Locus 8018

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,129,110 – 21,129,230
Length 120
Max. P 0.617697
window13098

overview

Window 8

Location 21,129,110 – 21,129,230
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.44
Mean single sequence MFE -55.02
Consensus MFE -43.47
Energy contribution -43.20
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.617697
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21129110 120 - 23771897
CAGGCAGGUGGAGUACUCUGCCCCCAGCCAGGAUGCGGCAUGGGCCUUUUGGUGGAGCCCGAUUGUCGCAAGGUGACAUGCCAGAACGGCUGUGGAUACGUGUUCUGCCGCAAUUGUCUG
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>DroVir_CAF1 20628 120 - 1
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>DroPse_CAF1 8210 120 - 1
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>DroGri_CAF1 20307 120 - 1
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>DroAna_CAF1 19130 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 21388 120 - 1
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>consensus
CAGGCGGGCGGCGUGCUCUGCCCGCAGCCAGGCUGUGGCAUGGGCCUGCUCGUGGAGCCCGAUUGCCGCAAGGUGACCUGCCAGAACGGCUGUGGCUAUGUGUUCUGUCGCAACUGCCUG
(((((..(((((((((...(.(((((((((((((((((((((((((((....))).)))))..))))))).(....)..)))....))))))))))...)))...))))))....))))) (-43.47 = -43.20 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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