)))))))))).((((((.((((((......)))))).)))))).(((((((((((.........)))))))...)))) ( -43.00) >DroEre_CAF1 3968 104 - 1 CGAGAU---ACACAUAGGAUGUAAGACCUUAUGUACUUACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGACCGGAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG ......---.......(((((((((((.....)).)))))((((((.((((((......)))))).))))))...(((((((((.........))))))))))))). ( -37.80) >DroYak_CAF1 3851 101 - 1 UGAGAU---ACAUAUAGGGUGUAG---UUUGUGUACUUACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGAGCGAAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG ((((.(---(((((..........---..))))))))))(((((((.((((((......)))))).)))))))..(((((((((.........)))))))))..... ( -37.40) >consensus UGAGAU___GCACACAGGGUUUAA_ACCAUGUGUACUCACUCGUCGGGGUUGAUUUUCUUUAGCCACGGCGACCGGAGCGCAUCUUCAGCUGUGAUGCGCUUGUCCG ...........(((((.(((.....))).)))))......((((((.((((((......)))))).))))))...(((((((((.........)))))))))..... (-25.75 = -26.73 + 0.98)
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