Locus 8057

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,234,295 – 21,234,393
Length 98
Max. P 0.877490
window13167

overview

Window 7

Location 21,234,295 – 21,234,393
Length 98
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.98
Mean single sequence MFE -36.73
Consensus MFE -32.13
Energy contribution -31.97
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.90
SVM RNA-class probability 0.877490
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21234295 98 + 23771897
UUGAUAUUUAGUUUGGAGCGGCG-UUUGGAGUUCAGAGCCAGAUUAGAGACGUCAGCGAUGGCGACGCCAACGCCAAAGUCGGCGUUGCCGUUGGCUGC
(((((.((((((((((..(.((.-......))...)..))))))))))...)))))(((((((((((((.((......)).)))))))))))))..... ( -39.40)
>DroSec_CAF1 1521 98 + 1
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(((((.((((((((((..(.((.-......))...)..))))))))))...)))))(((((((((((((.((......)).)))))))))))))..... ( -39.40)
>DroSim_CAF1 1533 98 + 1
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(((((.((((((((((..(.((.-......))...)..))))))))))...)))))(((((((((((((.((......)).)))))))))))))..... ( -39.40)
>DroEre_CAF1 1496 98 + 1
UUGAUAUUUAGUUUGGAGCAACU-UUUGGAGUUCAGAGCCAGAUUAGAGACGUCAGCAGUGGCGACGCCAACGCCAAAGUCGGCGUUGCCGUUGGUUGC
(((((.((((((((((..(((((-(...)))))..)..))))))))))...)))))(((((((((((((.((......)).)))))))))))))..... ( -37.20)
>DroYak_CAF1 1480 98 + 1
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(((((.((((((((((..(.(((-(...))))...)..))))))))))...)))))(((((((((((.(.((......)).).)))))))))))..... ( -33.20)
>DroAna_CAF1 12409 99 + 1
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.....(((((((((..((((.(.....).))))..))))))))).......((..(((((...)))))..))((((.(..((....))..).))))... ( -31.80)
>consensus
UUGAUAUUUAGUUUGGAGCGGCG_UUUGGAGUUCAGAGCCAGAUUAGAGACGUCAGCGAUGGCGACGCCAACGCCAAAGUCGGCGUUGCCGUUGGCUGC
(((((.((((((((((..((((........)))..)..))))))))))...)))))(((((((((((((.((......)).)))))))))))))..... (-32.13 = -31.97 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

Postscript

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