Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,369,094 – 21,369,212 |
Length | 118 |
Max. P | 0.811750 |
Location | 21,369,094 – 21,369,212 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.02 |
Mean single sequence MFE | -36.52 |
Consensus MFE | -18.30 |
Energy contribution | -18.13 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.10 |
Structure conservation index | 0.50 |
SVM decision value | 0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.536232 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21369094 118 + 23771897 CCGCUGCUACGGCGAUGAGCAGUAACUGCGACAUUGUCAUAGUGGCCGCCCAGCCCCAAACCACCAUAGCAAACAAUAAUAACAAUGAGACGGUCACCCAGGCCACGCAUCCGGCUCA (((.(((...(((((((.((((...))))..)))))))...((((((.....((..............)).....................((....)).)))))))))..))).... ( -32.04) >DroVir_CAF1 34592 115 + 1 AGGCCGCUGCGGCAAUGAG---CAAUUGCGACAUUGUCAUUGUUGCCGCGCAACCGCAGACCACCAGCGCCAACAACAAUAACAAUGACACUGUUACACAGGCAAGCCAUGCCAGCCA .(((......((((.((.(---(..((((..((((((.(((((((..((((...............))))...))))))).))))))...(((.....))))))))))))))).))). ( -36.56) >DroPse_CAF1 19308 118 + 1 CUGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUUGUUAUUGUGGCCUCUCAGCCGCAGACGACGAUUGCCAACAACAACAACAAUGAUACGGUCACACAGGCCACUCAUCCCGGUCA .........(((.((((((..((...((((((..((((((((((((......)))((((.......))))...........)))))))))..))))))...))..))))))))).... ( -39.20) >DroGri_CAF1 51073 112 + 1 AGGCCGCCGCGGCAAUGAG---CAAUUGUGACAUUGUCAUCGUUGCCGCGCAGCCGCAAACAACUAGCGCCAACAAC---AACAAUGAUACUGUUACACAGGCGAGUCAUGCCAGCCA .(((.((.(((((((((((---((((......)))))..)))))))))))).)))(((....(((..((((......---((((.......)))).....)))))))..)))...... ( -36.70) >DroAna_CAF1 30432 118 + 1 CCGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUCGUCAUCGUGGCCUCCCAGCCGCAGACGACUAUAGCGAAUAACAAUAACAACGAUACGGUCACCCAGGCCACGCAUCCCAGCCA ..((((....(((((((.((((...))))..)))))))..((((((((......(((...........)))....................((....)))))))))).....)))).. ( -35.40) >DroPer_CAF1 21207 118 + 1 CUGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUUGUUAUUGUGGCCUCUCAGCCGCAGACGACGAUUGCCAACAACAACAACAAUGAUACGGUCACACAGGCCACUCAUCCCGGUCA .........(((.((((((..((...((((((..((((((((((((......)))((((.......))))...........)))))))))..))))))...))..))))))))).... ( -39.20) >consensus CCGCUGCCACGGCGAUGAGCAGCAACUGUGACAUUGUCAUUGUGGCCGCCCAGCCGCAGACGACCAUAGCCAACAACAAUAACAAUGAUACGGUCACACAGGCCACUCAUCCCAGCCA ..((......(((((((.(((.....)))..)))))))...(((((......)))))...........)).....................((((.....)))).............. (-18.30 = -18.13 + -0.16)
Location | 21,369,094 – 21,369,212 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.02 |
Mean single sequence MFE | -47.53 |
Consensus MFE | -26.15 |
Energy contribution | -28.98 |
Covariance contribution | 2.84 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.811750 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 21369094 118 - 23771897 UGAGCCGGAUGCGUGGCCUGGGUGACCGUCUCAUUGUUAUUAUUGUUUGCUAUGGUGGUUUGGGGCUGGGCGGCCACUAUGACAAUGUCGCAGUUACUGCUCAUCGCCGUAGCAGCGG (((((.(..(((((((((.((....))((((((..(..(((((.(....).)))))..).)))))).....))))))...(((...))))))....).)))))...((((....)))) ( -41.70) >DroVir_CAF1 34592 115 - 1 UGGCUGGCAUGGCUUGCCUGUGUAACAGUGUCAUUGUUAUUGUUGUUGGCGCUGGUGGUCUGCGGUUGCGCGGCAACAAUGACAAUGUCGCAAUUG---CUCAUUGCCGCAGCGGCCU .(((((...((((.....((.((((..(((.(((((((((((((((((((((((........))).))).))))))))))))))))).)))..)))---).))..))))...))))). ( -49.40) >DroPse_CAF1 19308 118 - 1 UGACCGGGAUGAGUGGCCUGUGUGACCGUAUCAUUGUUGUUGUUGUUGGCAAUCGUCGUCUGCGGCUGAGAGGCCACAAUAACAAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCAG ((.((((((((((..((...((((((.........(((((((((((.(((..((((((....)))).))...))))))))))))))))))))...))..)))))).))).).)).... ( -50.90) >DroGri_CAF1 51073 112 - 1 UGGCUGGCAUGACUCGCCUGUGUAACAGUAUCAUUGUU---GUUGUUGGCGCUAGUUGUUUGCGGCUGCGCGGCAACGAUGACAAUGUCACAAUUG---CUCAUUGCCGCGGCGGCCU .(((((((.......)))((.((((..((..((((((.---.((((((.(((((((((....)))))).))).))))))..))))))..))..)))---).))..((....)))))). ( -46.80) >DroAna_CAF1 30432 118 - 1 UGGCUGGGAUGCGUGGCCUGGGUGACCGUAUCGUUGUUAUUGUUAUUCGCUAUAGUCGUCUGCGGCUGGGAGGCCACGAUGACGAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCGG .(((((.....(((((((((((((((.(((.......))).)))))))....((((((....))))))..)))))))).((((...)))))))))(((((.(((....)))))))).. ( -45.50) >DroPer_CAF1 21207 118 - 1 UGACCGGGAUGAGUGGCCUGUGUGACCGUAUCAUUGUUGUUGUUGUUGGCAAUCGUCGUCUGCGGCUGAGAGGCCACAAUAACAAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCAG ((.((((((((((..((...((((((.........(((((((((((.(((..((((((....)))).))...))))))))))))))))))))...))..)))))).))).).)).... ( -50.90) >consensus UGACCGGGAUGAGUGGCCUGUGUGACCGUAUCAUUGUUAUUGUUGUUGGCAAUAGUCGUCUGCGGCUGAGAGGCCACAAUGACAAUGUCACAGUUGCUGCUCAUCGCCGUGGCAGCAG ....(((((((((((((...((((((......(((((((((((...((((....)))).....((((....)))))))))))))))))))))...)))))))))).)))......... (-26.15 = -28.98 + 2.84)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:06:40 2006