Locus 7994

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 21,115,857 – 21,116,257
Length 400
Max. P 0.999936
window13045 window13046 window13047 window13048

overview

Window 5

Location 21,115,857 – 21,115,977
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.33
Mean single sequence MFE -38.64
Consensus MFE -33.54
Energy contribution -33.62
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.783717
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21115857 120 + 23771897
CAUGCGAAUGCUGCUUAACAUUCUGGAGGCGGAGCAUACGGACGUGGUCAUCGCUGGCCUGCACGUGCUCAGUAAGAUUAUGAGGAGCAACAAAAUGCGUCACAACUGGAUGCACUUUCU
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>DroSec_CAF1 166457 120 + 1
CAUGCGAAUGCUCCUUAACAUUCUGGAGGCGGAGCACACGGACGUGGUCAUCGCUGGUCUGCAUGUGCUCAGUAAGAUUAUGAGGAGCAACAAAAUGCGUCACAACUGGAUGCACUUCCU
........(((((((((....(((....((.((((((((((((.((((....)))))))))..))))))).)).)))...)))))))))......((((((.(....)))))))...... ( -41.90)
>DroSim_CAF1 78166 120 + 1
CAUGCGAAUGCUCCUUAACAUUCUGGAGGCGGAGCACACGGACUUGGUCAUCGCUGGCCUGCAUGUGCUCAGUAAGAUUAUGAGGAGCAACAAAAUGCGUCACAACUGGAUGCACUUCCU
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>DroEre_CAF1 88982 120 + 1
CAUGCGAAUGCUUCUCAACAUUCUGGAGGCGGAGCACACCGACGUGGUCAUCGCCGGCCUGCACGUGCUCAGUAAGAUAAUGAGGAGCAACAAAAUGCGUCACAACUGGAUGCACUUCCU
........(((((((((....(((....((.((((((...(.((.((((......)))))))..)))))).)).)))...)))))))))......((((((.(....)))))))...... ( -37.60)
>DroYak_CAF1 59835 120 + 1
CAUGCGAAUGCUUCUCAACAUUCUGGAGGCGGAUCACACGGACGUGGUCAUCGCCGGCCUGCACGUACUCAGUAAAAUAAUGAGGAGCAACAAAAUGCGUCACAACUGGAUGCAUUUCCU
........(((((((((.......((.((((((((((......))))))..))))..))...((.......)).......)))))))))...(((((((((.(....))))))))))... ( -37.90)
>consensus
CAUGCGAAUGCUCCUUAACAUUCUGGAGGCGGAGCACACGGACGUGGUCAUCGCUGGCCUGCACGUGCUCAGUAAGAUUAUGAGGAGCAACAAAAUGCGUCACAACUGGAUGCACUUCCU
........(((((((((....(((....((.((((((...(....((((......))))..)..)))))).)).)))...)))))))))......((((((.(....)))))))...... (-33.54 = -33.62 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 21,115,977 – 21,116,097
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.83
Mean single sequence MFE -40.12
Consensus MFE -34.80
Energy contribution -34.64
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 2.11
SVM RNA-class probability 0.988298
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21115977 120 - 23771897
AUGUUGAUGGACAGAUCCAGAGGCAAGGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCUGUGUUGAUAGCACUGGAUGAUCUUCAGCAAAAUCAGCUCU
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>DroSec_CAF1 166577 120 - 1
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>DroSim_CAF1 78286 120 - 1
AUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCAAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCUGUGUUGAUAGCACUGGAUGAUCUUCAGCAAAAUCAGCUCC
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>DroEre_CAF1 89102 120 - 1
AUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCUCGCAAAGCCUCUUUGCUGUGCUGAUAGCACUGGAUGAUCUUGAGCAGGAUCAGCUCC
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>DroYak_CAF1 59955 120 - 1
AUAUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCCCGUAAAGCCUCCUUGCUGUGCUGAUAGCACUGGAUGAUCUUGAGCAGGAUCAGCUCC
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>consensus
AUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCUGUGUUGAUAGCACUGGAUGAUCUUCAGCAAAAUCAGCUCC
..(((((((((....))).(((((...((((((((((....))))))))))..)))..(((((.((((.......)))).((((.....)))).))))).......))...))))))... (-34.80 = -34.64 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 21,116,017 – 21,116,137
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.50
Mean single sequence MFE -42.38
Consensus MFE -39.12
Energy contribution -39.16
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.82
