Locus 8125

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,398,290 – 21,398,410
Length 120
Max. P 0.995494
window13277 window13278

overview

Window 7

Location 21,398,290 – 21,398,410
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.89
Mean single sequence MFE -26.74
Consensus MFE -23.56
Energy contribution -23.92
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 2.58
SVM RNA-class probability 0.995494
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21398290 120 + 23771897
CGCUGCAGUUGUUUUCCCAAUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUCAGGACAAACAUUUGCGUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAAUAUUUGCUCAGCAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
.((((..((((......))))((((((((((..(((((((((((((((.(((....)))))))).)))))))))).......)))))))))).))))....................... ( -28.90)
>DroPse_CAF1 17652 120 + 1
CGCUGCAGUUGUUUUUCCAAUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUCAAGACAAACAUUUGCCUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAACAUUUGCUCGGUAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
....((((.((((((..((((............(((((((((((((((.((......)))))))).)))))))))))))..)))))).))))((((....))))................ ( -24.30)
>DroGri_CAF1 17657 120 + 1
CGUUGCAGUUGUUUUCACAAUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUGAAGACAAACAUUUGAUUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAAUAUUUGCUCAGUAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
.((((.((((...........((((((((((..(((((((.(((((((.((......)))))))).).))))))).......))))))))))((((....)))).....)))).)))).. ( -23.30)
>DroWil_CAF1 31927 120 + 1
CGCUGCAGUUGUUUUCACAAUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUCAAGACAAACAUUGAGUUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAAUAUUUGCUCUGUAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
.....(((((......(((..((((((((((..(((((((((((((((.((......)))))))).))))))))).......))))))))))..))).)))))................. ( -26.20)
>DroAna_CAF1 20327 120 + 1
CGUUGCAGUUGUUUUCCCAGUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUCAAGACAAACACCGGCGUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAAUAUUUGCUCAGCAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
.((((.((((.(((..(((((((((((((((..(((((((((((((((.(((....))))))))).))))))))).......)))))))))).......)))))..))))))).)))).. ( -33.41)
>DroPer_CAF1 17660 120 + 1
CGCUGCAGUUGUUUUUCCAAUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUCAAGACAAACAUUUGCCUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAACAUUUGCUCGGUAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
....((((.((((((..((((............(((((((((((((((.((......)))))))).)))))))))))))..)))))).))))((((....))))................ ( -24.30)
>consensus
CGCUGCAGUUGUUUUCCCAAUGUAAAUAUUUAAAUAUUUUCAAGACAAACAUUUGCCUGUUGUCUCUGAAAAUAUGUUGAUAAAAUAUUUGCUCAGUAAACUGGUUAAAAAUUACAACAA
.......(((((.........((((((((((..(((((((((((((((.((......)))))))).))))))))).......))))))))))((((....)))).........))))).. (-23.56 = -23.92 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 21,398,290 – 21,398,410
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.89
Mean single sequence MFE -25.46
Consensus MFE -21.73
Energy contribution -21.65
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.964172
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21398290 120 - 23771897
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUGCUGAGCAAAUAUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACACGCAAAUGUUUGUCCUGAAAAUAUUUAAAUAUUUACAUUGGGAAAACAACUGCAGCG
..((((((.(((((..(((((((((...))))))...........((((((((((.(((((((......)).)))))))))))))))..............)))..))).)).)))))). ( -28.20)
>DroPse_CAF1 17652 120 - 1
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUACCGAGCAAAUGUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACAGGCAAAUGUUUGUCUUGAAAAUAUUUAAAUAUUUACAUUGGAAAAACAACUGCAGCG
..((((((.(((((..((.((((...)))).(((((..(((....(((((((((.((((((((......)).)))))))))))))))....)))...)))))))..))).)).)))))). ( -23.80)
>DroGri_CAF1 17657 120 - 1
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUACUGAGCAAAUAUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACAAUCAAAUGUUUGUCUUCAAAAUAUUUAAAUAUUUACAUUGUGAAAACAACUGCAACG
..((((((.........(((....))).(.((((((((.......(((((((..(((((((((......)).))))))).)))))))..)))))))).).((((....)))).)))))). ( -21.70)
>DroWil_CAF1 31927 120 - 1
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUACAGAGCAAAUAUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACAACUCAAUGUUUGUCUUGAAAAUAUUUAAAUAUUUACAUUGUGAAAACAACUGCAGCG
..((((((............(((((((.(.((((((((.......(((((((((.((((((((......)).)))))))))))))))..)))))))).).)))))))......)))))). ( -24.27)
>DroAna_CAF1 20327 120 - 1
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUGCUGAGCAAAUAUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACACGCCGGUGUUUGUCUUGAAAAUAUUUAAAUAUUUACACUGGGAAAACAACUGCAACG
..((((((.(((((..(((((..((...))((((((((.......(((((((((.(((((((((....))).)))))))))))))))..))))))))..)))))..))).)).)))))). ( -31.00)
>DroPer_CAF1 17660 120 - 1
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUACCGAGCAAAUGUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACAGGCAAAUGUUUGUCUUGAAAAUAUUUAAAUAUUUACAUUGGAAAAACAACUGCAGCG
..((((((.(((((..((.((((...)))).(((((..(((....(((((((((.((((((((......)).)))))))))))))))....)))...)))))))..))).)).)))))). ( -23.80)
>consensus
UUGUUGUAAUUUUUAACCAGUUUACUGAGCAAAUAUUUUAUCAACAUAUUUUCAGAGACAACAAGCAAAUGUUUGUCUUGAAAAUAUUUAAAUAUUUACAUUGGGAAAACAACUGCAGCG
..((((((.(((((..(((((((...))))((((((((.......((((((((((.(((((((......)).)))))))))))))))..))))))))....)))..))).)).)))))). (-21.73 = -21.65 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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