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 4.67
SVM RNA-class probability 0.999936
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21116017 120 - 23771897
AUUUGUGGGAAACUCACCCGUCGCAAUUACCGGAUUGACAAUGUUGAUGGACAGAUCCAGAGGCAAGGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCU
.(((((((((.......(((..........)))((((((..((((..((((....))))..))))..((((((((((....))))))))))..)))))).)))))))))((......)). ( -41.30)
>DroSec_CAF1 166617 120 - 1
AUUUGUGGGAAACUCACCAGUCGCAAUCACUGGAUUGACAAUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCAAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCU
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>DroSim_CAF1 78326 120 - 1
AUUUGUGGGAAACUCACCAGUCGCAAUCACUGGAUUGACAAUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCAAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCU
.(((((((((......(((((.......)))))((((((..(((((.((((....)))).)))))..((((((((((....))))))))))..)))))).)))))))))((......)). ( -47.90)
>DroEre_CAF1 89142 120 - 1
AUUCGUGGGAAACUCGCCCGUCGCAAUCACAGGAUUGACAAUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCUCGCAAAGCCUCUUUGCU
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>DroYak_CAF1 59995 120 - 1
AUUUGUGGGAAACUCUCCCGUCGCAAUAACAGGAUUGACAAUAUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCCCGUAAAGCCUCCUUGCU
.(((((((((.((((....(((((.......(......)........((((....)))))))))...((((((((((....)))))))))))))).....)))))))))((......)). ( -35.70)
>consensus
AUUUGUGGGAAACUCACCCGUCGCAAUCACAGGAUUGACAAUGUUGAUGGACAGGUCCAGCGGCAAAGAUGGUGCUAUCCUUGGUAUCAUCGAGUCGAUAUCCCGCAAAGCCUCCUUGCU
.(((((((((......((.((.......)).))((((((..(((((.((((....)))).)))))..((((((((((....))))))))))..)))))).)))))))))((......)). (-39.12 = -39.16 +   0.04)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 21,116,137 – 21,116,257
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.00
Mean single sequence MFE -45.56
Consensus MFE -39.26
Energy contribution -40.86
Covariance contribution 1.60
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.790473
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 21116137 120 - 23771897
CAUCGAUUGCGUGUCGUCCGCCGAUCGCGCCAGAUUGGGGAACACAAUGUCCAAGUGGGCGUCUGUGAUCUCCGAACCAUGGUGUUCGGUCACCUCCAGCAGGAUCUUGAUGGCGCACAA
......(((.((((((((.(((((..((((((..(((((((.((((((((((....)))))).)))).)))))))....)))))))))))....(((....)))....)))))))).))) ( -50.20)
>DroSec_CAF1 166737 120 - 1
CAUCGAUUGCGUGUCGUCCGCCGAACGCGCCAGAUUGGGGAACACAAUGUCCAAGUGGGCGUCUGUGAUCUCCGAGCCAUGGUGUUCGGUCACCUCCAGCAGGAUCUUGAUGGCGCACAA
......(((.((((((((.(((((..((((((..(((((((.((((((((((....)))))).)))).)))))))....)))))))))))....(((....)))....)))))))).))) ( -51.30)
>DroSim_CAF1 78446 120 - 1
CAUCGAUUGCGUAUCGUCCGCCGAUCGCGCCAGAUUGGGGAACACAAUGUCCAAGUGGGCGUCUGUGAUCUCCGAGCCAUGGUGUUCGGUCACCUCCAGCAGGAUCUUGAUGGCGCACAA
.......(((((..((((.(((((..((((((..(((((((.((((((((((....)))))).)))).)))))))....)))))))))))....(((....)))....)))))))))... ( -47.50)
>DroEre_CAF1 89262 120 - 1
CAUCGAUUGCGUGUCGUCCGCUGAUCGCGCGAGGUUCGGGAACACAAUAUCCAAGUGAGCGUCAGUGAUCUCCGAGCCAUGGUGUUCGGUCACCUCCAGCAGGAUCUUGAUGGCGCACAA
......(((.((((((((....((((..((..(((((((((.(((....((.....))......))).)).)))))))..((((......))))....))..))))..)))))))).))) ( -40.10)
>DroYak_CAF1 60115 120 - 1
CAUCGAUUGCGUGUCGUCCGCUGAUCGCGCAAGGUUAGGAAACACAAUAUCCAAGUGGGCAUCUGUGAUCUCCGAGCCAUGGUGUUCGGUCACCUCCAGCAGGAUCUUGAUGGCGCACAA
......(((.((((((((....((((..((..((((.(((..((((((..((....))..)).))))...))).))))..((((......))))....))..))))..)))))))).))) ( -38.70)
>consensus
CAUCGAUUGCGUGUCGUCCGCCGAUCGCGCCAGAUUGGGGAACACAAUGUCCAAGUGGGCGUCUGUGAUCUCCGAGCCAUGGUGUUCGGUCACCUCCAGCAGGAUCUUGAUGGCGCACAA
......(((.((((((((.(((((..((((((..(((((((.((((((((((....)))))).)))).)))))))....)))))))))))....(((....)))....)))))))).))) (-39.26 = -40.86 +   1.60)

alignment

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